PDB-2va0: Differential regulation of the xylan degrading apparatus of Cellv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2va0

タイトル

Differential regulation of the xylan degrading apparatus of Cellvibrio japonicus by a novel two component system

要素

ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN

キーワード

TRANSFERASE / KINASE / PAS DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.602 Å

データ登録者

Murray, J.W. / Emami, K. / Topakas, E. / Nagy, T. / Henshaw, J. / Jackson, K.A. / Nelson, K.E. / Mongodin, E.F. / Lewis, R.J. / Gilbert, H.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Regulation of the Xylan-Degrading Apparatus of Cellvibrio Japonicus by a Novel Two-Component System.
著者: Emami, K. / Topakas, E. / Nagy, T. / Henshaw, J. / Jackson, K.A. / Nelson, K.E. / Mongodin, E.F. / Murray, J.W. / Lewis, R.J. / Gilbert, H.J.

履歴

登録	2007年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2011年9月28日	Group: Atomic model / Derived calculations
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2va0.cif.gz	141.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2va0.ent.gz	112.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2va0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2va0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2va0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fxi-1 6dg0-1 2iyn-1 6qjl-1 6z2b-1 1rck-d 6hc1-1 5ts4-3 4i67-d 3nfk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (12) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN

B: ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN

C: ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN

D: ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN

E: ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN

F: ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN

ヘテロ分子

92.9 kDa, 6 ポリマー
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1

A: ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN

ヘテロ分子

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15.5 kDa, 1 ポリマー
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2

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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.772, 80.014, 101.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	49 - 52	7 - 10
2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	47 - 52	5 - 10
3	1	ASP	ASP	LYS	LYS	C	C	48 - 52	6 - 10
4	1	SER	SER	LYS	LYS	D	D	49 - 52	7 - 10
5	1	SER	SER	LYS	LYS	E	E	49 - 52	7 - 10
6	1	SER	SER	LYS	LYS	F	F	49 - 52	7 - 10
1	2	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	54 - 55	12 - 13
