PDB-2v9p: Crystal structure of papillomavirus E1 hexameric helicase DNA-fre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v9p

タイトル

Crystal structure of papillomavirus E1 hexameric helicase DNA-free form

要素

REPLICATION PROTEIN E1

キーワード

HYDROLASE / AAA+ MOLECULAR MOTOR / DNA REPLICATION / DNA TRANSLOCATION / NUCLEOTIDE-BINDING / DNA-BINDING / REPLICATION / EARLY PROTEIN / ATPASE / NUCLEUS / HELICASE / ATP-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BOVINE PAPILLOMAVIRUS TYPE 1 (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Sanders, C.M. / Kovalevskiy, O.V. / Sizov, D. / Lebedev, A.A. / Isupov, M.N. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Papillomavirus E1 Helicase Assembly Maintains an Asymmetric State in the Absence of DNA and Nucleotide Cofactors.
著者: Sanders, C.M. / Kovalevskiy, O.V. / Sizov, D. / Lebedev, A.A. / Isupov, M.N. / Antson, A.A.

履歴

登録	2007年8月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v9p.cif.gz	627.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v9p.ent.gz	518.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gxaS 1f08 1ksx 1ksy S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5a9k-d 2gxa-1 2gxa-2 3sip-1 3a5v-1 1hrd-d 1ngk-d 20447 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (2) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: REPLICATION PROTEIN E1

B: REPLICATION PROTEIN E1

C: REPLICATION PROTEIN E1

D: REPLICATION PROTEIN E1

E: REPLICATION PROTEIN E1

F: REPLICATION PROTEIN E1

G: REPLICATION PROTEIN E1

H: REPLICATION PROTEIN E1

I: REPLICATION PROTEIN E1

J: REPLICATION PROTEIN E1

K: REPLICATION PROTEIN E1

L: REPLICATION PROTEIN E1

ヘテロ分子

418 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: REPLICATION PROTEIN E1

B: REPLICATION PROTEIN E1

C: REPLICATION PROTEIN E1

D: REPLICATION PROTEIN E1

E: REPLICATION PROTEIN E1

F: REPLICATION PROTEIN E1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
209 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: REPLICATION PROTEIN E1

H: REPLICATION PROTEIN E1

I: REPLICATION PROTEIN E1

J: REPLICATION PROTEIN E1

K: REPLICATION PROTEIN E1

L: REPLICATION PROTEIN E1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
209 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.111, 180.649, 187.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	B	308 - 375
2	1	1	2	C	308 - 375
3	1	1	2	D	308 - 375
4	1	1	2	H	308 - 375
5	1	1	2	I	308 - 375
6	1	1	2	J	308 - 375
1	2	1	2	B	378 - 492
2	2	1	2	C	378 - 492
3	2	1	2	D	378 - 492
4	2	1	2	H	378 - 492
5	2	1	2	I	378 - 492
6	2	1	2	J	378 - 492
1	3	1	2	B	517 - 545
2	3	1	2	C	517 - 545
3	3	1	2	D	517 - 545
4	3	1	2	H	517 - 545
5	3	1	2	I	517 - 545
6	3	1	2	J	517 - 545
1	4	1	2	B	559 - 572
2	4	1	2	C	559 - 572
3	4	1	2	D	559 - 572
4	4	1	2	H	559 - 572
5	4	1	2	I	559 - 572
6	4	1	2	J	559 - 572
1	1	2	2	E	308 - 375
2	1	2	2	K	308 - 375
1	2	2	2	E	378 - 492
2	2	2	2	K	378 - 492
1	3	2	2	E	517 - 545
2	3	2	2	K	517 - 545
1	4	2	2	E	559 - 572
2	4	2	2	K	559 - 572
1	1	3	2	F	308 - 375
2	1	3	2	L	308 - 375
1	2	3	2	F	378 - 492
2	2	3	2	L	378 - 492
1	3	3	2	F	517 - 545
2	3	3	2	L	517 - 545
1	4	3	2	F	559 - 572
2	4	3	2	L	559 - 572
1	1	4	2	A	308 - 375
2	1	4	2	G	308 - 375
1	2	4	2	A	378 - 492
2	2	4	2	G	378 - 492
1	3	4	2	A	517 - 545
2	3	4	2	G	517 - 545
1	4	4	2	A	559 - 572
2	4	4	2	G	559 - 572
1	1	5	1	A	1580 - 1582
2	1	5	1	B	1579 - 1581
3	1	5	1	C	1579 - 1581
4	1	5	1	G	1579 - 1581
5	1	5	1	H	1579 - 1581
6	1	5	1	I	1580 - 1582
1	1	6	1	D	1580
2	1	6	1	E	1579
3	1	6	1	F	1580
4	1	6	1	J	1578
5	1	6	1	K	1580
6	1	6	1	L	1579

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	REPLICATION PROTEIN E1 / ATP-DEPENDENT HELICASE E1 / E1 HELICASE 分子量: 34645.016 Da / 分子数: 12 / 断片: HELICASE DOMAIN, RESIDUES 301-605 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BOVINE PAPILLOMAVIRUS TYPE 1 (パピローマウイルス) 株: BPV-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P03116, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: K-PHOSPHATE PH 7.5, NACL, PEG3350, MES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.00806
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月26日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00806 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→25 Å / Num. obs: 86088 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 67 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GXA

