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万見
- PDB-2vd5: Structure of Human Myotonic Dystrophy Protein Kinase in Complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vd5
タイトルStructure of Human Myotonic Dystrophy Protein Kinase in Complex with the Bisindoylmaleide inhibitor BIM VIII
要素DMPK PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / KINASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / CARDIAC CONTRACTILITY / MUSCLE DIFFERENTIATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of excitatory postsynaptic membrane potential involved in skeletal muscle contraction / muscle cell apoptotic process / regulation of skeletal muscle contraction by calcium ion signaling / myosin phosphatase regulator activity / regulation of myotube differentiation / : / regulation of synapse structural plasticity / nuclear envelope organization / actomyosin structure organization / nuclear outer membrane ...regulation of excitatory postsynaptic membrane potential involved in skeletal muscle contraction / muscle cell apoptotic process / regulation of skeletal muscle contraction by calcium ion signaling / myosin phosphatase regulator activity / regulation of myotube differentiation / : / regulation of synapse structural plasticity / nuclear envelope organization / actomyosin structure organization / nuclear outer membrane / regulation of heart contraction / regulation of cardiac conduction / regulation of sodium ion transport / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / intracellular calcium ion homeostasis / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear membrane / mitochondrial outer membrane / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BI8 / Myotonin-protein kinase / Myotonin-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Amos, A. / Elkins, J. / Bullock, A. / Guo, K. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / Filippakopoulos, P. / Pilka, E.S. / Ugochukwu, E. ...Pike, A.C.W. / Amos, A. / Elkins, J. / Bullock, A. / Guo, K. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / Filippakopoulos, P. / Pilka, E.S. / Ugochukwu, E. / Umeano, C. / Niesen, F. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / von Delft, F. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structure of Dystrophia Myotonica Protein Kinase.
著者: Elkins, J. / Amos, A. / Niesen, F. / Pike, A.C.W. / Fedorov, O. / Knapp, S.
履歴
登録2007年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DMPK PROTEIN
B: DMPK PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0084
ポリマ－92,2112
非ポリマー7972
水1629
1
A: DMPK PROTEIN
ヘテロ分子

A: DMPK PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0084
ポリマ－92,2112
非ポリマー7972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-41.3 kcal/mol
Surface area41930 Å2
手法PQS
2
B: DMPK PROTEIN
ヘテロ分子

B: DMPK PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0084
ポリマ－92,2112
非ポリマー7972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area2520 Å2
ΔGint-37.1 kcal/mol
Surface area41250 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.599, 122.599, 134.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLEULEUAA11 - 1603 - 152
21GLNGLNLEULEUBB11 - 1603 - 152
12ALAALAGLYGLYAA169 - 247161 - 239
22ALAALAGLYGLYBB169 - 247161 - 239
13GLYGLYLEULEUAA253 - 299245 - 291
23GLYGLYLEULEUBB253 - 299245 - 291
14VALVALGLYGLYAA306 - 329298 - 321
24VALVALGLYGLYBB306 - 329298 - 321
15PHEPHEASPASPAA338 - 357330 - 349
25PHEPHEASPASPBB338 - 357330 - 349
16GLYGLYVALVALAA395 - 415387 - 407
26GLYGLYVALVALBB395 - 415387 - 407
17SERSERPROPROAA161 - 168153 - 160
27SERSERPROPROBB161 - 168153 - 160
18ALAALAPROPROAA330 - 337322 - 329
28ALAALAPROPROBB330 - 337322 - 329

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.41758, -0.33594, -0.84426), (0.32662, 0.81155, -0.48447), (0.84791, -0.47806, -0.22916)
ベクター: 59.35064, -54.20861, -58.52479)

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要素

#1: タンパク質 DMPK PROTEIN / MYOTONIC DYSTROPHY PROTEIN KINASE


分子量: 46105.363 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 11-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q6P5Z6, UniProt: Q09013*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-BI8 / 3-[1-(3-AMINOPROPYL)-1H-INDOL-3-YL]-4-(1-METHYL-1H-INDOL-3-YL)-1H-PYRROLE-2,5-DIONE / Ro-31-7549


分子量: 398.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細BISINDOLYLMALEIMIDE VIII (BM8): BIM8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.13 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1M AMMONIUM SULPHATE, 1.5% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.006029
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.27 Å / Num. obs: 29215 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 74.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ESM

2esm


解像度: 2.8→41.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 25.525 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.652 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1262 4.3 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 27921 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5831 0 60 9 5900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9748216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8623.0019592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.845758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.86222.908251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.32815876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.911536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.23935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.22997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23042
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2150.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.65133875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75156016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.61782527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.441112200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4521 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.290.5
medium thermal0.612
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.291 75
Rwork0.273 2039
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3903-0.76180.44422.0778-0.32581.5685-0.0091-0.0271-0.09670.00910.0464-0.2902-0.0645-0.0655-0.0373-0.2948-0.01920.0213-0.20080.0267-0.244166.4844-44.581210.7946
22.2010.1337-0.453.4397-1.52693.1851-0.29570.2177-0.35860.20850.1678-0.02650.41630.20010.1279-0.17490.05790.0354-0.1031-0.1311-0.172537.2659-73.699916.6999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 416
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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