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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pu5
タイトルCrystal Structure of a C-C bond hydrolase, BphD, from Burkholderia xenovorans LB400
要素2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
キーワードHYDROLASE / C-C Bond hydrolase / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


biphenyl catabolic process / 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / acylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase, BphD / : / Alpha/beta hydrolase family / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bhowmik, S. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Tautomeric Half-reaction of BphD, a C-C Bond Hydrolase: KINETIC AND STRUCTURAL EVIDENCE SUPPORTING A KEY ROLE FOR HISTIDINE 265 OF THE CATALYTIC TRIAD.
著者: Horsman, G.P. / Bhowmik, S. / Seah, S.Y. / Kumar, P. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D.
履歴
登録2007年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3414
ポリマ－64,1372
非ポリマー2042
水1,71195
1
A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6838
ポリマ－128,2754
非ポリマー4084
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area9120 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area37730 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)135.183, 135.183, 66.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit related by the crystallographic two fold axis.

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要素

#1: タンパク質 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase


分子量: 32068.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: bphD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47229, EC: 3.7.1.-
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 M sodium, malonate, pH 6.0 or 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 30870 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 12.4 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3046 / Rsym value: 33.2 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 最高解像度: 2.3 Å / SU B: 7.07 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1553 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.18 30815 99.58 %-
all-29262 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.21 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.62 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4492 0 14 95 4601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0224651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0221.9526297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.665576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.58923.874222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.82515784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.61529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.32321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3310.53031
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.5379
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.352
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4220.520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it19.5822909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it19.86734512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it24.3522021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it22.85731780
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 99 -
Rwork0.222 2103 -
obs-2202 96.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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