PDB-2vf2: X-ray crystal structure of HsaD from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vf2

タイトル

X-ray crystal structure of HsaD from Mycobacterium tuberculosis

要素

2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD

キーワード

HYDROLASE / META-CLEAVAGE PRODUCT HYDROLASE / HSAD / SERINE HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / : / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / hydrolase activity, acting on acid carbon-carbon bonds, in ketonic substances / steroid biosynthetic process / biological process involved in interaction with host / lipid catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Lack, N. / Lowe, E.D. / Liu, J. / Eltis, L.D. / Noble, M.E.M. / Sim, E. / Westwood, I.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Structure of Hsad, a Steroid-Degrading Hydrolase, from Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Lack, N. / Lowe, E.D. / Liu, J. / Eltis, L.D. / Noble, M.E.M. / Sim, E. / Westwood, I.M.

履歴

登録	2007年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vf2.cif.gz	236.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vf2.ent.gz	191.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vf2_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vf2_full_validation.pdf.gz	465 KB	表示
XML形式データ	2vf2_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	2vf2_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/2vf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/2vf2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1c4xS 2og1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jz9-1 5jzs-1 5jzb-1 2wue-1 2rht-1 2pu5-1 2og1-1 2rhw-1 3v1m-1 2wud-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD

B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD

ヘテロ分子

68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD

B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD

ヘテロ分子

A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD

B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.360, 82.460, 194.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2011- HOH
2	1	A-2079- HOH
3	1	B-2016- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.097702, 0.995102, -0.015065), (0.994522, 0.098188, 0.035851), (0.037155, -0.01148, -0.999244)
ベクター: -20.3192, 17.9381, 51.7578)

#1: タンパク質	2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD / 2 / 6-DIOXO-6-PHENYLHEXA-3-ENOATE HYDROLASE / 2-HYDROXY-6-PHENYLHEXA-2 / 4-DIENOIC ACID HYDROLASE 分子量: 34086.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PVLT31 / 発現宿主: PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株 (発現宿主): KT4224 参照: UniProt: P96851, UniProt: P9WNH5*PLUS, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE USED IN THIS STUDY CONTAINS N-TERMINAL HEXA- HISTIDINE TAG (20 AMINO ACIDS) WHICH WAS NOT ...SEQUENCE USED IN THIS STUDY CONTAINS N-TERMINAL HEXA- HISTIDINE TAG (20 AMINO ACIDS) WHICH WAS NOT CLEAVABLE WITH THROMBIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 9.5 / 詳細: 30 % (W/V) PEG 3000, 0.1 M CHES PH 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.968
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→32.4 Å / Num. obs: 24657 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1C4X AND 2OG1

1c4x

2og1

解像度: 2.35→32.4 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	2496	5 %
R_work	0.212	-	-
obs	-	47065	92.9 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→32.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4388	0	28	205	4621

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)