[日本語] English
万見
- PDB-2ved: crystal structure of the chimerical mutant CapABK55M protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ved
タイトルcrystal structure of the chimerical mutant CapABK55M protein
要素MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
キーワードTRANSFERASE / CO-POLYMERASE / ACTIVATION MECHANISM / CHIMERA / BACTERIAL TYROSINE-KINASE / EXOPOLYSACCHARIDE SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide transport / carbohydrate:proton symporter activity / polysaccharide biosynthetic process / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide export protein MPA1-like / Exopolysaccharide synthesis protein / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Polysaccharide export protein MPA1-like / Exopolysaccharide synthesis protein / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / non-specific protein-tyrosine kinase / Capsular biosynthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Olivares-Illana, V. / Meyer, P. / Gueguen-Chaignon, V. / Soulat, D. / Deustcher, J. / Cozzone, A.J. / Morera, S. / Grangeasse, C. / Nessler, S.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for the Regulation Mechanism of the Tyrosine Kinase Capb from Staphylococcus Aureus.
著者: Olivares-Illana, V. / Meyer, P. / Bechet, E. / Gueguen-Chaignon, V. / Soulat, D. / Lazereg-Riquier, S. / Mijakovic, I. / Deutscher, J. / Cozzone, A.J. / Laprevote, O. / Morera, S. / Grangeasse, C. / Nessler, S.
履歴
登録2007年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
B: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9056
ポリマ－60,0022
非ポリマー9034
水2,018112
1
A: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
B: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
ヘテロ分子

A: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
B: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
ヘテロ分子

A: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
B: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
ヘテロ分子

A: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
B: MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,61824
ポリマ－240,0068
非ポリマー3,61216
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-47.9 kcal/mol
Surface area91770 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)163.200, 163.200, 57.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 MEMBRANE PROTEIN CAPA1, PROTEIN TYROSINE KINASE / CHIMERICAL PROTEIN CAPAB / CAP5A


分子量: 30000.756 Da / 分子数: 2 / 断片: THE LAST 29AA FROM CAPA1, RESIDUES 197-222, / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BOUND ADP AND MG
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: CAPA1, CAPB2 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A8YPQ6, UniProt: A8YPQ5
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 55 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 55 TO MET
配列の詳細THIS IS A CHIMERICAL PROTEIN COMPOSED OF THE 29AA OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF CAPA1 (RESIDUE NAME ...THIS IS A CHIMERICAL PROTEIN COMPOSED OF THE 29AA OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF CAPA1 (RESIDUE NAME FROM 197 TO 222) IN FUSION WITH CAPB2 PROTEIN. THERE ARE TWO CHIMERICAL PROTEINS IN THE ASYMMETRIC UNIT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG1000 100MM HEPES PH7.5 200MM GLYCINE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月19日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 23263 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ION

1ion


解像度: 2.6→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 11.616 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.457 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1164 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.208 22099 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3923 0 56 112 4091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.871.9915519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0735504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.09125.607173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.06115694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3411516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.22850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9071.52584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55624117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02131661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2834.51402
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 80 -
Rwork0.29 1516 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る