PDB-2vgb: HUMAN ERYTHROCYTE PYRUVATE KINASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vgb

タイトル

HUMAN ERYTHROCYTE PYRUVATE KINASE

要素

PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

キーワード

TRANSFERASE / METAL-BINDING / PHOSPHORYLATION / PYRUVATE KINASE IN THE ACTIVE R-STATE / KINASE / PYRUVATE / MAGNESIUM / GLYCOLYSIS / DISEASE MUTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / response to metal ion / monosaccharide binding / Glycolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Valentini, G. / Chiarelli, L. / Fortin, R. / Dolzan, M. / Galizzi, A. / Abraham, D.J. / Wang, C. / Bianchi, P. / Zanella, A. / Mattevi, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and Function of Human Erythrocyte Pyruvate Kinase. Molecular Basis of Nonspherocytic Hemolytic Anemia.
著者: Valentini, G. / Chiarelli, L.R. / Fortin, R. / Dolzan, M. / Galizzi, A. / Abraham, D.J. / Wang, C. / Bianchi, P. / Zanella, A. / Mattevi, A.

履歴

登録	2007年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2007年11月20日	ID: 1LIU
改定 1.0	2007年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Atomic model / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2vgb.ent.gz	311.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vgb_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vgb_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2vgb_validation.xml.gz	74.5 KB	表示
CIF形式データ	2vgb_validation.cif.gz	100.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vgb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vgfC 2vggC 2vgiC 1pknS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vgf-d 3srf-3 4b2d-d 2vgi-d 2g50-2 3srd-d 3n25-2 1f3x-2 2g50-1 5x0i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (16) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (16)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

B: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

C: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

D: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L

ヘテロ分子

230 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.413, 172.058, 85.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	GLU	GLU	1	A	A	57 - 161	11 - 115
2	1	1	GLN	GLN	GLU	GLU	1	B	B	57 - 161	11 - 115
3	1	1	GLN	GLN	GLU	GLU	1	C	C	57 - 161	11 - 115
4	1	1	GLN	GLN	GLU	GLU	1	D	D	57 - 161	11 - 115
1	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	A	A	261 - 430	215 - 384
2	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	B	B	261 - 430	215 - 384
3	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	C	C	261 - 430	215 - 384
4	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	D	D	261 - 430	215 - 384
1	3	1	FBP	FBP	FBP	FBP	4	A	E	580
2	3	1	FBP	FBP	FBP	FBP	4	B	I	580
3	3	1	FBP	FBP	FBP	FBP	4	C	M	580
4	3	1	FBP	FBP	FBP	FBP	4	D	Q	580
1	1	2	ILE	ILE	ASP	ASP	4	A	A	162 - 260	116 - 214
2	1	2	ILE	ILE	ASP	ASP	4	B	B	162 - 260	116 - 214
3	1	2	ILE	ILE	ASP	ASP	4	C	C	162 - 260	116 - 214
4	1	2	ILE	ILE	ASP	ASP	4	D	D	162 - 260	116 - 214
1	1	3	ALA	ALA	ILE	ILE	1	A	A	431 - 573	385 - 527
2	1	3	ALA	ALA	ILE	ILE	1	B	B	431 - 573	385 - 527
3	1	3	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	431 - 573	385 - 527
4	1	3	ALA	ALA	ILE	ILE	1	D	D	431 - 573	385 - 527
1	2	3	PGA	PGA	PGA	PGA	4	A	F	581
2	2	3	PGA	PGA	PGA	PGA	4	B	J	581
3	2	3	PGA	PGA	PGA	PGA	4	C	N	581
4	2	3	PGA	PGA	PGA	PGA	4	D	R	581

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L / R-TYPE/L-TYPE PYRUVATE KINASE / RED CELL/LIVER PYRUVATE KINASE / PYRUVATE KINASE 1 / PYRUVATE KINASE

分子量: 56974.324 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 47-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30613, pyruvate kinase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

-
非ポリマー , 4種, 77分子

#3: 化合物	ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸分子量: 156.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₅O₆P
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: RECOMBINANT WILD-TYPE RPK WAS CRYSTALLIZED USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD AT 22 C. WELL SOLUTIONS CONSISTED OF 50 MM MES/KOH, PH 6.4, 10 MM MNSO4, AND 10-14% W/V PEG8000. HANGING DROPS WERE ...詳細: RECOMBINANT WILD-TYPE RPK WAS CRYSTALLIZED USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD AT 22 C. WELL SOLUTIONS CONSISTED OF 50 MM MES/KOH, PH 6.4, 10 MM MNSO4, AND 10-14% W/V PEG8000. HANGING DROPS WERE FORMED BY MIXING EQUAL VOLUMES OF 12 MG/ML PROTEIN IN 50 MM KCL, 5 MM FBP, 5 MM PHOSPHOGLYCOLATE, 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 7.0, AND WELL SOLUTIONS.

