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- PDB-2vl5: Structure of anti-collagen type II FAb CIIC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vl5
タイトルStructure of anti-collagen type II FAb CIIC1
要素(CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / RHEUMATOID FACTOR / ARTHRITIS / AUTOANTIBODIES / COLLAGEN TYPE II
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Uysal, H. / Sehnert, B. / Nandakumar, K.S. / Boiers, U. / Burkhardt, H. / Holmdahl, R. / Thunnissen, M.M.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of the Pathogenic Collagen Type II-Specific Mouse Monoclonal Antibody Ciic1 Fab: Structure to Function Analysis.
著者: Uysal, H. / Sehnert, B. / Nandakumar, K.S. / Boiers, U. / Burkhardt, H. / Holmdahl, R. / Thunnissen, M.M.
履歴
登録2008年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB
B: CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB
C: CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB
D: CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9444
ポリマ－94,9444
非ポリマー00
水9,404522
1
A: CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB
B: CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4722
ポリマ－47,4722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PQS
2
C: CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB
D: CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4722
ポリマ－47,4722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24650 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.600, 78.000, 99.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 83.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB


分子量: 23412.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: MONOCLONAL B-CELL HYBRIDOMA / 細胞株: MONOCLONAL B-CELL HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: DBA/1
#2: 抗体 CIIC1 ANTICOLLAGEN FAB


分子量: 24059.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: MONOCLONAL B-CELL HYBRIDOMA / 細胞株: MONOCLONAL B-CELL HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: DBA/1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 SODIUM-FORMATE, 20 % PEG 3350, PH 7.2 HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97564
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97564 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 191077 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.66
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.04 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FSK

1fsk


解像度: 2.1→24.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 18.093 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 2659 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.216 50517 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å2-2.52 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6642 0 0 522 7164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.9519297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2145865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.71624.545264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.791151085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7911525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.22656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7651.54459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23727055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9732769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8734.52242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.383 185
Rwork0.301 3516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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