PDB-2ve9: Xray structure of KOPS bound gamma domain of FtsK (P. aeruginosa)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ve9

タイトル

Xray structure of KOPS bound gamma domain of FtsK (P. aeruginosa)

要素

5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP *GP*GP*CP*GP*AP*C)-3'
5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP *CP*CP*TP*GP*GP*T)-3'
DNA TRANSLOCASE FTSK

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / CHROMOSOME PARTITION / ATP-BINDING / DNA-BINDING / TRANSLOCASE / WINGED HELIX / BACTERIAL CELL DIVISION / CELL DIVISION / TRANSMEMBRANE / INNER MEMBRANE / FTSZ / FTSK / MEMBRANE / CELL CYCLE / DNA BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA translocase activity / cellular response to antibiotic / chromosome segregation / cell division / DNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lowe, J. / Allen, M.D. / Sherratt, D.J.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Molecular Mechanism of Sequence-Directed DNA Loading and Translocation by Ftsk.
著者: Lowe, J. / Ellonen, A. / Allen, M.D. / Atkinson, C. / Sherratt, D.J. / Grainge, I.

履歴

登録	2007年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2ve9.ent.gz	96.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ve9_validation.pdf.gz	501.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ve9_full_validation.pdf.gz	514.4 KB	表示
XML形式データ	2ve9_validation.xml.gz	23 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2ve9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2ve9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA TRANSLOCASE FTSK

B: DNA TRANSLOCASE FTSK

C: DNA TRANSLOCASE FTSK

D: DNA TRANSLOCASE FTSK

E: DNA TRANSLOCASE FTSK

F: DNA TRANSLOCASE FTSK

I: 5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP *GP*GP*CP*GP*AP*C)-3'

J: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP *CP*CP*TP*GP*GP*T)-3'

K: 5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP *GP*GP*CP*GP*AP*C)-3'

L: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP *CP*CP*TP*GP*GP*T)-3'

ヘテロ分子

67.2 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA TRANSLOCASE FTSK

B: DNA TRANSLOCASE FTSK

C: DNA TRANSLOCASE FTSK

I: 5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP *GP*GP*CP*GP*AP*C)-3'

J: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP *CP*CP*TP*GP*GP*T)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: DNA TRANSLOCASE FTSK

E: DNA TRANSLOCASE FTSK

F: DNA TRANSLOCASE FTSK

K: 5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP *GP*GP*CP*GP*AP*C)-3'

L: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP *CP*CP*TP*GP*GP*T)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.937, 63.073, 76.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.76, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	DNA TRANSLOCASE FTSK / FTSK 分子量: 7935.923 Da / 分子数: 6 / 断片: GAMMA DOMAIN, RESIDUES 739-811 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0M3
#2: DNA鎖	5'-D(APCPCPAPGPGPGPCPAPGP GPGPCPGPAPC)-3' 分子量: 4958.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
#3: DNA鎖	5'-D(GPTPCPGPCPCPCPTPGPCP CPCPTPGPGPT)-3' 分子量: 4842.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.1 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 41211 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→66.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 6.63 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	2035	4.9 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.199	39339	91.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	-0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→66.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2867	1220	1	455	4543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	2.335	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.061	5	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.509	22.154	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.386	15	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.258	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.337	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.875	3.5	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.193	4	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.32	5	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.835	6.5	3011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.356	102
R_work	0.271	1797

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6931	-3.059	-2.0702	11.4113	-1.9254	4.9198	-0.5283	-0.3751	-0.5371	1.7829	0.422	0.6936	0.2507	-0.3253	0.1063	0.0842	0.0134	0.1042	-0.1025	0.0036	-0.1233	25.574	-0.94	48.538
2	11.9674	1.0181	7.3234	2.5944	0.4881	5.5493	-0.2937	0.2591	0.51	0.3639	-0.0119	-0.1383	-0.4135	0.3576	0.3055	-0.1609	-0.0539	-0.0766	-0.1587	0.0126	-0.0181	43.156	18.32	44.805
3	4.572	1.0167	-0.8907	15.513	-2.2172	3.1463	-0.2356	0.1579	0.2059	0.4688	0.4039	-0.2591	-0.1927	0.0324	-0.1683	-0.2314	0.0269	-0.0246	-0.0896	-0.015	-0.198	27.392	34.23	38.388
4	2.3509	0.8602	0.2715	14.0995	-0.7208	5.9812	0.1275	-0.0236	-0.282	-0.2597	0.0165	-0.4191	0.0855	0.0955	-0.144	-0.1997	0.0078	-0.049	-0.2032	-0.0267	-0.2031	41.172	-29.012	9.399
5	10.7452	-0.8923	4.6385	3.3041	-0.2425	3.7691	0.2373	-0.2872	-0.4305	0.0687	-0.1247	-0.6719	0.1319	0.2608	-0.1126	-0.0615	-0.0269	-0.1311	-0.2012	0.0779	-0.0408	54.629	-13.007	19.915
6	4.5977	2.9435	-1.2905	5.6999	-1.4872	6.1184	-0.3154	0.4223	-0.0043	-0.7513	0.173	-0.6686	-0.0051	0.1166	0.1425	-0.1181	0.0166	0.0341	-0.1748	0.0349	-0.0995	49.047	6.293	2.95
7	2.9991	-2.1801	-1.4456	8.1593	1.3513	4.3268	-0.1171	-0.0331	0.0335	0.5764	0.0952	0.039	-0.0704	-0.2172	0.0219	-0.2668	-0.0245	-0.0135	-0.1368	-0.0167	-0.2142	26.079	12.488	39.777
8	1.5273	-0.2253	0.0246	5.0827	-0.092	1.5085	-0.0464	0.0501	0.0515	0.3778	0.0365	0.0808	-0.3958	-0.3017	0.0099	-0.1669	0.033	-0.0046	-0.1278	-0.029	-0.1952	26.834	16.11	40.17
9	1.6966	-0.2945	-0.9234	7.3316	3.7328	6.2776	0.0453	0.1731	0.0189	-0.2959	-0.0619	-0.2648	0.0918	-0.0311	0.0166	-0.1989	0.0289	-0.0293	-0.1707	0.051	-0.2294	41.719	-7.232	7.706
10	2.9883	-0.3639	-0.6809	4.5038	0.2236	2.443	-0.0824	0.255	-0.3028	-0.2699	-0.1493	-0.2132	0.2317	-0.2421	0.2318	-0.1816	-0.01	0.0147	-0.1983	-0.0049	-0.1921	42.615	-10.835	8.106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	746 - 807
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	747 - 807
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	746 - 807
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	747 - 807
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	747 - 807
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	747 - 807
7	X-RAY DIFFRACTION	7	I	1 - 14
8	X-RAY DIFFRACTION	8	J	1 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	K	1 - 14
10	X-RAY DIFFRACTION	10	L	1 - 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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