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: RECOMBINANT WILD-TYPE RPK WAS CRYSTALLIZED USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD AT 22 C. WELL SOLUTIONS CONSISTED OF 50 MM MES/KOH, PH 6.4, 10 MM MNSO4, AND 10-14% W/V PEG8000. HANGING DROPS WERE ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / タイプ: ESRF / 波長: 1
検出器	検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 55091 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.7 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PKN

1pkn

解像度: 2.73→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 35.492 / SU ML: 0.332 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	2780	5.1 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.229	52174	96.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15423	0	124	65	15612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	15782
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.513	1.977	21409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.423	5	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.011	23.014	657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.809	15	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.116	15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.257	0.2	7652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	10829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.54	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.315	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.399	1.5	10104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.785	2	16275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.546	3	5710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.564	4.5	5134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2066	tight positional	0.07	0.05
1	2	B	2066	tight positional	0.06	0.05
1	3	C	2066	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	2066	tight positional	0.05	0.05
3	1	A	1112	tight positional	0.04	0.05
3	2	B	1112	tight positional	0.04	0.05
3	3	C	1112	tight positional	0.05	0.05
3	4	D	1112	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	20	medium positional	0.28	0.5
1	2	B	20	medium positional	0.62	0.5
1	3	C	20	medium positional	0.43	0.5
1	4	D	20	medium positional	0.35	0.5
2	1	A	541	medium positional	0.4	0.5
2	2	B	541	medium positional	0.3	0.5
2	3	C	541	medium positional	0.23	0.5
2	4	D	541	medium positional	0.25	0.5
3	1	A	9	medium positional	0.26	0.5
3	2	B	9	medium positional	0.24	0.5
3	3	C	9	medium positional	0.19	0.5
3	4	D	9	medium positional	0.35	0.5
1	1	A	2066	tight thermal	0.09	0.5
1	2	B	2066	tight thermal	0.09	0.5
1	3	C	2066	tight thermal	0.1	0.5
1	4	D	2066	tight thermal	0.1	0.5
3	1	A	1112	tight thermal	0.08	0.5
3	2	B	1112	tight thermal	0.07	0.5
3	3	C	1112	tight thermal	0.09	0.5
3	4	D	1112	tight thermal	0.08	0.5
1	1	A	20	medium thermal	0.83	2
1	2	B	20	medium thermal	1.25	2
1	3	C	20	medium thermal	1.17	2
1	4	D	20	medium thermal	0.81	2
2	1	A	541	medium thermal	0.41	2
2	2	B	541	medium thermal	0.36	2
2	3	C	541	medium thermal	0.44	2
2	4	D	541	medium thermal	0.46	2
3	1	A	9	medium thermal	0.28	2
3	2	B	9	medium thermal	0.46	2
3	3	C	9	medium thermal	0.31	2
3	4	D	9	medium thermal	0.38	2

LS精密化シェル

解像度: 2.73→2.79 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.384	151
R_work	0.334	3194

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.878	0.1428	1.0719	1.8684	0.4468	1.5789	0.2209	0.155	-0.3718	-0.0067	-0.0333	-0.0336	0.3819	0.1085	-0.1876	-0.1639	0.0735	0.0277	0.003	-0.0118	-0.1044	27.9022	-6.5686	37.336
2	10.1872	-0.0612	-0.3443	11.6732	1.7381	10.7703	0.2367	0.7691	1.2113	-0.0518	0.1215	-1.7249	-0.1413	0.2198	-0.3582	-0.0942	-0.0302	0.0805	0.2678	0.1469	0.5202	49.9273	24.1544	33.9283
3	2.2121	0.3638	1.1439	1.8136	-0.3382	2.1907	0.1057	-0.3222	-0.3799	0.4001	0.0935	-0.1703	0.1305	-0.0997	-0.1991	-0.021	-0.013	0.06	-0.1004	0.0735	-0.0433	-6.8293	-27.9279	12.4788
4	13.7967	-0.4967	-0.4898	9.8383	-1.9484	17.6017	-1.0607	-0.0025	0.3386	-0.0812	1.2946	1.9249	-0.3117	-2.5602	-0.2339	0.0613	-0.0942	0.1766	0.7433	0.3164	0.6573	-40.3889	-19.5393	2.0063
5	1.1948	-0.2406	0.6342	1.37	-0.29	2.1764	-0.0375	0.0208	0.1438	-0.0874	-0.0253	0.0986	-0.1245	-0.041	0.0628	-0.1885	0.0013	0.0353	-0.1358	-0.0331	-0.1258	9.0178	27.2882	30.8966
6	7.3704	0.0833	-0.0582	6.4412	0.7559	5.9273	0.0701	-0.4608	-0.448	0.6801	0.1267	-0.0665	0.3466	-0.056	-0.1968	0.1113	-0.0393	0.0336	0.014	-0.0012	-0.1175	15.5615	21.1803	67.4129
7	1.1383	0.3273	0.2816	2.7547	0.5332	0.8158	-0.0934	-0.0438	0.2294	0.168	-0.0084	0.1378	-0.1126	-0.0377	0.1018	-0.1963	-0.0021	0.0132	-0.1063	0.0236	-0.1328	-11.0003	6.2724	-6.7195
8	5.6513	1.9334	-0.6495	8.069	-1.3336	6.4676	0.0244	0.3304	-0.2735	-1.1082	0.0727	-0.2886	0.5538	0.2116	-0.0971	0.1643	-0.0416	0.0659	-0.011	-0.0207	-0.048	-4.3537	-22.6928	-29.6628

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	57 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	261 - 573
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	57 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	261 - 573
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	161 - 260
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	57 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	261 - 573
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	161 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	57 - 160
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	261 - 573
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	161 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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