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- PDB-2vf7: Crystal structure of UvrA2 from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vf7
タイトルCrystal structure of UvrA2 from Deinococcus radiodurans
要素EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / ZINC-BINDING DOMAIN / SOS RESPONSE / METAL-BINDING / EXCISION NUCLEASE / ZINC-FINGER / ATP-BINDING / DNA-BINDING / DNA EXCISION / ZINC / CYTOPLASM / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / ABC PROTEIN DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease repair complex / nuclease activity / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ABC transporter ATPase domain-like / ABC transporter ATPase like fold / ABC transporter ATPase like domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter ATPase domain-like / ABC transporter ATPase like fold / ABC transporter ATPase like domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / UvrABC system protein A
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Timmins, J. / Gordon, E. / Caria, S. / Leonard, G. / Kuo, M.S. / Monchois, V. / McSweeney, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural and mutational analyses of Deinococcus radiodurans UvrA2 provide insight into DNA binding and damage recognition by UvrAs.
著者: Timmins, J. / Gordon, E. / Caria, S. / Leonard, G. / Acajjaoui, S. / Kuo, M.S. / Monchois, V. / McSweeney, S.
履歴
登録2007年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.42018年6月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
B: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
C: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,97416
ポリマ－274,9943
非ポリマー2,98013
水10,755597
1
A: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
B: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,30010
ポリマ－183,3292
非ポリマー1,9708
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
ヘテロ分子

C: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,34812
ポリマ－183,3292
非ポリマー2,01910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_658-x+1,y,-z+31
3
A: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6505
ポリマ－91,6651
非ポリマー9854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6505
ポリマ－91,6651
非ポリマー9854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6746
ポリマ－91,6651
非ポリマー1,0105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)271.710, 111.670, 103.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1049-

HOH

21C-1069-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C
14A
24B
34C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTYRTYR6AA11 - 13011 - 130
21PROPROTYRTYR6BB11 - 13011 - 130
31PROPROTYRTYR6CC11 - 13011 - 130
12ALAALAGLYGLY4AA150 - 280150 - 280
22ALAALAGLYGLY4BB150 - 280150 - 280
32ALAALAGLYGLY4CC150 - 280150 - 280
13LEULEUTHRTHR6AA300 - 495300 - 495
23LEULEUTHRTHR6BB300 - 495300 - 495
33LEULEUTHRTHR6CC300 - 495300 - 495
14PROPROARGARG6AA496 - 842496 - 842
24PROPROARGARG6BB496 - 842496 - 842
34PROPROARGARG6CC496 - 842496 - 842

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.249, -0.952, 0.178), (-0.896, -0.296, -0.33), (0.367, -0.077, -0.927)163.01366, 163.06448, 214.57796
2given(0.6, 0.528, 0.601), (0.486, -0.837, 0.25), (0.636, 0.142, -0.759)-73.31448, 116.08421, 95.2169

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要素

#1: タンパク質 EXCINUCLEASE ABC, SUBUNIT A. / UVRA2


分子量: 91664.555 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 81-922 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
プラスミド: PLX02 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RYW8
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 826 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 826 TO ARG ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 826 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 826 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLN 826 TO ARG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2 / 詳細: 17% PEG 3000, 0.1M CITRATE PH 5.2, 1MM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.3 Å / Num. obs: 123364 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 20.977 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 6448 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.223 121316 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20.33 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18711 0 169 597 19477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02219321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.98326296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16252443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16122.912862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.454153092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.51415195
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.22932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.28414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.212696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2741
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0960.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4981.512440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.864219483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.23337716
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9854.56809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
21A1030medium positional0.650.5
22B1030medium positional0.750.5
23C1030medium positional0.740.5
11A901loose positional1.035
12B901loose positional0.745
13C901loose positional0.755
31A1519loose positional0.795
32B1519loose positional0.765
33C1519loose positional0.765
41A2418loose positional0.675
42B2418loose positional0.695
43C2418loose positional0.815
21A1030medium thermal0.572
22B1030medium thermal0.722
23C1030medium thermal0.562
11A901loose thermal1.7510
12B901loose thermal2.2910
13C901loose thermal1.6710
31A1519loose thermal2.0410
32B1519loose thermal2.410
33C1519loose thermal1.9310
41A2418loose thermal2.2410
42B2418loose thermal2.2410
43C2418loose thermal2.110
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 333 -
Rwork0.289 6085 -
obs--65.18 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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