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- PDB-2vbv: Riboflavin kinase Mj0056 from Methanocaldococcus jannaschii in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vbv
タイトルRiboflavin kinase Mj0056 from Methanocaldococcus jannaschii in complex with CDP and FMN
要素RIBOFLAVIN KINASE
キーワードTRANSFERASE / CRADLE-LOOP BARREL / CTP-DEPENDENT KINASE / FMN
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP-dependent riboflavin kinase / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Riboflavin kinase, archaeal / : / Riboflavin kinase domain, CTP-dependent / Riboflavin kinase, CTP-dependent / Domain of unknown function DUF120 / Riboflavin kinase-like / Riboflavin kinase domain superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / IODIDE ION / Riboflavin kinase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hartmann, M.D. / Ammelburg, M. / Djuranovic, S. / Martin, J. / Lupas, A.N. / Zeth, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: A Ctp-Dependent Archaeal Riboflavin Kinase Forms a Bridge in the Evolution of Cradle-Loop Barrels.
著者: Ammelburg, M. / Hartmann, M.D. / Djuranovic, S. / Alva, V. / Koretke, K.K. / Martin, J. / Sauer, G. / Truffault, V. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M.
履歴
登録2007年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOFLAVIN KINASE
B: RIBOFLAVIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8939
ポリマ－31,4192
非ポリマー1,4747
水1,31573
1
A: RIBOFLAVIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7566
ポリマ－15,7101
非ポリマー1,0465
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBOFLAVIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1373
ポリマ－15,7101
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.482, 73.299, 104.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RIBOFLAVIN KINASE / UNCHARACTERIZED PROTEIN MJ0056


分子量: 15709.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60365, CTP-dependent riboflavin kinase

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非ポリマー , 6種, 80分子

#2: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% W/V PEG 8000, 200 MM SODIUM IODIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.2141
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→38.58 Å / Num. obs: 12903 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 5.62 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VBT

2vbt


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.501 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 644 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.232 12202 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2--2.41 Å20 Å2
3----3.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 85 73 2336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.72.0453105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.03634022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0575268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18624.78392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.51615447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.065158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.21656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1960.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1140.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7571.51337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40622171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8143968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9514.5934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.44 46
Rwork0.317 857

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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