PDB-2vrf: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN BETA-2-SYNTROPHIN PDZ DOMAIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vrf

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN BETA-2-SYNTROPHIN PDZ DOMAIN

要素

BETA-2-SYNTROPHIN

キーワード

PROTEIN BINDING / MICROTUBULE / CYTOSKELETON / ACTIN-BINDING / SNTB2 / MEMBRANE / CALMODULIN-BINDING / CYTOPLASMIC VESICLE / ADAPTER PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

dystrophin-associated glycoprotein complex / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / transport vesicle membrane / centriolar satellite / actin binding / microtubule / calmodulin binding / ciliary basal body / focal adhesion / synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sun, Z. / Roos, A.K. / Pike, A.C.W. / Pilka, E.S. / Cooper, C. / Elkins, J.M. / Murray, J. / Arrowsmith, C.H. / Doyle, D. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Beta-2-Syntrophin Pdz Domain
著者: Sun, Z. / Roos, A.K. / Pike, A.C.W. / Pilka, E.S. / Cooper, C. / Elkins, J.M. / Murray, J. / Arrowsmith, C.H. / Doyle, D. / Edwards, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Oppermann, U.

履歴

登録	2008年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年12月5日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vrf.cif.gz	87.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vrf.ent.gz	68.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vrf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/2vrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/2vrf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qavS 2gzvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ost-d 1v5t-d 5nsa-d 2mb0-d 4q3h-1 4q3h-2 2cok-d 2wbr-d 4mpa-d 2cp0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-2-SYNTROPHIN

B: BETA-2-SYNTROPHIN

C: BETA-2-SYNTROPHIN

D: BETA-2-SYNTROPHIN

ヘテロ分子

41.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: BETA-2-SYNTROPHIN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: BETA-2-SYNTROPHIN

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: BETA-2-SYNTROPHIN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: BETA-2-SYNTROPHIN

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 1 ポリマー
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5

A: BETA-2-SYNTROPHIN

B: BETA-2-SYNTROPHIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 2 ポリマー
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6

C: BETA-2-SYNTROPHIN

D: BETA-2-SYNTROPHIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.687, 29.503, 128.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	LYS	LYS	A	A	0 - 120	2 - 11
2	1	MET	MET	LYS	LYS	B	B	0 - 120	2 - 11
3	1	MET	MET	LYS	LYS	C	C	0 - 120	2 - 11
4	1	MET	MET	LYS	LYS	D	D	0 - 120	2 - 11
1	2	GLY	GLY	VAL	VAL	A	A	125 - 204	16 - 95
2	2	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	125 - 204	16 - 95
3	2	GLY	GLY	VAL	VAL	C	C	125 - 204	16 - 95
4	2	GLY	GLY	VAL	VAL	D	D	125 - 204	16 - 95

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.572, 0.544, -0.615), (0.531, -0.326, -0.782), (-0.626, -0.773, -0.102)	31.42341, 11.97262, 32.68468
2	given	(-0.454, 0.036, 0.89), (0.008, 0.999, -0.037), (-0.891, -0.01, -0.454)	49.77926, 12.59265, 63.88924
3	given	(-0.235, -0.959, 0.161), (0.558, -0.269, -0.785), (0.796, -0.095, 0.598)	63.75174, 23.21353, 20.6351

#1: タンパク質	BETA-2-SYNTROPHIN / 59 KDA DYSTROPHIN-ASSOCIATED PROTEIN A1 BASIC COMPONENT 2 / SYNTROPHIN-3 / SNT3 / SYNTROPHIN-LIKE / SNTL 分子量: 10346.122 Da / 分子数: 4 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 112-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q13425
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.2 / 詳細: 1.4 M NA-CITRATE, HEPES PH 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9919
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→63 Å / Num. obs: 29264 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1QAV, 2GZV

1qav

2gzv

解像度: 2→56.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 9.714 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	1146	3.9 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	28082	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.21 Å²	0 Å²	-1.43 Å²
2-	-	-1.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→56.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2857	0	12	165	3034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.391	1.992	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	5011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.881	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.676	22.252	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.821	15	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.465	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.264	3	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.711	5	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.321	8	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.101	11	872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	529	tight positional	0.25	0.05
2	B	529	tight positional	0.31	0.05
3	C	529	tight positional	0.21	0.05
4	D	529	tight positional	0.31	0.05
1	A	597	loose positional	0.98	5
2	B	597	loose positional	0.97	5
3	C	597	loose positional	0.82	5
4	D	597	loose positional	1.05	5
1	A	529	tight thermal	11.69	10
2	B	529	tight thermal	8.25	10
3	C	529	tight thermal	6.36	10
4	D	529	tight thermal	5.47	10
1	A	597	loose thermal	11.57	30
2	B	597	loose thermal	8.84	30
3	C	597	loose thermal	6.43	30
4	D	597	loose thermal	5.19	30

