PDB-2vm2: Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 1 crystallized ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vm2

タイトル

Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 1 crystallized using PEG as precipitant

要素

THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PROTEIN DISULFIDE REDUCTASE / THIOREDOXIN-FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmodesmata-mediated intercellular transport / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / protein-disulfide reductase activity / enzyme inhibitor activity / response to cold / response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HORDEUM VULGARE VAR. DISTICHUM (オオムギ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Maeda, K. / Hagglund, P. / Finnie, C. / Svensson, B. / Henriksen, A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of Barley Thioredoxin H Isoforms Hvtrxh1 and Hvtrxh2 Reveal Features Involved in Protein Recognition and Possibly in Discriminating the Isoform Specificity.
著者: Maeda, K. / Hagglund, P. / Finnie, C. / Svensson, B. / Henriksen, A.

履歴

登録	2008年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月28日	Group: Other
改定 1.3	2017年7月12日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vm2.cif.gz	106.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vm2.ent.gz	83.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vm2_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vm2_full_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示
XML形式データ	2vm2_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	2vm2_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vltC 2vluC 2vlvC 2vm1C 1ep7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pok-1 1xwc-d 1thx-d 2hxk-1 1auc-d 2h73-2 3m9k-1 2ifq-1 5hr0-2 5dbq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

B: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

C: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

D: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

51.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: THIOREDOXIN H ISOFORM 1.

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.726, 33.663, 132.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	THIOREDOXIN H ISOFORM 1. / THIOREDOXIN 分子量: 12769.681 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HORDEUM VULGARE VAR. DISTICHUM (オオムギ) Variant: BARKE / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: Q7XZK3, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.41 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20.6 Å / Num. obs: 46412 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EP7

1ep7

解像度: 1.8→20.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 5.224 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	2352	5.1 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.198	44058	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3329	0	0	544	3873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	1.958	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.315	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.919	25.072	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.605	15	608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.687	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.185	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.821	1.5	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.255	2	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.209	3	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.362	4.5	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.403	176
R_work	0.305	3221

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1555	-0.5317	0.1976	1.6907	0.1291	1.4614	-0.0033	0.0365	0.0166	0.0458	0.0256	0.0612	0.0428	0.0083	-0.0223	-0.1243	-0.0078	-0.0003	-0.1024	0.0126	-0.1091	17.0122	-12.694	14.7724
2	1.9514	-0.9018	-0.2791	1.8904	0.4711	0.8541	0.0297	0.0599	-0.0095	0.0036	-0.0547	0.0092	0.0174	-0.0236	0.0249	-0.0886	0.0085	0.0193	-0.093	0.0112	-0.1318	-10.627	-2.8708	44.1268
3	1.3465	-0.2442	1.2339	0.5884	-0.1547	2.6799	-0.0247	0.0474	0.023	-0.041	-0.0211	0.0171	-0.1947	-0.0335	0.0458	-0.0598	0.0133	0.0081	-0.0837	-0.0008	-0.1154	23.9099	-8.7181	46.6494
4	1.8781	0.0048	-0.4626	1.0191	0.0183	2.3097	-0.0069	0.1278	0.1004	-0.0034	0.0329	-0.0036	0.0431	0.0876	-0.026	-0.1064	-0.0172	0.01	-0.057	0.012	-0.1321	13.324	-2.8982	-11.545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	92 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	102 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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