PDB-2vbb: Isopenicillin N synthase with substrate analogue ACOMP (35minutes...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vbb

タイトル

Isopenicillin N synthase with substrate analogue ACOMP (35minutes oxygen exposure)

要素

ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / PENICILLIN BIOSYNTHESIS / IRON / OXYGENASE / VITAMIN C / METAL-BINDING / MONOCYCLIC INTERMEDIATE / B-LACTAM ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ge, W. / Clifton, I.J. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Isopenicillin N Synthase Mediates Thiolate Oxidation to Sulfenate in a Depsipeptide Substrate Analogue: Implications for Oxygen Binding and a Link to Nitrile Hydratase?
著者: Ge, W. / Clifton, I.J. / Stok, J.E. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.

履歴

登録	2007年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vbb.cif.gz	94.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vbb.ent.gz	71.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vbb_validation.pdf.gz	954.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vbb_full_validation.pdf.gz	965.5 KB	表示
XML形式データ	2vbb_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	2vbb_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vbb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vauC 1bk0S 1blz 1hb1 1hb2 1hb3 1hb4 1ips 1obn 1oc1 1odm 1odn 1qiq 1qje 1qjf 1uzw 1w03 1w04 1w05 1w06 1w3v 1w3x 2bjs 2bu9 2ivi 2ivj 2jb4 2vbd 2vbp 2vcm 2ve1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bjs-d 3zoi-d 2jb4-d 1hb1-d 1bk0-d 2ivj-d 1w06-d 4bb3-d 1odn-d 2vbd-d 1blz-d 1odm-d 2bu9-d 1w05-d 1w3v-d 1w04-d 6y0p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.655, 71.041, 100.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ISOPENICILLIN N SYNTHETASE / IPNS / ISOPENICILLIN N SYNTHASE 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) プラスミド: PJB703 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

#1: タンパク質

ISOPENICILLIN N SYNTHETASE / IPNS / ISOPENICILLIN N SYNTHASE

分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
プラスミド: PJB703 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

-
非ポリマー , 5種, 452分子

#2: 化合物	ChemComp-VAZ / N^6^-{(1R)-2-{[(1S,2R)-1-carboxy-2-hydroxy-2-(methylsulfanyl)ethyl]oxy}-1-[(oxidosulfanyl)methyl]-2-oxoethyl}-6-oxo-L-lysine / (S)-2-amino-6-((R)-1-((1S,2S)-1-carboxy-2-hydroxy-2-(methylthio)ethoxy)-3-hydrosulfinyl-1-oxopropan-2-ylamino)-6-oxohexanoic acid 分子量: 414.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₂N₂O₉S₂
#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

配列の詳細	RESIDUES 1-2 NOT SEEN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 1.0M LITHIUM SULPHATE, 76MM TRIS/HCL, PH 8.5, 2.0MM FERROUS SULPHATE, 2.6MG/ML TRIPEPTIDE, 25MG/ML IPNS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→27.22 Å / Num. obs: 66244 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BK0

1bk0

解像度: 1.4→58.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.595 / SU ML: 0.033 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.172	2637	4 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.152	63539	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→58.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2645	0	43	447	3135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.032	0.022	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.557	1.954	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.128	3.001	4495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.603	5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.885	24.545	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.047	15	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.199	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.262	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.309	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.359	1.5	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.581	2	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.042	3	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.255	4.5	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.251	188
R_work	0.241	4257

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	48.587	-6.0987	-11.879	40.578	19.2583	18.1045	0.3957	1.237	0.8006	-0.5128	-1.1122	0.578	0.4513	-2.4307	0.7164	0.0388	0.0493	-0.0955	0.2113	-0.0036	0.1558	-8.505	42.846	-7.208
2	1.4929	0.1228	-0.6035	1.1352	-0.4826	2.0993	-0.0677	0.1637	-0.0038	-0.1144	0.0145	-0.002	0.0712	-0.1189	0.0531	0.0649	-0.0091	-0.0194	0.0867	0.0078	0.017	6.166	32.087	-17.516
3	0.3441	0.3503	0.699	0.7829	1.014	2.1565	0.028	-0.0864	-0.0283	0.1033	-0.0042	0.0017	0.1347	-0.0739	-0.0238	0.0368	0.0041	0.0021	0.0495	0.0045	0.0026	9.51	24.89	12.33
4	1.2368	-0.2483	-0.6245	0.4552	0.279	1.0088	-0.0062	-0.2401	0.0767	0.0471	0.0327	-0.0332	-0.0488	0.112	-0.0265	0.0317	0.0051	-0.0167	0.0577	-0.0102	0.008	17.942	32.198	12.992
5	2.2293	0.8358	-0.3722	1.7433	0.1059	0.8871	0.044	-0.2121	0.0439	0.1728	-0.0251	-0.081	0.0004	0.1148	-0.0189	0.0524	0.0092	-0.0227	0.0745	-0.0081	0.0276	25.57	27.614	9.939
6	0.4801	-0.0207	0.0429	1.0214	-0.672	1.9388	-0.0237	0.031	-0.0141	-0.0456	0.0123	-0.003	0.0951	0.0031	0.0113	0.0187	-0.0033	0.0003	0.0258	0.0037	-0.0017	15.282	25.909	-4.931
7	0.8058	-0.2578	1.2543	1.4659	-1.8036	3.374	0.0332	0.2604	0.0567	-0.1459	-0.0708	-0.0587	0.0306	0.3375	0.0376	0.0365	-0.0066	0.0059	0.0914	0.0258	0.0023	22.407	33.542	-15.233
8	5.1215	-0.5022	-2.7297	0.6663	0.433	2.4683	0.0084	-0.0185	0.1001	-0.0085	-0.0032	-0.0107	0.0106	0.0026	-0.0052	0.018	0.005	-0.0188	0.0258	0.0004	-0.0006	15.125	30.665	3.396
9	0.9582	0.4898	-0.348	9.0315	-3.8486	2.6106	0.0155	-0.1136	0.1038	0.6725	0.0294	-0.0195	-0.391	-0.1837	-0.0449	0.1022	0.0214	0.0042	0.0858	-0.0358	0.0715	-4.455	42.845	14.16
10	0.9181	-0.0447	-0.3954	0.6357	0.1165	0.7773	0.0405	0.029	0.1169	-0.0398	-0.0379	0.0723	-0.0936	-0.0989	-0.0026	0.0325	0.0091	-0.0124	0.0435	0.0021	0.0252	5.78	39.481	-2.147
11	4.1025	-2.5341	5.284	3.3639	-5.7573	12.162	-0.0613	0.3698	0.1101	-0.0172	-0.0269	-0.0611	-0.6722	0.2584	0.0882	0.153	0.0009	0.0284	0.0749	0.0379	0.0314	21.783	47.104	-17.941
12	0.5715	-0.4336	0.1334	0.8412	0.0181	0.9101	0.0612	-0.0742	0.172	0.0116	-0.0276	-0.0759	-0.1913	0.0943	-0.0336	0.0812	-0.0207	-0.0006	0.0477	-0.0104	0.0912	19.716	46.155	0.803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	47 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	80 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	115 - 134
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	135 - 166
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	167 - 175
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	176 - 190
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	191 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	209 - 290
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	291 - 305
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	306 - 331

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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