[日本語] English
万見
- PDB-2vsz: Crystal Structure of the ELMO1 PH domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vsz
タイトルCrystal Structure of the ELMO1 PH domain
要素ENGULFMENT AND CELL MOTILITY PROTEIN 1
キーワードAPOPTOSIS / RAC SIGNALLING / SH3-BINDING / PHAGOCYTOSIS / ELMO / DOCK180 / PHOSPHOINOSITIDE BINDING / GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor complex / Nef and signal transduction / phagocytosis, engulfment / Rac protein signal transduction / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / cell motility / actin filament organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / Nef and signal transduction / phagocytosis, engulfment / Rac protein signal transduction / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / cell motility / actin filament organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / SH3 domain binding / actin cytoskeleton organization / apoptotic process / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #810 / ELMO domain / ELMO/CED-12 family / ELMO domain profile. / ELMO, armadillo-like helical domain / ELMO, armadillo-like helical domain / Pleckstrin homology domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #810 / ELMO domain / ELMO/CED-12 family / ELMO domain profile. / ELMO, armadillo-like helical domain / ELMO, armadillo-like helical domain / Pleckstrin homology domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Pleckstrin homology domain / Helix non-globular / Special / Armadillo-like helical / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Engulfment and cell motility protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Komander, D. / Patel, M. / Barford, D. / Cote, J.-F.
引用ジャーナル: Molecular Biology of the Cell / 年: 2008
タイトル: An Alpha-Helical Extension of the Elmo1 Pleckstrin Homology Domain Mediates Direct Interaction to Dock180 and is Critical in Rac Signaling.
著者: Komander, D. / Patel, M. / Laurin, M. / Fradet, N. / Pelletier, A. / Barford, D. / Cote, J.-F.
履歴
登録2008年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENGULFMENT AND CELL MOTILITY PROTEIN 1
B: ENGULFMENT AND CELL MOTILITY PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2062
ポリマ－34,2062
非ポリマー00
水2,864159
1
A: ENGULFMENT AND CELL MOTILITY PROTEIN 1
B: ENGULFMENT AND CELL MOTILITY PROTEIN 1

A: ENGULFMENT AND CELL MOTILITY PROTEIN 1
B: ENGULFMENT AND CELL MOTILITY PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4114
ポリマ－68,4114
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area8260 Å2
ΔGint-62.7 kcal/mol
Surface area29760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.016, 166.016, 81.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 ENGULFMENT AND CELL MOTILITY PROTEIN 1 / CED-12 HOMOLOG / ELMO1


分子量: 17102.750 Da / 分子数: 2 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 532-675 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92556
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.75 / 詳細: 2.1 M SODIUM MALONATE [PH 6.75]

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 29960 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→144.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.478 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES LACKING SIDE CHAIN DENSITY HAVE BEEN REFINED AS ALA OR WITH OCCU 0.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1505 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 28425 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20.45 Å2-0 Å2
2--0.91 Å2-0 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→144.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2284 0 0 159 2443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9441.9833294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8615306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.37924.643112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.30415450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.1821515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1381.51488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06922405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0643936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8764.5881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 91
Rwork0.23 2077
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8873-1.5509-1.24751.13230.47280.7135-0.2359-0.1013-0.21940.15580.13450.13430.19220.02080.1014-0.15170.1112-0.0017-0.02830.00190.00224.16472.8234.539
21.5901-1.9315-0.35772.5160.03891.0022-0.09260.1579-0.34890.0443-0.12730.29240.3262-0.19550.2198-0.07420.0920.0481-0.1073-0.0470.080457.6947.757-13.581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A527 - 673
2X-RAY DIFFRACTION2B529 - 675

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る