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- PDB-2ve1: Isopenicillin N synthase with substrate analogue AsMCOV (oxygen e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ve1
タイトルIsopenicillin N synthase with substrate analogue AsMCOV (oxygen exposed 1min 20bar)
要素ISOPENICILLIN N SYNTHETASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / PENICILLIN BIOSYNTHESIS / IRON / OXYGENASE / VITAMIN C / METAL-BINDING / MONOCYCLIC INTERMEDIATE / B-LACTAM ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopenicillin N synthase signature 1. / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / : / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily ...Isopenicillin N synthase signature 1. / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / : / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-M11 / Chem-W2X / Isopenicillin N synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ge, W. / Clifton, I.J. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2009
タイトル: Structural Studies on the Reaction of Isopenicillin N Synthase with a Sterically Demanding Depsipeptide Substrate Analogue.
著者: Ge, W. / Clifton, I.J. / Howard-Jones, A.R. / Stok, J.E. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.
履歴
登録2007年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 2.02017年6月14日Group: Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_conn_angle ...atom_site / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.22024年5月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISOPENICILLIN N SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3914
ポリマ－37,5641
非ポリマー8273
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.672, 75.717, 101.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ISOPENICILLIN N SYNTHETASE / IPNS / ISOPENICILLIN N SYNTHASE


分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
プラスミド: PJB703 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-W2X / N~6~-[(1R)-1-({[(1R,2R)-1-CARBOXY-3-HYDROXY-2-METHYLPROPYL]OXY}CARBONYL)-2-MERCAPTOPROP-2-EN-1-YL]-6-OXO-L-LYSINE


分子量: 392.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O8S
#4: 化合物 ChemComp-M11 / N^6^-[(1R,2S)-1-({[(1R)-1-carboxy-2-methylpropyl]oxy}carbonyl)-2-sulfanylpropyl]-6-oxo-L-lysine


分子量: 378.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N2O7S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細D-L-A-AMINOADIPOYL-(3S-METHYL)-L-CYSTEINE D-A-HYDROXYL ISOVALERYL ESTER (M11): SAME, EXCEPT FOR ...D-L-A-AMINOADIPOYL-(3S-METHYL)-L-CYSTEINE D-A-HYDROXYL ISOVALERYL ESTER (M11): SAME, EXCEPT FOR NUMBERING, AS LIGAND MDZ FROM DEPOSITION 2VCM
配列の詳細RESIDUES 1-2 NOT SEEN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 1.0M LITHIUM SULPHATE, 76MM TRIS/HCL, PH 8.5, 2.0MM FERROUS SULPHATE, 2.6MG/ML TRIPEPTIDE, 25MG/ML IPNS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→60.75 Å / Num. obs: 16731 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BK0

1bk0


解像度: 2.2→60.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 11.7 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC U FACTORS CALCULATED BY TLSANL FROM REFMAC TLS MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 649 3.9 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.178 16043 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 4.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→60.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2645 0 52 168 2865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.963799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2893.0014506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6265334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75924.755143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95815433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1591512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.21771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21365
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0021.52131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0622693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16331352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9444.51103
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 30
Rwork0.201 1085
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0589-0.19790.52840.6649-0.52921.93180.00360.0437-0.1158-0.07260.027-0.0360.07060.155-0.03060.01020.00420.0160.0561-0.017-0.008416.954-3.595-12.801
26.6757-3.1186-15.58622.06514.117252.84860.3373-1.12850.539-0.00680.824-0.61170.05252.8257-1.1613-0.1778-0.0087-0.11610.3043-0.26770.207426.1994.6639.455
30.15020.3697-0.27161.0259-0.1712.6216-0.0031-0.0841-0.01550.10060.0548-0.0618-0.2853-0.0468-0.05170.02660.00360.00010.0141-0.00190.002810.5546.6318.587
40.5553-0.01150.30180.31950.14261.7468-0.0154-0.01850.01120.01590.03750.0008-0.22940.047-0.02210.0383-0.01390.0080.0196-0.0011-0.005811.9257.7973.96
50.52380.0680.29660.9205-0.29151.30610.0075-0.0368-0.08330.06190.0401-0.00540.0796-0.017-0.04760.01090.00660.0030.018-0.01360.000711.18-8.7161.786
60.6959-0.31780.61451.669-0.04775.7022-0.0006-0.0378-0.06360.143-0.02220.09270.0884-0.45550.0229-0.05680.00170.02480.0689-0.01610.0078-4.0910.117-2.845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3A63 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4A115 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5A199 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6A290 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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