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- PDB-2vsv: Crystal structure of the PDZ domain of human rhophilin-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vsv
タイトルCrystal structure of the PDZ domain of human rhophilin-2
要素RHOPHILIN-2
キーワードPROTEIN BINDING / SCAFFOLD PROTEIN / RHO GTPASE BINDING / PROTEIN-BINDING / RHOB / NITRATION / CYTOPLASM / PDZ DOMAIN / CASP8
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain / BRO1 domain profile. / BRO1-like domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. ...Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain / BRO1 domain profile. / BRO1-like domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Kochan, G. / Sun, Z. / Shafqat, N. / Pilka, E.S. / Roos, A. / Elkins, J. / Burgess-Brown, N. / Murray, J.W. / von Delft, F. ...Pike, A.C.W. / Kochan, G. / Sun, Z. / Shafqat, N. / Pilka, E.S. / Roos, A. / Elkins, J. / Burgess-Brown, N. / Murray, J.W. / von Delft, F. / Wikstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Pdz Domain of Human Rhophilin-2
著者: Pike, A.C.W. / Kochan, G. / Sun, Z. / Shafqat, N. / Pilka, E.S. / Roos, A. / Elkins, J. / Burgess-Brown, N. / Murray, J.W. / von Delft, F. / Wikstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / ...著者: Pike, A.C.W. / Kochan, G. / Sun, Z. / Shafqat, N. / Pilka, E.S. / Roos, A. / Elkins, J. / Burgess-Brown, N. / Murray, J.W. / von Delft, F. / Wikstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Oppermann, U.
履歴
登録2008年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHOPHILIN-2
B: RHOPHILIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5642
ポリマ－24,5642
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-22.3 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PQS
2
A: RHOPHILIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2821
ポリマ－12,2821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: RHOPHILIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2821
ポリマ－12,2821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.250, 39.890, 73.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2047-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A499 - 520
2112B499 - 520
1212A526 - 593
2212B526 - 593

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.625, 0.781), (0.002, -1, -0.002), (0.781, 0.002, -0.625)
ベクター: -8.54858, 40.8257, 17.81877)

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要素

#1: タンパク質 RHOPHILIN-2 / GTP-RHO-BINDING PROTEIN 2 / 76 KDA RHOB EFFECTOR PROTEIN / P76RBE


分子量: 12281.888 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 514-595 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q8IUC4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2M SODIUM ACETATE, 20% PEG3350; 10% ETHYLENE GLYCOL, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99186
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→38.9 Å / Num. obs: 18177 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 10.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2F5Y,2OCS,2V90

2f5y

2ocs

2v90


解像度: 1.82→66.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 3.645 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 939 5.2 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 17238 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20 Å20.72 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→66.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1538 0 0 93 1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.962133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90232549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1185199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.62224.30865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52515270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.991156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2813
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8113995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.10151598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7248582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.23611535
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A530tight positional0.030.05
2B530tight positional0.030.05
1A622medium positional0.030.5
2B622medium positional0.030.5
1A530tight thermal0.230.5
2B530tight thermal0.230.5
1A622medium thermal0.142
2B622medium thermal0.142
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.349 74
Rwork0.256 1223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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