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万見
- PDB-2vg1: Rv1086 E,E-farnesyl diphosphate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vg1
タイトルRv1086 E,E-farnesyl diphosphate complex
要素SHORT-CHAIN Z-ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHETASE
キーワードTRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / SECRETED / CELL SHAPE / PRENYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(2Z,6E)-farnesyl diphosphate synthase / : / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] activity / polyprenol biosynthetic process / prenyltransferase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / (2Z,6E)-farnesyl diphosphate synthase / (2Z,6E)-farnesyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Wang, W. / Dong, C.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: The structural basis of chain length control in Rv1086.
著者: Wang, W. / Dong, C. / McNeil, M. / Kaur, D. / Mahapatra, S. / Crick, D.C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2007年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年12月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42018年5月2日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHORT-CHAIN Z-ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHETASE
B: SHORT-CHAIN Z-ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,81411
ポリマ－50,6892
非ポリマー1,1259
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-34.2 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.827, 74.092, 103.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 29 - 256 / Label seq-ID: 1 - 228

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 SHORT-CHAIN Z-ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHETASE / Z-FPP SYNTHETASE / Z-ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / Z-FPPS / RV1086


分子量: 25344.400 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 29-256 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O53434, UniProt: P9WFF5*PLUS, (2Z,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / 二りん酸α-(3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエニル)


分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.79 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / タイプ: ESRF / 波長: 0.976
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→60 Å / Num. obs: 50127 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SCALAデータ削減
MOSFLMデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→51.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.549 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2547 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 47540 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→51.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3568 0 70 479 4117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1281.9615114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8263.0016102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7975470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39722.637182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55415591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7291542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.22909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9051.52978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07123673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90431707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7534.51435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2941 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.665
loose thermal1.7310
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 202
Rwork0.244 3479
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26260.157-0.46430.9485-0.23761.14910.0292-0.0078-0.0443-0.0825-0.04170.08060.0058-0.04360.0124-0.1524-0.002-0.0158-0.1644-0.0211-0.1781-1.9360.5392.827
21.4323-0.02680.4590.5219-0.15551.3999-0.01310.0755-0.01310.0051-0.0150.01710.06950.04530.0282-0.14580.00570.0345-0.18820.0106-0.19292.415-1.47931.868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 256
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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