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- PDB-2vr5: Crystal structure of Trex from Sulfolobus Solfataricus in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vr5
タイトルCrystal structure of Trex from Sulfolobus Solfataricus in complex with acarbose intermediate and glucose
要素GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / GLYCOSYL HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen debranching enzyme activity / glycogen catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / aminopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Glycogen debranching enzyme, GlgX type / Glycogen debranching enzyme GlgX/isoamylase, N-terminal Early set domain / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Glycogen debranching enzyme, GlgX type / Glycogen debranching enzyme GlgX/isoamylase, N-terminal Early set domain / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A16 / alpha-D-glucopyranose / Glycogen debranching enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Song, H.-N. / Yoon, S.-M. / Lee, S.-J. / Cha, H.-J. / Park, K.-H. / Woo, E.-J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural Insight Into the Bifunctional Mechanism of the Glycogen-Debranching Enzyme Trex from the Archaeon Sulfolobus Solfataricus.
著者: Woo, E. / Lee, S. / Cha, H. / Park, J. / Yoon, S. / Song, H. / Park, K.
履歴
登録2008年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
B: GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,24310
ポリマ－166,3642
非ポリマー1,8808
水7,224401
1
A: GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
B: GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
ヘテロ分子

A: GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
B: GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
ヘテロ分子

A: GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
B: GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)504,73030
ポリマ－499,0916
非ポリマー5,63924
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area26690 Å2
ΔGint-90.2 kcal/mol
Surface area141220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.814, 204.814, 89.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 GLYCOGEN OPERON PROTEIN GLGX / TREX / GLYCOGEN DEBRANCHING ENZYME


分子量: 83181.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DISULFIDE BOND BETWEEN A 254 AND A 261, A 505 AND A 519, B 254 AND B 261, B 505 AND B 519
由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P95868, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 405分子

#3: 化合物 ChemComp-A16 / 4-O-(4,6-dideoxy-4-{[(1S,2S,3S,4R,5S)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl]amino}-alpha-D-glucopyranosyl)-beta-D-glucopyranose


分子量: 485.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35NO13
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.33 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: PEG 3K 8%, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M PH 8.0 IMIDAZOLE BUFFER

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データ収集

回折平均測定温度: 97 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 51526 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 3.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VNC

2vnc


解像度: 2.8→29.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 48122.73 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2573 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 51460 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.557 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.08 Å20 Å20 Å2
2--9.08 Å20 Å2
3----18.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11685 0 123 401 12209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.452.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 403 4.9 %
Rwork0.329 7824 -
obs--93.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ADR2_PAR.TXTADR2_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GLC_PAR.TXTGLC_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION5GOL_PAR.TXTGOL_TOP.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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