2	2	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	54 - 55	12 - 13
3	2	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	54 - 55	12 - 13
4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	54 - 55	12 - 13
5	2	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	54 - 55	12 - 13
6	2	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	54 - 55	12 - 13
1	3	MET	MET	GLY	GLY	A	A	58 - 60	16 - 18
2	3	MET	MET	GLY	GLY	B	B	58 - 60	16 - 18
3	3	MET	MET	GLY	GLY	C	C	58 - 60	16 - 18
4	3	MET	MET	GLY	GLY	D	D	58 - 60	16 - 18
5	3	MET	MET	GLY	GLY	E	E	58 - 60	16 - 18
6	3	MET	MET	GLY	GLY	F	F	58 - 60	16 - 18
1	4	ALA	ALA	THR	THR	A	A	62 - 67	20 - 25
2	4	ALA	ALA	THR	THR	B	B	62 - 67	20 - 25
3	4	ALA	ALA	THR	THR	C	C	62 - 67	20 - 25
4	4	ALA	ALA	THR	THR	D	D	62 - 67	20 - 25
5	4	ALA	ALA	THR	THR	E	E	62 - 67	20 - 25
6	4	ALA	ALA	THR	THR	F	F	62 - 67	20 - 25
1	5	GLN	GLN	ASN	ASN	A	A	69 - 79	27 - 37
2	5	GLN	GLN	ASN	ASN	B	B	69 - 79	27 - 37
3	5	GLN	GLN	ASN	ASN	C	C	69 - 79	27 - 37
4	5	GLN	GLN	ASN	ASN	D	D	69 - 79	27 - 37
5	5	GLN	GLN	ASN	ASN	E	E	69 - 79	27 - 37
6	5	GLN	GLN	ASN	ASN	F	F	69 - 79	27 - 37
1	6	SER	SER	LEU	LEU	A	A	81 - 82	39 - 40
2	6	SER	SER	LEU	LEU	B	B	81 - 82	39 - 40
3	6	SER	SER	LEU	LEU	C	C	81 - 82	39 - 40
4	6	SER	SER	LEU	LEU	D	D	81 - 82	39 - 40
5	6	SER	SER	LEU	LEU	E	E	81 - 82	39 - 40
6	6	SER	SER	LEU	LEU	F	F	81 - 82	39 - 40
1	7	PHE	PHE	ASP	ASP	A	A	84 - 89	42 - 47
2	7	PHE	PHE	ASP	ASP	B	B	84 - 89	42 - 47
3	7	PHE	PHE	ASP	ASP	C	C	84 - 89	42 - 47
4	7	PHE	PHE	ASP	ASP	D	D	84 - 89	42 - 47
5	7	PHE	PHE	ASP	ASP	E	E	84 - 89	42 - 47
6	7	PHE	PHE	ASP	ASP	F	F	84 - 89	42 - 47
1	8	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	91 - 123	49 - 81
2	8	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	91 - 123	49 - 81
3	8	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	91 - 123	49 - 81
4	8	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	91 - 123	49 - 81
5	8	ASN	ASN	ARG	ARG	E	E	91 - 123	49 - 81
6	8	ASN	ASN	ARG	ARG	F	F	91 - 123	49 - 81
1	9	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	127 - 137	85 - 95
2	9	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	127 - 137	85 - 95
3	9	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	127 - 137	85 - 95
4	9	LEU	LEU	GLY	GLY	D	D	127 - 137	85 - 95
5	9	LEU	LEU	GLY	GLY	E	E	127 - 137	85 - 95
6	9	LEU	LEU	GLY	GLY	F	F	127 - 137	85 - 95
1	10	SER	SER	SER	SER	A	A	139 - 146	97 - 104
2	10	SER	SER	SER	SER	B	B	139 - 146	97 - 104
3	10	SER	SER	SER	SER	C	C	139 - 146	97 - 104
4	10	SER	SER	SER	SER	D	D	139 - 146	97 - 104
5	10	SER	SER	SER	SER	E	E	139 - 146	97 - 104
6	10	SER	SER	SER	SER	F	F	139 - 146	97 - 104

