PDB-2vg4: Rv2361 native

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vg4

タイトル

Rv2361 native

要素

UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

キーワード

TRANSFERASE / PRENYLTRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / CELL CYCLE / CELL SHAPE / CELL DIVISION

機能・相同性

機能・相同性情報

trans,polycis-decaprenyl diphosphate synthase / all-trans-nonaprenyl-diphosphate synthase (geranyl-diphosphate specific) activity / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / prenyltransferase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Naismith, J.H. / Wang, W. / Dong, C.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: The structural basis of chain length control in Rv1086.
著者: Wang, W. / Dong, C. / McNeil, M. / Kaur, D. / Mahapatra, S. / Crick, D.C. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2007年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2017年10月18日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / diffrn ...atom_site / diffrn / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id
改定 2.1	2017年12月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.2	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vg4.cif.gz	414.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vg4.ent.gz	347.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vg4_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vg4_full_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示
XML形式データ	2vg4_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	2vg4_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vg4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vfwC 2vg0C 2vg1C 2vg2C 2vg3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vg3-1 6ime-d 2vg2-1 1dji-1 2get-1 2vg2-2 6tbj-4 6tbk-6 6h0b-2 3jwi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

B: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

C: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

D: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

C: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

D: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.300, 87.300, 183.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE / UPP SYNTHETASE / DI-TRANS / POLY-CIS-DECAPRENYL CISTRANSFERASE / UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE ...UPP SYNTHETASE / DI-TRANS / POLY-CIS-DECAPRENYL CISTRANSFERASE / UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / UDS / RV2361C 分子量: 32460.809 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 13-296 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P60479, UniProt: P9WFF7*PLUS, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE / UPP SYNTHETASE / DI-TRANS / POLY-CIS-DECAPRENYL CISTRANSFERASE / UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE ...

分子量: 32460.809 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 13-296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P60479, UniProt: P9WFF7*PLUS, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→69 Å / Num. obs: 44230 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→52 Å / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE TWIN FRACTION WAS REFINED THROUGHOUT. THE TWINNING OPERATOR IS -H-K,K,-L. TWINNING FRACTION IS NOT KNOWN. BOTH TWINNED AND DE-TWINNED DATASETS ARE AVAILABLE UNDER THE CODE R2VG4SF.ENT.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	-	5 %
R_work	0.216	-	-
obs	0.23	44230	84 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9141	0	0	15	9156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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