PDB-2vkp: Crystal structure of BTB domain from BTBD6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vkp

タイトル

Crystal structure of BTB domain from BTBD6

要素

BTB/POZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 6

キーワード

PROTEIN BINDING / PROTEIN-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

neurogenesis / post-translational protein modification / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cooper, C.D.O. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Filippakopoulos, P. / Bunkoczi, G. / Elkins, J.M. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Edwards, A. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Btb Domain from Btbd6
著者: Cooper, C.D.O. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Filippakopoulos, P. / Bunkoczi, G. / Elkins, J.M. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.

履歴

登録	2007年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
改定 1.3	2017年12月13日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation_author / entity_src_gen Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._citation_author.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vkp.cif.gz	54.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vkp.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vkp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vkp_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vkp_full_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示
XML形式データ	2vkp_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	2vkp_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vkp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4eag-d 5v88-d 4eaj-d 4bos-d 3ziy-d 3zbm-d 3zkq-d 1qpp-d 3lrq-d 4ed9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BTB/POZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 6

B: BTB/POZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 6

ヘテロ分子

24.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BTB/POZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 6

B: BTB/POZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 6

ヘテロ分子

A: BTB/POZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 6

B: BTB/POZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.135, 58.135, 332.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.874, -0.486, 0.027), (-0.486, 0.873, -0.023), (-0.012, -0.033, -0.999)
ベクター: 77.49804, 20.90195, 41.86135)

#1: タンパク質	BTB/POZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 6 / LENS BTB DOMAIN PROTEIN / BTB DOMAIN PROTEIN BTBD6 分子量: 12160.424 Da / 分子数: 2 / 断片: BTB DOMAIN, RESIDUES 2-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q96KE9
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.8M POTASSIUM CITRATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.98248, 0.97874

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98248	1
2	0.97874	1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 27754 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→43.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.7 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	1403	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	26222	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6 Å²	0.8 Å²	0 Å²
2-	-	1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1625	0	5	174	1804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.975	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.889	3	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.22	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.405	24.098	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.727	15	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.891	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.116	0.2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.662	3	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.796	5	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.877	8	607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.732	11	559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.246	83
R_work	0.252	1907

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4882	0.1963	-0.7416	1.5728	0.1676	2.5896	-0.1469	0.1373	-0.2094	-0.185	0.0727	-0.0658	0.2356	-0.0339	0.0742	0.2153	-0.0441	0.0678	0.0307	-0.043	0.0511	41.2846	27.3009	0.6468
2	3.751	-1.5218	0.7173	4.0483	0.2738	4.2659	-0.0879	0.1362	-0.3559	-0.0115	-0.089	-0.0903	0.483	0.2038	0.1769	0.215	-0.0504	0.0627	0.018	-0.0246	0.1007	38.047	25.6666	7.3345
3	12.1811	-8.3971	-8.2479	15.7433	8.0567	16.3144	0.1114	0.2964	0.4379	-0.5013	-0.0619	0.3238	-0.9255	-0.5533	-0.0495	0.2035	-0.0319	-0.0028	0.1438	0.0184	0.0975	34.0348	37.5386	-0.1561
4	4.1874	-0.2381	-1.8813	2.7477	1.4294	4.9692	-0.0472	0.0723	0.0682	-0.17	0.0094	0.0952	0.0042	-0.1848	0.0378	0.1602	-0.0393	0.0099	0.0373	-0.0033	0.0865	33.4625	35.9551	12.0509
5	14.1767	-3.0468	0.8567	6.7871	2.1061	11.7528	0.0255	-0.1584	0.3835	0.1745	0.0215	0.6156	-0.4019	-0.6739	-0.047	0.1601	0.01	-0.0066	0.0952	-0.0109	0.1366	25.148	42.3726	17.7359
6	1.0774	0.3849	0.5329	1.7635	-0.3525	4.4062	-0.1454	-0.1632	-0.0365	-0.2894	0.1158	-0.2694	0.473	-0.1209	0.0295	0.1619	-0.1445	0.0547	0.1048	-0.0315	0.0471	31.2274	24.4153	40.7777
7	5.1576	-1.1212	0.7737	4.29	-2.2936	1.7547	-0.0807	-0.2231	-0.215	-0.5359	0.1955	0.1506	0.4264	-0.4137	-0.1148	0.1723	-0.2201	-0.0164	0.191	0.0091	0.0119	18.1447	21.9852	36.981
8	1.3923	0.3312	-1.1811	5.251	-0.5144	3.4641	-0.1443	0.0141	-0.0853	-0.325	-0.0219	-0.1003	0.3859	-0.2775	0.1662	0.1672	-0.1237	0.0351	0.0886	-0.0304	0.0441	32.3012	26.8894	33.1384
9	3.6543	6.8515	-5.4867	17.1829	-10.6959	13.4691	0.1359	-0.2031	0.406	0.3824	-0.1095	0.3106	-0.6832	-0.119	-0.0264	0.1043	-0.0093	-0.0022	0.1592	-0.0404	0.1309	30.2332	37.6276	40.2326
10	1.7983	1.1036	-0.0938	2.9251	-0.962	2.8259	-0.1252	-0.0506	0.064	-0.0703	-0.0054	-0.0816	0.1349	-0.281	0.1306	0.1047	-0.0888	-0.0018	0.0867	-0.0306	0.0757	32.0903	37.8144	26.6047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	68 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	74 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	101 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 33
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	34 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	51 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	69 - 74
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	75 - 108

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)