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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vl0
タイトルX-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC)
要素Cys-loop ligand-gated ion channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL / PROKARYOTIC CYS-LOOP RECEPTOR / CATION SELECTIVE CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cys-loop ligand-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hilf, R.J.C. / Dutzler, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: X-Ray Structure of a Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel
著者: Hilf, R.J.C. / Dutzler, R.
履歴
登録2008年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cys-loop ligand-gated ion channel
B: Cys-loop ligand-gated ion channel
C: Cys-loop ligand-gated ion channel
D: Cys-loop ligand-gated ion channel
E: Cys-loop ligand-gated ion channel
F: Cys-loop ligand-gated ion channel
G: Cys-loop ligand-gated ion channel
H: Cys-loop ligand-gated ion channel
I: Cys-loop ligand-gated ion channel
J: Cys-loop ligand-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,21910
ポリマ－368,21910
非ポリマー00
水00
1
A: Cys-loop ligand-gated ion channel
B: Cys-loop ligand-gated ion channel
C: Cys-loop ligand-gated ion channel
D: Cys-loop ligand-gated ion channel
E: Cys-loop ligand-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,1105
ポリマ－184,1105
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27910 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area78630 Å2
手法PQS
2
F: Cys-loop ligand-gated ion channel
G: Cys-loop ligand-gated ion channel
H: Cys-loop ligand-gated ion channel
I: Cys-loop ligand-gated ion channel
J: Cys-loop ligand-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,1105
ポリマ－184,1105
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27540 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area81310 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.502, 266.147, 110.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.31531, -0.93743, 0.14767), (0.9115, 0.34247, 0.22777), (-0.26409, 0.06279, 0.96245)-105.2138, 76.83292, -26.39396
2given(-0.79192, -0.61007, -0.0259), (0.5423, -0.72218, 0.42938), (-0.28066, 0.32599, 0.90275)-214.24937, 1.3117, -19.29384
3given(-0.80138, 0.52891, -0.27938), (-0.59737, -0.73164, 0.3284), (-0.03071, 0.43006, 0.90228)-177.44312, -122.39538, 11.27652
4given(0.30247, 0.91459, -0.26841), (-0.94172, 0.33025, 0.06407), (0.14724, 0.23338, 0.96117)-45.32915, -124.42756, 23.84669
5given(-0.04145, -0.00104, 0.99914), (0.06028, 0.99818, 0.00354), (-0.99732, 0.06037, -0.04131)-40.67315, -60.66836, -138.97089
6given(-0.27955, 0.09816, 0.9551), (0.92615, 0.28986, 0.24129), (-0.25316, 0.95202, -0.17194)-63.25872, 9.65004, -28.85288
7given(-0.2531, 0.35393, 0.90038), (0.49371, -0.75312, 0.43482), (0.83198, 0.55457, 0.01587)-51.88315, -71.91399, 75.48394
8given(0.00825, 0.41354, 0.91045), (-0.64063, -0.69691, 0.32235), (0.7678, -0.58592, 0.25917)-21.48747, -192.76185, 30.55765
9given(0.13625, -0.92339, -0.35886), (0.18847, 0.37978, -0.90567), (0.97258, 0.05577, 0.22578)-208.07477, -18.27176, 48.22716

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要素

#1: タンパク質
Cys-loop ligand-gated ion channel / ELIC


分子量: 36821.949 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya chrysanthemi (バクテリア)
プラスミド: PET26 DERIVATIVE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C7B7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
解説: PHASES WERE EXTENDED BY CYCLIC 10-FOLD NCS AVERAGING
結晶化pH: 6.5
詳細: 15 % PEG 4000, 200MM AMMONIUM SULFATE, 50 MM ADA PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS CUSTOM / 日付: 2007年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 86136 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXC D位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.3→29.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 4877940.57 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELYHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 4335 5 %THIN RESOLUTION SLICES
Rwork0.263 ---
obs0.263 86080 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.2833 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 129.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.75 Å20 Å220.43 Å2
2---23.24 Å20 Å2
3---19.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.14 Å1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25010 0 0 0 25010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.63
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.82.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.24
Refine LS restraints NCSNCS model details: TIGHT NCS POSITIONAL AND B-FACTOR RESTRAINTS
Weight Biso : 5 / Weight position: 100
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 672 4.7 %
Rwork0.435 13631 -
obs--100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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