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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vr9 | ||||||
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タイトル | Drosophila Robo IG1-2 (tetragonal form) | ||||||
![]() | ROUNDABOUT 1 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN / AXON GUIDANCE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Slit-Robo signaling complex / dendrite guidance / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / salivary gland boundary specification / photoreceptor cell axon guidance / neuron recognition / gonad development / axon guidance receptor activity / regulation of dendrite development / positive regulation of cell-cell adhesion ...Slit-Robo signaling complex / dendrite guidance / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / salivary gland boundary specification / photoreceptor cell axon guidance / neuron recognition / gonad development / axon guidance receptor activity / regulation of dendrite development / positive regulation of cell-cell adhesion / cell-cell adhesion mediator activity / Roundabout signaling pathway / entrainment of circadian clock / embryonic heart tube development / motor neuron axon guidance / axon midline choice point recognition / dendrite morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / outflow tract morphogenesis / axonal growth cone / axon guidance / brain development / heparin binding / vesicle / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fukuhara, N. / Howitt, J.A. / Hussain, S. / Hohenester, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Analysis of Slit and Heparin Binding to Immunoglobulin-Like Domains 1 and 2 of Drosophila Robo 著者: Fukuhara, N. / Howitt, J.A. / Hussain, S. / Hohenester, E. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24135.492 Da / 分子数: 3 / 断片: IG1-2, RESIDUES 51-254 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: ![]() 配列の詳細 | N-TERMINAL APLA AND C-TERMINAL AAAHHHHHH, VECTOR DERIVED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 15618 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2IEP 解像度: 3.2→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.6862 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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