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万見
- PDB-2vg3: Rv2361 with citronellyl pyrophosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vg3
タイトルRv2361 with citronellyl pyrophosphate
要素UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
キーワードTRANSFERASE / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / CELL CYCLE / PRENYL TRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


trans,polycis-decaprenyl diphosphate synthase / all-trans-nonaprenyl-diphosphate synthase (geranyl-diphosphate specific) activity / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / prenyltransferase activity / manganese ion binding ...trans,polycis-decaprenyl diphosphate synthase / all-trans-nonaprenyl-diphosphate synthase (geranyl-diphosphate specific) activity / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / prenyltransferase activity / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Decaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Wang, W. / Dong, C.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: The structural basis of chain length control in Rv1086.
著者: Wang, W. / Dong, C. / McNeil, M. / Kaur, D. / Mahapatra, S. / Crick, D.C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2007年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42018年5月2日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
B: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
C: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
D: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,74119
ポリマ－129,8434
非ポリマー1,89815
水7,692427
1
A: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
C: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8829
ポリマ－64,9222
非ポリマー9607
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-53.7 kcal/mol
Surface area23580 Å2
手法PISA
2
B: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
D: UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,85910
ポリマ－64,9222
非ポリマー9388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-46.5 kcal/mol
Surface area23130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.870, 86.870, 184.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE / UPP SYNTHETASE / UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / DI-TRANS POLY-CIS-DECAPRENYLCISTRANSFERASE / UDS / RV2361


分子量: 32460.809 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 13-296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P60479, UniProt: P9WFF7*PLUS, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]

-
非ポリマー , 7種, 442分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ピロりん酸ネリル


分子量: 314.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O7P2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
解説: NOTE TWO DATA SETS, ONE WITH TWINNED DATA AND ONE WITH DETWINNED DATA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / タイプ: ESRF / 波長: 0.9762
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→5 Å / Num. obs: 134070 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→75.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.453 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS IS TWINNED DATA BOTH THE TWINNED AND THE DETWINNED DATA USED IN REFINEMENT HAVE BEEN DEPOSITED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 6594 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.204 125242 91.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.11 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→75.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9141 0 108 427 9676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2641.95912953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8843.00116145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39751141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.91121.851470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.129151515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8115128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.27461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.24677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24943
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3310.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7521.57442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87729254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59534506
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1914.53694
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 473
Rwork0.248 8563
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6851-0.0236-0.00230.9433-0.09681.72-0.0325-0.0781-0.03880.04230.01540.02350.02960.01010.0172-0.1330.05770.0065-0.15270.0129-0.12513.808229.3957451.9432
21.3374-0.2923-0.18861.14640.00911.44540.08540.05910.0368-0.1183-0.0533-0.0644-0.06690.0275-0.0321-0.07120.06080.03-0.16460.0095-0.10236.9744-7.3126446.2911
30.66740.19210.19071.6181-0.03441.0541-0.00940.05070.083-0.069-0.0387-0.276-0.12160.24410.0482-0.07940.00790.0282-0.0620.0223-0.064329.172751.3398431.1617
41.5807-0.2088-0.00511.3672-0.24091.36590.0614-0.0609-0.0367-0.00570.04280.2223-0.0191-0.1926-0.1042-0.08230.04430.0077-0.07380.0556-0.06489.7148-9.8502466.154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 296
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 296
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 296
4X-RAY DIFFRACTION4D14 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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