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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vsp
タイトルCrystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1
要素PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PDZ / MEMBRANE / CYTOPLASM / PHOSPHOPROTEIN / CASP
機能・相同性
機能・相同性情報


carnitine transmembrane transport / scavenger receptor binding / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / positive regulation of protein localization to membrane / microvillus membrane / brush border / positive regulation of protein targeting to membrane / transporter activator activity / protein-membrane adaptor activity / regulation of monoatomic anion transport ...carnitine transmembrane transport / scavenger receptor binding / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / positive regulation of protein localization to membrane / microvillus membrane / brush border / positive regulation of protein targeting to membrane / transporter activator activity / protein-membrane adaptor activity / regulation of monoatomic anion transport / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / brush border membrane / apical plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Yue, W.W. / Shafqat, N. / Pilka, E.S. / Johansson, C. / Murray, J.W. / Elkins, J. / Roos, A. / Cooper, C. / Phillips, C. / Salah, E. ...Yue, W.W. / Shafqat, N. / Pilka, E.S. / Johansson, C. / Murray, J.W. / Elkins, J. / Roos, A. / Cooper, C. / Phillips, C. / Salah, E. / von Delft, F. / Doyle, D. / Edwards, A. / Wikstrom, M. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Fourth Pdz Domain of Pdz Domain-Containing Protein 1
著者: Yue, W.W. / Shafqat, N. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Johansson, C. / Elkins, J. / Roos, A. / Murray, J.W. / Doyle, D. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Oppermann, U.
履歴
登録2008年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
B: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
C: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
D: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1814
ポリマ－39,1814
非ポリマー00
水1,874104
1
A: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7951
ポリマ－9,7951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7951
ポリマ－9,7951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7951
ポリマ－9,7951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7951
ポリマ－9,7951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.327, 99.327, 97.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / CFTR-ASSOCIATED PROTEIN OF 70 KDA / NA/PI COTRANSPORTER C-TERMINAL-ASSOCIATED PROTEIN / NAPI-CAP1 / ...CFTR-ASSOCIATED PROTEIN OF 70 KDA / NA/PI COTRANSPORTER C-TERMINAL-ASSOCIATED PROTEIN / NAPI-CAP1 / NA+/H+ EXCHANGER REGULATORY FACTOR 3 / SODIUM-HYDROGEN EXCHANGER REGULATORY FACTOR 3


分子量: 9795.216 Da / 分子数: 4 / 断片: FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MGC / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q5T2W1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月10日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→64.39 Å / Num. obs: 14236 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 53.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.85 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G9O

1g9o


解像度: 2.41→28.67 Å / SU ML: 0.48 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 635 4.97 %
Rwork0.215 --
obs0.217 12764 92.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.83 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2243 Å20 Å20 Å2
2--0.2243 Å20 Å2
3----0.4485 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→28.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2351 0 0 104 2455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0243214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.258839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4104-2.59640.3562960.30671626X-RAY DIFFRACTION62
2.5964-2.85740.35121580.26692610X-RAY DIFFRACTION100
2.8574-3.27040.29651210.22472623X-RAY DIFFRACTION100
3.2704-4.11840.23281300.18982656X-RAY DIFFRACTION100
4.1184-28.67520.20951300.17882614X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5487-0.6079-0.24952.1407-0.48871.0516-0.12791.39380.2637-0.1426-0.12970.1571-1.01090.0531-0.0350.25120.04650.08050.35550.08090.2816-27.611913.3172-16.3494
24.97590.46720.20250.85310.9262.3343-0.2102-0.1160.01520.34960.0042-0.4547-0.09640.48250.00470.27610.0047-0.01950.44860.00970.2807-19.930412.8745-8.2706
33.94451.2662-1.01761.625-0.84240.5996-0.0202-0.2008-0.36040.0208-0.07730.28410.41170.0375-0.00080.34470.03780.01490.2619-0.00210.3355-28.70078.7699-7.7929
4-1.3834-2.62751.52652.00681.38223.4655-0.6681-0.1075-0.26210.50880.1820.7750.7732-1.1086-0.13240.23090.063-0.0560.5711-0.04970.4352-40.948-13.1602-15.1144
53.6318-1.2807-0.81841.23860.74183.1709-0.37320.86850.3412-0.60910.5111-0.2436-0.5080.2834-0.00660.6527-0.2738-0.07880.4097-0.01150.7777-46.2173-12.6967-4.6088
66.1783-1.628-0.50222.64990.01144.0237-0.1143-0.036-0.06110.0431-0.28790.60230.5226-0.5274-0.00050.5433-0.02760.05810.3559-0.03340.474-38.0311-10.48-8.8046
75.0733-1.89271.04981.42733.44831.2091-0.4876-0.0880.1228-0.14080.41390.02450.68290.504-0.00130.37450.056-0.08520.40140.07280.2014-17.3132-14.7497-17.2282
84.3377-4.3066-0.59079.2106-3.54324.6290.2734-0.3561-0.55190.4270.7161.5065-0.45330.51840.33060.406-0.0039-0.06410.4404-0.04510.2727-13.875-18.622-17.4277
97.92962.58070.88934.03180.12214.9921-0.01020.45240.78440.08580.056-0.0227-0.41150.5497-0.00130.36270.1151-0.0060.36920.00370.2798-20.3969-9.4516-18.3499
103.1866-0.28163.14371.96282.4331.3569-0.2157-0.9827-0.42580.30750.05061.3124-0.4794-2.38330.00910.45530.10790.11460.98850.01880.7863-48.135314.8419-11.861
110.4745-1.8964-6.18461.02963.66337.7663-0.2941.2075-0.7638-1.7138-1.60631.50040.3203-2.47-0.10050.95220.2857-0.2740.57740.01280.862-53.77026.8414-28.7565
126.07612.25324.63614.30211.26797.19670.0941-0.5681-0.3042-0.2909-0.43461.07460.1927-1.26980.00060.4080.0412-0.08270.5112-0.04760.596-48.031410.6758-16.8589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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