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万見
- PDB-2vg4: Rv2361 native -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vg4
タイトルRv2361 native
要素UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
キーワードTRANSFERASE / PRENYLTRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / CELL CYCLE / CELL SHAPE / CELL DIVISION
機能・相同性
機能・相同性情報


trans,polycis-decaprenyl diphosphate synthase / all-trans-nonaprenyl-diphosphate synthase (geranyl-diphosphate specific) activity / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / prenyltransferase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding ...trans,polycis-decaprenyl diphosphate synthase / all-trans-nonaprenyl-diphosphate synthase (geranyl-diphosphate specific) activity / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / prenyltransferase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Decaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Wang, W. / Dong, C.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: The structural basis of chain length control in Rv1086.
著者: Wang, W. / Dong, C. / McNeil, M. / Kaur, D. / Mahapatra, S. / Crick, D.C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2007年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年10月18日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / diffrn ...atom_site / diffrn / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id
改定 2.12017年12月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
B: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
C: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
D: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8434
ポリマ－129,8434
非ポリマー00
水27015
1
A: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
C: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9222
ポリマ－64,9222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-10.08 kcal/mol
Surface area24190 Å2
手法PISA
2
B: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
D: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9222
ポリマ－64,9222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-11.74 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.300, 87.300, 183.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE / UPP SYNTHETASE / DI-TRANS / POLY-CIS-DECAPRENYL CISTRANSFERASE / UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE ...UPP SYNTHETASE / DI-TRANS / POLY-CIS-DECAPRENYL CISTRANSFERASE / UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / UDS / RV2361C


分子量: 32460.809 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 13-296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P60479, UniProt: P9WFF7*PLUS, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→69 Å / Num. obs: 44230 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→52 Å / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE TWIN FRACTION WAS REFINED THROUGHOUT. THE TWINNING OPERATOR IS -H-K,K,-L. TWINNING FRACTION IS NOT KNOWN. BOTH TWINNED AND DE-TWINNED DATASETS ARE AVAILABLE UNDER THE CODE R2VG4SF.ENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 -5 %
Rwork0.216 --
obs0.23 44230 84 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9141 0 0 15 9156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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