PDB-2voe: Crystal structure of Rv2780 from M. tuberculosis H37Rv

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2voe

タイトル

Crystal structure of Rv2780 from M. tuberculosis H37Rv

要素

ALANINE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SECRETED / NAD / PYRUVATE

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine catabolic process / alanine dehydrogenase / alanine dehydrogenase activity / L-alanine catabolic process / cell wall / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Tripathi, S.M. / Ramachandran, R.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of the Mycobacterium Tuberculosis Secretory Antigen Alanine Dehydrogenase (Rv2780) in Apo and Ternary Complex Forms Captures "Open" and "Closed" Enzyme Conformations.
著者: Tripathi, S.M. / Ramachandran, R.

履歴

登録	2008年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月18日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2voe.cif.gz	397.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2voe.ent.gz	327.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2voe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2voe_validation.pdf.gz	477.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2voe_full_validation.pdf.gz	543.1 KB	表示
XML形式データ	2voe_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	2voe_validation.cif.gz	109.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/2voe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/2voe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vojC 2vhv 2vhw 2vhx 2vhy 2vhz C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vhx-d 1pjb-1 1say-1 6o7f-2 1pjc-1 3hnp-d 2vhw-d 2vhy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALANINE DEHYDROGENASE

B: ALANINE DEHYDROGENASE

C: ALANINE DEHYDROGENASE

D: ALANINE DEHYDROGENASE

E: ALANINE DEHYDROGENASE

F: ALANINE DEHYDROGENASE

233 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.891, 127.078, 135.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 371 / Label seq-ID: 1 - 371

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	ALANINE DEHYDROGENASE / 40 KDA ANTIGEN / TB43 / RV2780 分子量: 38753.090 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P30234, UniProt: P9WQB1*PLUS, alanine dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.21 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: VARIMAX OPTICS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 46867 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→123.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 10.695 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.666 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2512	4005	5 %	RANDOM
R_work	0.19561	-	-	-
obs	0.19837	75667	97.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.346 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	0 Å²	-0.91 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→123.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16162	0	0	224	16386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	16453
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.864	1.965	22428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.497	5	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.052	23.682	611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.534	15	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.877	15	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	7523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	11176
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.381	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.834	1.5	11183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.469	2	17489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.08	3	5773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.467	4.5	4939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1460	tight positional	0.06	0.05
2	B	1460	tight positional	0.06	0.05
3	C	1460	tight positional	0.07	0.05
4	D	1460	tight positional	0.07	0.05
5	E	1460	tight positional	0.09	0.05
6	F	1460	tight positional	0.06	0.05
1	A	1191	medium positional	0.43	0.5
2	B	1191	medium positional	0.4	0.5
3	C	1191	medium positional	0.62	0.5
4	D	1191	medium positional	0.45	0.5
5	E	1191	medium positional	0.48	0.5
6	F	1191	medium positional	0.46	0.5
1	A	1460	tight thermal	0.13	0.5
2	B	1460	tight thermal	0.15	0.5
3	C	1460	tight thermal	0.18	0.5
4	D	1460	tight thermal	0.14	0.5
5	E	1460	tight thermal	0.15	0.5
6	F	1460	tight thermal	0.12	0.5
1	A	1191	medium thermal	0.87	2
2	B	1191	medium thermal	0.93	2
3	C	1191	medium thermal	1.07	2
4	D	1191	medium thermal	0.82	2
5	E	1191	medium thermal	0.96	2
6	F	1191	medium thermal	0.81	2

LS精密化シェル

解像度: 2.604→2.672 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.343	214
R_work	0.293	4683

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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