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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vbx | ||||||
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タイトル | Feast or famine regulatory protein (Rv3291c)from M. tuberculosis complexed with L-Phenylalanine | ||||||
![]() | TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / FEAST/FAMINE REGULATORY PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION / M. TUBERCULOSIS / HISTIDINE COMPLEX / LRP / RV3291C / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() amino acid binding / response to amino acid / protein homooligomerization / sequence-specific DNA binding / DNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shrivastava, T. / Ramachandran, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanistic Insights from the Crystal Structures of a Feast/Famine Regulatory Protein from Mycobacterium Tuberculosis H37Rv. 著者: Shrivastava, T. / Ramachandran, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16530.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | L-HISTIDINE (HIS): L-HISTIDINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.52 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→20 Å / Num. obs: 13598 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.75→71.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-3 ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→71.43 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20 /
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