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万見
- PDB-2va7: X-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2va7
タイトルX-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 27
要素BETA-SECRETASE 1 .
キーワードHYDROLASE / BASE / ZYMOGEN / PROTEASE / MEMBRANE / ALZHEIMER'S DISEASE / ALTERNATIVE SPLICING / MEMAPSIN 2 / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / BETA-SECRETASE / ASPARTYL PROTEASE / ASPARTIC PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / lysosome / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C27 / IODIDE ION / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Edwards, P.D. / Albert, J.S. / Sylvester, M. / Aharony, D. / Andisik, D. / Callaghan, O. / Campbell, J.B. / Carr, R.A. / Chessari, G. / Congreve, M. ...Edwards, P.D. / Albert, J.S. / Sylvester, M. / Aharony, D. / Andisik, D. / Callaghan, O. / Campbell, J.B. / Carr, R.A. / Chessari, G. / Congreve, M. / Frederickson, M. / Folmer, R.H.A. / Geschwindner, S. / Koether, G. / Kolmodin, K. / Krumrine, J. / Mauger, R.C. / Murray, C.W. / Olsson, L.L. / Patel, S. / Spear, N. / Tian, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Application of Fragment-Based Lead Generation to the Discovery of Novel, Cyclic Amidine Beta-Secretase Inhibitors with Nanomolar Potency, Cellular Activity, and High Ligand Efficiency.
著者: Edwards, P.D. / Albert, J.S. / Sylvester, M. / Aharony, D. / Andisik, D. / Callaghan, O. / Campbell, J.B. / Carr, R.A. / Chessari, G. / Congreve, M. / Frederickson, M. / Folmer, R.H.A. / ...著者: Edwards, P.D. / Albert, J.S. / Sylvester, M. / Aharony, D. / Andisik, D. / Callaghan, O. / Campbell, J.B. / Carr, R.A. / Chessari, G. / Congreve, M. / Frederickson, M. / Folmer, R.H.A. / Geschwindner, S. / Koether, G. / Kolmodin, K. / Krumrine, J. / Mauger, R.C. / Murray, C.W. / Olsson, L.L. / Patel, S. / Spear, N. / Tian, G.
履歴
登録2007年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月16日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _software.name
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SECRETASE 1 .
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9275
ポリマ－50,1951
非ポリマー7324
水3,657203
1
A: BETA-SECRETASE 1 .
ヘテロ分子

A: BETA-SECRETASE 1 .
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,85310
ポリマ－100,3892
非ポリマー1,4648
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area3760 Å2
ΔGint-12.9 kcal/mol
Surface area35580 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.687, 102.687, 168.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 BETA-SECRETASE 1 . / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / MEMBRANE- ...BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 2 / MEMAPSIN-2 / ASPARTYL PROTEASE 2 / ASP 2 / ASP2


分子量: 50194.559 Da / 分子数: 1 / 断片: PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 14-453 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: BRAIN / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-C27 / (6R)-2-amino-6-[2-(3'-methoxybiphenyl-3-yl)ethyl]-3,6-dimethyl-5,6-dihydropyrimidin-4(3H)-one


分子量: 351.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 56 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 57 TO LYS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47 Å / Num. obs: 25942 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019G精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CSearch位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W50

1w50


解像度: 2.2→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 6.667 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1378 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.226 25942 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2948 0 29 203 3180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223054
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9444155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9022.994952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9995372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12523.407145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.20515.062485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5011517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.22228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.21586
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2810.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.06951855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.09363001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.09461199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.1117.51154
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.35 93
Rwork0.267 1881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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