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万見
- PDB-2voi: Structure of mouse A1 bound to the Bid BH3-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2voi
タイトルStructure of mouse A1 bound to the Bid BH3-domain
要素
  • BCL-2-RELATED PROTEIN A1
  • BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST P13
キーワードAPOPTOSIS / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / BH3 / BCL-2 / MEMBRANE / PRO-SURVIVAL / MITOCHONDRION / PHOSPHOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of autophagy in response to ER overload / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation of BAD and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / mitochondrial outer membrane permeabilization / BH domain binding / positive regulation of fibroblast apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of autophagy in response to ER overload / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation of BAD and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / mitochondrial outer membrane permeabilization / BH domain binding / positive regulation of fibroblast apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / B cell apoptotic process / protein targeting to mitochondrion / regulation of epithelial cell proliferation / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / channel activity / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / mitochondrial fusion / regulation of T cell proliferation / hepatocyte apoptotic process / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / B cell homeostasis / signal transduction in response to DNA damage / supramolecular fiber organization / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / mitochondrial membrane / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / mitochondrion / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / Bcl-2-related protein A1 / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...BH3-interacting domain death agonist / Bcl-2-related protein A1 / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Bcl-2-related protein A1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Smits, C. / Czabotar, P.E. / Hinds, M.G. / Day, C.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Plasticity Underpins Promiscuous Binding of the Prosurvival Protein A1.
著者: Smits, C. / Czabotar, P.E. / Hinds, M.G. / Day, C.L.
履歴
登録2008年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-2-RELATED PROTEIN A1
B: BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST P13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8993
ポリマ－21,8642
非ポリマー351
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10800 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.737, 80.808, 32.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1150-

CL

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要素

#1: タンパク質 BCL-2-RELATED PROTEIN A1 / PROTEIN BFL-1 / HEMOPOIETIC-SPECIFIC EARLY RESPONSE PROTEIN / A1-A


分子量: 17922.418 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-152 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX 6P-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PSJS 1240 / 参照: UniProt: Q07440
#2: タンパク質・ペプチド BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST P13 / BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST / P13 BID


分子量: 3941.365 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3-DOMAIN, RESIDUES 76-109 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P70444
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 104 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 113 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M CITRIC ACID, KOH (PH 4.2), 18% PEG 2000, 0.4 M LICL

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.54 Å / Num. obs: 9930 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VOF

2vof


解像度: 2.1→26.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 13.326 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 478 4.8 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.209 9451 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1381 0 1 25 1407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221409
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1611.9191902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80732888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67325.20573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.00815241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.772155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1280.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1290.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6161.5892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97921375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3163596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9324.5527
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.322 36
Rwork0.268 687
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.16911.64590.93155.3849-0.82776.59430.1641-0.0295-0.13040.53190.0374-0.09020.56580.2615-0.2015-0.16730.0337-0.0336-0.2272-0.0357-0.253422.6193-11.6063-8.9445
235.5986-17.5640.599923.00645.759910.95260.28250.105-2.10081.18310.14480.69312.08790.1821-0.42730.3445-0.1877-0.1393-0.20030.0142-0.039214.6521-22.57-13.8768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2B78 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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