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.272	89
R_work	0.244	1995

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2458	-0.4127	0.5539	2.7962	0.2466	1.9197	0.0088	0.0869	-0.1485	-0.0444	-0.0392	-0.0783	0.0675	0.0663	0.0305	0.0727	-0.0156	0.0179	0.1102	0.0313	0.1653	7.706	8.0296	-0.9403
2	1.3913	0.1185	0.3058	2.6467	-0.7045	3.6408	-0.0143	0.0459	0.0531	0.0093	-0.088	-0.3302	-0.2485	0.1736	0.1023	-0.0392	-0.0163	0.0119	0.0704	-0.0002	0.1135	12.3693	11.5896	0.1836
3	6.1701	0.0111	2.5281	2.6618	-0.6034	3.464	0.1689	0.1439	-0.3652	0.0453	-0.0953	-0.2263	0.1587	0.1538	-0.0735	0.0222	-0.0137	-0.0008	0.0362	0.0035	0.1422	8.1681	0.2201	1.7286
4	19.8237	10.9567	13.4999	6.0895	7.5424	9.3877	-0.0083	-0.174	0.246	0.1639	-0.0401	-0.1315	-0.2235	0.1108	0.0484	0.0502	0.0181	0.0098	0.0651	-0.0063	0.1079	15.1867	17.9393	12.2793
5	3.0494	5.8123	1.3814	16.197	6.4018	3.4009	0.3135	-0.2732	-0.4841	0.3771	-0.2292	-0.5253	0.2706	-0.1697	-0.0843	0.0717	0.0071	-0.0485	0.1182	0.0202	0.1512	34.897	7.8387	22.3123
6	9.5571	2.9679	1.1517	3.5578	0.496	3.4257	0.2038	-0.1857	-0.0887	0.0326	-0.1287	0.0313	0.0172	-0.0799	-0.0751	0.0503	-0.008	0.0006	0.0975	-0.004	0.0994	29.9543	16.47	17.1434
7	5.7486	1.676	1.3636	2.8173	1.6105	3.6392	0.5881	-0.913	-0.0739	0.8815	-0.4429	-0.118	0.3435	-0.4183	-0.1452	0.0576	-0.1528	-0.0052	0.0918	0.0213	0.0106	26.6681	12.838	25.316
8	22.5006	3.2307	22.8974	7.6682	1.576	33.5203	0.1728	-0.2702	-0.0839	0.1163	-0.0964	-0.6203	0.2267	0.6317	-0.0764	0.0116	0.0345	0.0643	0.0922	-0.0101	0.1275	21.8041	4.723	0.8872
9	10.0775	4.2228	-1.8056	5.7713	-1.1232	6.0826	0.0965	-0.1204	0.1863	0.0811	-0.0248	0.226	-0.0096	-0.155	-0.0717	0.2285	0.0658	-0.003	0.0469	-0.019	0.0708	46.9003	22.834	61.0094
10	4.0418	-0.619	-1.8706	4.4911	1.8076	7.1432	0.1447	0.1333	0.0853	-0.3035	-0.1179	0.1681	-0.0928	-0.4778	-0.0269	0.2493	0.0269	-0.0216	0.0214	0.0202	-0.0459	43.8509	22.0773	51.6292
11	2.1145	0.5181	0.044	3.1671	-1.0693	6.3173	0.0197	-0.0119	-0.0221	-0.3533	-0.0187	0.1852	0.3173	-0.108	-0.0011	0.3241	0.0273	0.032	-0.0274	-0.0077	-0.0285	48.2891	15.2205	55.226
12	0.3858	1.1972	-2.391	5.3537	-12.258	29.1044	0.0315	0.042	0.0496	0.1608	-0.1784	-0.1717	-0.455	0.541	0.1468	0.2031	-0.004	0.0116	0.0926	-0.0122	0.0593	54.2741	30.1624	44.4913
13	5.3828	3.1601	-1.2538	12.8562	-5.0953	8.8957	0.0784	0.1764	0.1217	-0.0145	-0.0442	0.0221	0.0599	0.2155	-0.0342	0.0566	0.0254	-0.0127	0.1688	-0.045	0.05	53.2401	24.1473	21.8951
14	4.2129	0.0391	1.5277	3.4234	-1.1831	9.9393	-0.0143	-0.1825	0.0984	0.3318	0.0326	-0.126	-0.0393	0.1458	-0.0183	0.1421	-0.0376	0.0597	0.0126	-0.0341	0.0216	52.0189	29.0214	31.2144
15	3.2986	1.3616	0.8181	2.9379	0.4154	5.8235	0.1978	0.0922	0.0782	0.207	-0.0058	-0.2145	0.3828	0.7705	-0.1921	0.0912	0.0396	0.0092	0.0898	-0.0138	-0.0208	58.1462	25.1203	27.821
16	6.6374	1.9073	-12.1208	1.0243	-3.0047	24.4266	-0.3275	-0.0594	-0.1622	0.1279	0.1544	0.1011	1.0081	-0.5031	0.1731	0.2247	-0.0124	-0.035	0.0587	0.0091	0.0638	44.9662	17.1851	38.0467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	135 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	193 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-1 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	121 - 161
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	162 - 197
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	198 - 204
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-1 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	126 - 157
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	158 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	193 - 204
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	-1 - 125
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	126 - 154
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	155 - 192
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	193 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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