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.07, 0.995, -0.07), (0.99, -0.077, -0.117), (-0.122, -0.062, -0.991)	7.8496, 5.155, 141.21254
2	given	(0.52754, -0.8495, 0.00684), (0.84948, 0.52758, 0.00583), (-0.00856, 0.00274, 0.99996)	-0.49595, 0.10939, 34.11854
3	given	(0.88582, 0.45917, -0.06696), (0.45274, -0.88687, -0.09215), (-0.1017, 0.05132, -0.99349)	5.55003, 0.13241, 107.39598
4	given	(-0.50049, -0.86555, 0.01829), (0.86569, -0.50057, -0.00024), (0.00937, 0.01571, 0.99983)	-0.31278, -0.22044, 68.19968
5	given	(0.82362, -0.56216, -0.07503), (-0.56713, -0.81721, -0.10266), (-0.0036, 0.12711, -0.99188)	2.86134, -2.97708, 73.81616

#1: タンパク質	ABFS ARABINOFURANOSIDASE TWO COMPONENT SYSTEM SENSOR PROTEIN / SENSOR HISTIDINE KINASE A / ABFS 分子量: 15378.591 Da / 分子数: 6 / 断片: SENSOR DOMAIN, RESIDUES 44-165 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア) プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3PFT7
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	TIFR ORF ORF03629 RELEASED AS UNP B3PFT7 . RESIDUES 166 TO 173 CORRESPOND TO A C-TERMINAL HIS-TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97857
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→37.56 Å / Num. obs: 27726 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.69 % / B_iso Wilson estimate: 49.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 3.06
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.602→37.037 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 19.879 / SU ML: 0.213 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.538 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2588	1430	5.24 %	RANDOM
R_work	0.1994	-	-	-
obs	0.202	27692	99.849 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.255 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.514 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.178 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.692 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.602→37.037 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5151	0	33	106	5290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	5274
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.88	1.972	7146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.111	3	9032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.455	5	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.461	23.103	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.943	15	957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.732	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	3809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.225	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.265	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.961	1.5	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.158	2	5180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.977	3	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.886	4.5	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	499	tight positional	0.05	0.05
2	B	499	tight positional	0.07	0.05
3	C	499	tight positional	0.07	0.05
4	D	499	tight positional	0.06	0.05
5	E	499	tight positional	0.06	0.05
6	F	499	tight positional	0.05	0.05
1	A	640	medium positional	0.32	0.5
2	B	640	medium positional	0.3	0.5
3	C	640	medium positional	0.27	0.5
4	D	640	medium positional	0.26	0.5
5	E	640	medium positional	0.33	0.5
6	F	640	medium positional	0.28	0.5
1	A	499	tight thermal	0.11	0.5
2	B	499	tight thermal	0.14	0.5
3	C	499	tight thermal	0.14	0.5
4	D	499	tight thermal	0.12	0.5
5	E	499	tight thermal	0.11	0.5
6	F	499	tight thermal	0.1	0.5
1	A	640	medium thermal	0.52	2
2	B	640	medium thermal	0.62	2
3	C	640	medium thermal	0.58	2
4	D	640	medium thermal	0.53	2
5	E	640	medium thermal	0.51	2
6	F	640	medium thermal	0.52	2

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	94	-
R_work	0.286	1905	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.689	-0.3937	-2.7802	2.8595	-0.3064	4.6937	-0.0266	-0.6803	0.0684	0.5489	0.0127	-0.3663	-0.0937	0.7414	0.0139	0.0104	0.0196	-0.1196	0.2217	-0.025	-0.0092	18.427	6.081	81.29
2	2.3415	-0.6315	0.3095	4.0516	0.5944	2.8068	0.0719	-0.1091	0.1022	0.048	0.0234	0.015	-0.0079	0.0244	-0.0953	-0.2278	-0.0089	-0.004	-0.0767	-0.0317	-0.0772	9.196	14.087	58.401
3	3.3482	-0.8458	-0.3194	3.4453	0.6411	2.5532	0.0127	-0.235	-0.2035	0.0325	0.0607	-0.1172	0.0715	0.0834	-0.0734	-0.2457	0.0183	-0.0208	-0.0992	0.0371	-0.0259	14.711	-12.712	47.328
4	2.3525	0.313	1.4851	4.3301	0.422	4.0947	-0.029	0.2594	0.1023	-0.4137	0.0363	-0.4433	-0.2746	0.441	-0.0073	-0.0746	-0.0103	0.0387	-0.0744	0.0073	-0.0127	16.687	-0.668	24.553
5	1.9389	0.4479	0.598	3.9566	1.1007	2.9613	0.0569	-0.031	-0.1039	-0.0184	-0.1047	0.1604	0.3646	-0.1141	0.0478	0.1215	-0.0056	-0.0355	-0.1373	0.0109	-0.0649	-3.827	-19.208	13.447
6	3.7524	1.0787	1.0256	1.7366	-0.8446	5.142	0.0599	0.4469	-0.2765	-0.0086	-0.0093	-0.137	0.2803	0.4083	-0.0506	0.1526	0.1197	-0.0104	0.0311	-0.0248	-0.0584	7.705	-15.164	-9.519
7	9.2974	2.9305	-8.4417	7.2036	-3.0503	21.7454	0.0799	0.2367	0.3179	0.1202	0.0406	-0.3129	-0.0891	-0.4808	-0.1205	-0.2226	-0.067	-0.0213	-0.0779	-0.0173	0.0671	22.805	24.071	54.035
8	3.9433	-2.4995	-0.4015	15.9791	2.8146	4.4043	0.3903	-0.4012	-0.0888	0.0833	-0.4509	0.3154	0.3382	0.0115	0.0606	0.2775	0.0134	0.045	-0.3573	0.0849	0.0496	-2.543	-41.357	18.021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	49 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	47 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	48 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	49 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	49 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	49 - 147
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	151 - 168
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	148 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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