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万見
- PDB-2vna: Structure of Human Zinc-binding Alcohol Dehydrogenase 1 (ZADH1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vna
タイトルStructure of Human Zinc-binding Alcohol Dehydrogenase 1 (ZADH1)
要素PROSTAGLANDIN REDUCTASE 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALTERNATIVE SPLICING / DEHYDROGENASE PROSTAGLANDIN REDUCTASE ZINC-BINDING 5- OXOP NADP / CYTOPLASM
機能・相同性
機能・相同性情報


13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-oxidase [NAD(P)+] activity / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prostaglandin reductase 2 / Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Prostaglandin reductase 2 / Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Prostaglandin reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Shafqat, N. / Kavanagh, K. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Pilka, E. / Roos, A.K. / Picaud, S. / Johansson, C. / Smee, C. / Fedorov, O. ...Shafqat, N. / Kavanagh, K. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Pilka, E. / Roos, A.K. / Picaud, S. / Johansson, C. / Smee, C. / Fedorov, O. / Kochan, G. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / von Delft, F. / Opperman, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Zinc-Binding Alcohol Dehydrogenase 1 (Zadh1)
著者: Shafqat, N. / Kavanagh, K. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Pilka, E. / Roos, A.K. / Picaud, S. / Johansson, C. / Smee, C. / Fedorov, O. / Kochan, G. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / ...著者: Shafqat, N. / Kavanagh, K. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Pilka, E. / Roos, A.K. / Picaud, S. / Johansson, C. / Smee, C. / Fedorov, O. / Kochan, G. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / von Delft, F. / Opperman, U.
履歴
登録2008年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROSTAGLANDIN REDUCTASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0752
ポリマ－39,3321
非ポリマー7431
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.335, 83.505, 72.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROSTAGLANDIN REDUCTASE 2 / 15-OXOPROSTAGLANDIN 13-REDUCTASE / ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / ...15-OXOPROSTAGLANDIN 13-REDUCTASE / ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / PRG-2 / ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE


分子量: 39331.707 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: CDNA FROM ORIGENE / 細胞株 (発現宿主): R3-PRARE2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8N8N7, 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 2.2M SODIUM MALONATE PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 148662 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VJ1

1vj1


解像度: 2.17→34.43 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 23.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 2000 9.6 %
Rwork0.189 --
obs0.192 20920 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3446 Å20 Å20.2321 Å2
2--1.0201 Å20 Å2
3----1.3647 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→34.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 48 91 2774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1773735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0561036
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1673-2.22150.32511180.31491123X-RAY DIFFRACTION82
2.2215-2.28150.33521430.27811347X-RAY DIFFRACTION99
2.2815-2.34860.30281440.27951355X-RAY DIFFRACTION100
2.3486-2.42440.28661420.24031359X-RAY DIFFRACTION100
2.4244-2.51110.24091460.23651377X-RAY DIFFRACTION100
2.5111-2.61160.27191460.22491376X-RAY DIFFRACTION100
2.6116-2.73040.25231420.21691351X-RAY DIFFRACTION100
2.7304-2.87430.28711450.22351374X-RAY DIFFRACTION100
2.8743-3.05420.27111450.221363X-RAY DIFFRACTION100
3.0542-3.28990.24531440.20991362X-RAY DIFFRACTION100
3.2899-3.62060.20521460.18041378X-RAY DIFFRACTION100
3.6206-4.14380.18181440.1391369X-RAY DIFFRACTION100
4.1438-5.21780.1631460.12861384X-RAY DIFFRACTION100
5.2178-34.43440.20591490.16311402X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67710.4317-0.69941.9871-1.62041.5346-0.1796-0.0471-0.04420.5360.12790.13130.1461-0.0340.09170.52880.060.17360.17820.02020.313418.464-16.8893-1.9577
21.9809-0.0309-2.13220.8303-0.0332.15710.27020.60720.2869-0.1101-0.010.0093-0.1936-0.4062-0.09090.27450.1093-0.03510.38750.09880.309226.406-1.5775-26.9258
30.0138-0.183-0.24040.0513-0.05920.181-0.1377-0.69370.13980.14790.2253-0.32980.12680.4642-0.00840.26710.09210.07240.49360.05660.314541.8786-5.786-24.8703
40.63330.3334-1.26980.763-0.39251.5640.02310.17060.17250.37080.11840.3178-0.0635-0.2133-0.09060.2730.04370.01680.22130.03020.335917.037-7.0073-11.6528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 0:142)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 143:262)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 263:286)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 287:348)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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