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万見
- PDB-2vpy: Polysulfide reductase with bound quinone inhibitor, pentachloroph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vpy
タイトルPolysulfide reductase with bound quinone inhibitor, pentachlorophenol (PCP)
要素
  • HYPOTHETICAL MEMBRANE SPANNING PROTEIN
  • NRFC PROTEIN
  • THIOSULFATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE / IRON-SULFUR / METAL-BINDING / MOLYBDOPTERIN / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / MGD / MPT / IRON / FE4S4 / 4FE-4S / MOLYBDENUM / IRON SULFUR CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / molybdopterin cofactor binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Formate dehydrogenase/DMSO reductase fold / Formate dehydrogenase/DMSO reductase domain / Formate dehydrogenase/DMSO reductase, / Formate dehydrogenase/DMSO reductase, / Polysulfide reductase / Polysulfide reductase / ADC-like domains / 4Fe-4S binding domain / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 ...Formate dehydrogenase/DMSO reductase fold / Formate dehydrogenase/DMSO reductase domain / Formate dehydrogenase/DMSO reductase, / Formate dehydrogenase/DMSO reductase, / Polysulfide reductase / Polysulfide reductase / ADC-like domains / 4Fe-4S binding domain / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Rossmann fold - #740 / 7Fe ferredoxin / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / N-terminal domain of TfIIb / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Single Sheet / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MGD / MOLYBDENUM ATOM / PENTACHLOROPHENOL / IRON/SULFUR CLUSTER / Thiosulfate reductase / NrfC protein / Hypothetical membrane spanning protein
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jormakka, M. / Yokoyama, K. / Yano, T. / Tamakoshi, M. / Akimoto, S. / Shimamura, T. / Curmi, P. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular Mechanism of Energy Conservation in Polysulfide Respiration.
著者: Jormakka, M. / Yokoyama, K. / Yano, T. / Tamakoshi, M. / Akimoto, S. / Shimamura, T. / Curmi, P. / Iwata, S.
履歴
登録2008年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOSULFATE REDUCTASE
B: NRFC PROTEIN
C: HYPOTHETICAL MEMBRANE SPANNING PROTEIN
E: THIOSULFATE REDUCTASE
F: NRFC PROTEIN
G: HYPOTHETICAL MEMBRANE SPANNING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,73824
ポリマ－271,5346
非ポリマー7,20318
水23,1491285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20660 Å2
ΔGint-137.9 kcal/mol
Surface area100890 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.124, 165.194, 243.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AEBFCG

#1: タンパク質 THIOSULFATE REDUCTASE / POLYSULFIDE REDUCTASE


分子量: 86737.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72LA4
#2: タンパク質 NRFC PROTEIN


分子量: 21405.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72LA5
#3: タンパク質 HYPOTHETICAL MEMBRANE SPANNING PROTEIN


分子量: 27623.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72LA6

-
非ポリマー , 5種, 1303分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#6: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#7: 化合物 ChemComp-PCI / PENTACHLOROPHENOL / ペンタクロロフェノ-ル


分子量: 266.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6HCl5O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG400, 0.1M MES PH6.5, 0.2M CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9333
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 161065 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→39.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3009905.08 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 3241 2 %RANDOM
Rwork0.283 ---
obs0.283 160976 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.0823 Å2 / ksol: 0.331751 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.97 Å20 Å20 Å2
2--11.2 Å20 Å2
3----0.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18638 0 294 1285 20217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 528 2 %
Rwork0.35 25440 -
obs--96.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PRO.PARPRO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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