PDB-2vgg: HUMAN ERYTHROCYTE PYRUVATE KINASE: R479H MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vgg

タイトル

HUMAN ERYTHROCYTE PYRUVATE KINASE: R479H MUTANT

要素

PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

キーワード

TRANSFERASE / METAL-BINDING / PHOSPHORYLATION / PYRUVATE KINASE IN THE ACTIVE R-STATE / KINASE / PYRUVATE / MAGNESIUM / GLYCOLYSIS / DISEASE MUTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / monosaccharide binding / response to metal ion / Glycolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Valentini, G. / Chiarelli, L.R. / Fortin, R. / Dolzan, M. / Galizzi, A. / Abraham, D.J. / Wang, C. / Bianchi, P. / Zanella, A. / Mattevi, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and Function of Human Erythrocyte Pyruvate Kinase. Molecular Basis of Nonspherocytic Hemolytic Anemia.
著者: Valentini, G. / Chiarelli, L.R. / Fortin, R. / Dolzan, M. / Galizzi, A. / Abraham, D.J. / Wang, C. / Bianchi, P. / Zanella, A. / Mattevi, A.

履歴

登録	2007年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2007年11月20日	ID: 1LIY
改定 1.0	2007年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月7日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年3月8日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Advisory / Atomic model / カテゴリ: atom_site / pdbx_validate_close_contact Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vgg.cif.gz	381.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vgg.ent.gz	310 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vgg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vgg_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vgg_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	2vgg_validation.xml.gz	82.4 KB	表示
CIF形式データ	2vgg_validation.cif.gz	107.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vgg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vgbSC 2vgfC 2vgiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wp4-1 2vgi-d 4yj5-d 1a49-1 6wp6-1 6gg6-1 6gg6-2 1a5u-1 3bjf-d 3srd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (16) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (16)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

B: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

C: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

D: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

ヘテロ分子

230 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.036, 171.795, 85.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	57 - 160
2	1	1	1	B	57 - 160
3	1	1	1	C	57 - 160
4	1	1	1	D	57 - 160
1	2	1	1	A	262 - 430
2	2	1	1	B	262 - 430
3	2	1	1	C	262 - 430
4	2	1	1	D	262 - 430
1	1	2	4	A	163 - 259
2	1	2	4	B	163 - 259
3	1	2	4	C	163 - 259
4	1	2	4	D	163 - 259
1	1	3	1	A	431 - 573
2	1	3	1	B	431 - 573
3	1	3	1	C	431 - 573
4	1	3	1	D	431 - 573

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質

PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L / R-TYPE/L-TYPE PYRUVATE KINASE / RED CELL/LIVER PYRUVATE KINASE / PYRUVATE KINASE 1PYRUVATE KINASE

分子量: 56955.277 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 47-574 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30613, pyruvate kinase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

#3: 化合物

ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸

分子量: 156.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₅O₆P

#4: 化合物

ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン

分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

#5: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 479 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 479 TO HIS ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 50701 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VGB

2vgb

解像度: 2.74→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 50.583 / SU ML: 0.461 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.294	759	1.5 %	RANDOM
R_work	0.253	-	-	-
obs	0.254	50700	92.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	-1.04 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15181	0	124	0	15305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	15532
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.952	1.976	21057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.463	5	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.325	22.946	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.428	15	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.87	15	154
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.293	0.2	7978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.342	0.2	10706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.477	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.373	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.593	1.5	9931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.153	2	15985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.966	3	5633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.275	4.5	5072
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1959	tight positional	0.12	0.05
1	2	B	1959	tight positional	0.08	0.05
1	3	C	1959	tight positional	0.1	0.05
1	4	D	1959	tight positional	0.09	0.05
3	1	A	1111	tight positional	0.04	0.05
3	2	B	1111	tight positional	0.05	0.05
3	3	C	1111	tight positional	0.05	0.05
3	4	D	1111	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	484	medium positional	0.24	0.5
2	2	B	484	medium positional	0.24	0.5
2	3	C	484	medium positional	0.24	0.5
2	4	D	484	medium positional	0.24	0.5
1	1	A	1959	tight thermal	0.2	0.5
1	2	B	1959	tight thermal	0.2	0.5
1	3	C	1959	tight thermal	0.18	0.5
1	4	D	1959	tight thermal	0.19	0.5
3	1	A	1111	tight thermal	0.08	0.5
3	2	B	1111	tight thermal	0.08	0.5
3	3	C	1111	tight thermal	0.08	0.5
3	4	D	1111	tight thermal	0.1	0.5
2	1	A	484	medium thermal	0.43	2
2	2	B	484	medium thermal	0.41	2
2	3	C	484	medium thermal	0.62	2
2	4	D	484	medium thermal	0.55	2

LS精密化シェル

解像度: 2.74→2.81 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.468	49
R_work	0.387	3553

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1236	0.3062	0.6065	2.3982	0.6647	2.0558	0.2729	0.1544	-0.2716	-0.0172	-0.0612	0.0449	0.5666	0.0701	-0.2117	0.1705	0.1448	-0.243	-0.204	-0.0774	-0.152	29.0448	-6.5808	37.5238
2	11.8016	-1.5759	-0.1045	12.7051	1.0955	7.9372	0.2148	0.9201	1.4561	-0.2764	0.0599	-1.7627	-0.401	0.8157	-0.2747	0.0232	-0.1021	0.0138	0.4014	0.0283	0.5164	49.7559	24.0127	35.157
3	2.6082	-0.2763	0.8689	1.7228	-0.5666	3.4685	-0.0135	-0.1895	-0.0898	0.4744	0.0273	-0.1238	0.3487	-0.0345	-0.0139	0.4207	-0.0822	-0.1693	-0.481	-0.0618	-0.1092	-6.1801	-28.3834	12.3039
4	8.0112	-1.032	1.7106	17.0475	-4.5712	16.8906	-0.5059	-0.1045	0.3727	0.0737	1.1567	1.9141	-0.4153	-1.7546	-0.6508	0.1881	-0.1998	0.0404	0.6249	0.2073	0.558	-39.5542	-21.0481	1.524
5	2.7131	-0.5921	1.9834	1.563	-0.6279	3.7718	-0.1374	-0.2109	0.3233	-0.1752	-0.099	0.156	-0.1477	-0.2241	0.2364	-0.0244	0.0328	-0.154	-0.3336	-0.126	-0.0735	9.0661	27.4348	31.8379
6	10.5473	-2.2631	0.4965	8.7578	0.6524	9.722	0.2558	0.0071	-0.8036	1.3216	0.0787	-0.1587	0.5366	-0.1431	-0.3345	0.4586	-0.0104	-0.1964	-0.2984	-0.1108	-0.0166	16.7292	21.4319	67.7102
7	1.4823	0.487	0.3425	3.4287	1.0577	1.9962	-0.0716	-0.0122	0.2452	0.1917	-0.0518	0.1222	-0.1164	-0.1153	0.1233	0.0412	-0.0268	-0.2012	-0.3915	-0.0032	-0.149	-11.5102	6.5089	-6.5473
8	9.2985	-0.5677	-1.9813	15.2111	-5.8172	16.6223	0.2938	-0.1774	-0.3608	-2.3356	-0.0792	0.0148	2.4924	-0.3281	-0.2146	0.8154	-0.0452	-0.2189	-0.3762	-0.134	-0.0265	-5.5589	-21.7393	-29.5818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	57 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	261 - 573
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	57 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	261 - 573
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	161 - 260
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	57 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	261 - 573
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	161 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	57 - 160
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	261 - 573
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	161 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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