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万見
- PDB-2vl2: Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vl2
タイトルOxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
要素(PEROXIREDOXIN-5) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE / ALTERNATIVE INITIATION / ANTIOXIDANT ENZYME / REDOX-ACTIVE CENTER / CYTOPLASM / PEROXIDASE / PEROXISOME / ANTIOXIDANT / POLYMORPHISM / MITOCHONDRION / PEROXIREDOXIN / TRANSIT PEPTIDE / THIOREDOXIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / peroxisomal matrix / positive regulation of collagen biosynthetic process / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to reactive oxygen species / peroxidase activity / peroxisome / cellular response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / inflammatory response / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Peroxiredoxin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.925 Å
データ登録者Smeets, A. / Declercq, J.P.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
著者: Smeets, A. / Marchand, C. / Linard, D. / Knoops, B. / Declercq, J.P.
履歴
登録2008年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXIREDOXIN-5
B: PEROXIREDOXIN-5
C: PEROXIREDOXIN-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8585
ポリマ－54,6143
非ポリマー2442
水7,026390
1
A: PEROXIREDOXIN-5
ヘテロ分子

A: PEROXIREDOXIN-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6644
ポリマ－36,4202
非ポリマー2442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area1830 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PQS
2
B: PEROXIREDOXIN-5
C: PEROXIREDOXIN-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5263
ポリマ－36,4042
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.067, 102.016, 146.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2032-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PEROXIREDOXIN-5 / PRX-V / PEROXISOMAL ANTIOXIDANT ENZYME / PLP / THIOREDOXIN REDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE PMP20 ...PRX-V / PEROXISOMAL ANTIOXIDANT ENZYME / PLP / THIOREDOXIN REDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE PMP20 / ANTIOXIDANT ENZYME B166 / AOEB166 / TPX TYPE VI / LIVER TISSUE 2D-PAGE SPOT 71B / ALU COREPRESSOR 1 / HUMAN PEROXIREDOXIN 5


分子量: 18209.850 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LUNG / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P30044, peroxiredoxin
#2: タンパク質 PEROXIREDOXIN-5 / PRX-V / PEROXISOMAL ANTIOXIDANT ENZYME / PLP / THIOREDOXIN REDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE PMP20 ...PRX-V / PEROXISOMAL ANTIOXIDANT ENZYME / PLP / THIOREDOXIN REDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE PMP20 / ANTIOXIDANT ENZYME B166 / AOEB166 / TPX TYPE VI / LIVER TISSUE 2D-PAGE SPOT 71B / ALU COREPRESSOR 1 / HUMAN PEROXIREDOXIN 5


分子量: 18193.850 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LUNG / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P30044, peroxiredoxin
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: NACL 0.1M TRIS PH 8 0.1M PEG 3350 20%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8156
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月7日 / 詳細: MIRROR 2 BENT, VERTICALLY FOCUSSING
放射モノクロメーター: SI 111, HORIZONTALLY FOCUSSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8156 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→57.5 Å / Num. obs: 42806 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HD2

1hd2


解像度: 1.925→57.5 Å / SU ML: 0.32 / 位相誤差: 25.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2549 2157 5 %
Rwork0.2048 --
obs0.2074 42806 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.32 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3718 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.4406 Å20 Å2
3----4.9312 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.925→57.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3578 0 18 390 3986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0184949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8271337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004650

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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