2gxa

解像度: 3→24.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 48.189 / SU ML: 0.385 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	853	1 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.219	85189	93.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→24.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25948	0	96	35	26079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	26704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.185	1.932	36202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.598	5	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.948	23.226	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.969	15	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.986	15	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	20188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	12390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	18320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.512	1.5	16339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.01	3	25797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.559	4	11835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.731	8	10405
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	896	tight positional	0.11	0.1
1	2	C	896	tight positional	0.07	0
1	3	D	896	tight positional	0.11	0
1	4	H	896	tight positional	0.08	0
1	5	I	896	tight positional	0.14	0
1	6	J	896	tight positional	0.14	0
2	1	E	896	tight positional	0.08	0.1
2	2	K	896	tight positional	0.08	0.1
3	1	F	896	tight positional	0.1	0.1
3	2	L	896	tight positional	0.1	0.1
4	1	A	896	tight positional	0.08	0.1
4	2	G	896	tight positional	0.08	0.1
5	1	A	11	tight positional	0.41	0.1
5	2	B	11	tight positional	0.26	0.01
5	3	C	11	tight positional	1.11	0
5	4	G	11	tight positional	0.25	0
5	5	H	11	tight positional	0.26	0
5	6	I	11	tight positional	0.26	0
6	1	D	5	tight positional	0.02	0.1
6	2	E	5	tight positional	0.02	0.02
6	3	F	5	tight positional	0.01	0
6	4	J	5	tight positional	0.02	0
6	5	K	5	tight positional	0.01	0
6	6	L	5	tight positional	0.02	0
1	1	B	913	medium positional	0.24	0.3
1	2	C	913	medium positional	0.23	0
1	3	D	913	medium positional	0.24	0
1	4	H	913	medium positional	0.27	0
1	5	I	913	medium positional	0.24	0
1	6	J	913	medium positional	0.27	0
2	1	E	917	medium positional	0.2	0.3
2	2	K	917	medium positional	0.2	0.3
3	1	F	913	medium positional	0.24	0.3
3	2	L	913	medium positional	0.24	0.3
4	1	A	913	medium positional	0.19	0.3
4	2	G	913	medium positional	0.19	0.3
1	1	B	896	tight thermal	0.77	5
1	2	C	896	tight thermal	0.75	0.01
1	3	D	896	tight thermal	0.62	0
1	4	H	896	tight thermal	0.85	0
1	5	I	896	tight thermal	0.86	0
1	6	J	896	tight thermal	0.7	0
2	1	E	896	tight thermal	0.61	5
2	2	K	896	tight thermal	0.61	5
3	1	F	896	tight thermal	1.21	5
3	2	L	896	tight thermal	1.21	5
4	1	A	896	tight thermal	0.73	5
4	2	G	896	tight thermal	0.73	5
5	1	A	11	tight thermal	3.38	5
5	2	B	11	tight thermal	3.65	0.45
5	3	C	11	tight thermal	3.7	0.04
5	4	G	11	tight thermal	1.41	0
5	5	H	11	tight thermal	1.23	0
5	6	I	11	tight thermal	1.92	0
6	1	D	5	tight thermal	0.73	5
6	2	E	5	tight thermal	0.9	1
6	3	F	5	tight thermal	3.54	0.2
6	4	J	5	tight thermal	4.89	0.04
6	5	K	5	tight thermal	1.24	0.01
6	6	L	5	tight thermal	7.66	0
1	1	B	913	medium thermal	1.24	10
1	2	C	913	medium thermal	1.21	0.01
1	3	D	913	medium thermal	1.18	0
1	4	H	913	medium thermal	1.33	0
1	5	I	913	medium thermal	1.49	0
1	6	J	913	medium thermal	1.35	0
2	1	E	917	medium thermal	1.06	10
2	2	K	917	medium thermal	1.06	10
3	1	F	913	medium thermal	1.53	10
3	2	L	913	medium thermal	1.53	10
4	1	A	913	medium thermal	1.11	10
4	2	G	913	medium thermal	1.11	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.337	35
R_work	0.329	4228

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9681	1.5223	0.6227	2.0582	0.7563	1.1916	-0.1858	0.0387	0.0364	-0.3459	0.0976	-0.0463	0.1261	0.0286	0.0882	0.0254	0.0006	0.0154	-0.2963	0.0213	-0.1607	14.0344	49.0812	46.9625
2	2.9301	0.7213	-0.3068	2.2638	-0.282	2.5379	0.0594	-0.1565	-0.1233	0.2218	-0.0072	-0.1	0.6607	-0.266	-0.0522	-0.109	-0.0943	-0.039	-0.2147	0.0724	-0.2519	14.6476	50.9318	74.5373
3	1.047	0.0491	-0.6641	1.7563	-0.5247	2.4549	-0.0209	-0.1688	0.0792	0.7632	0.026	-0.1118	-0.2157	-0.0195	-0.0051	-0.0107	0.0131	-0.0484	-0.1719	-0.0029	-0.2827	14.8349	75.232	87.3272
4	2.5164	-0.7014	-0.6874	2.3635	0.0517	1.9955	-0.1299	-0.0539	0.3824	0.6459	0.2466	-0.0803	-0.5726	-0.0748	-0.1167	0.1356	0.0589	-0.0493	-0.2103	-0.0095	-0.2153	13.6881	99.2419	73.0025
5	2.7881	-1.391	0.1179	2.4695	-0.1961	1.1115	0.1119	0.1409	0.1849	-0.0799	-0.0963	-0.1355	-0.2809	-0.0681	-0.0155	-0.1692	-0.0334	0.032	-0.2799	0.023	-0.1712	13.2779	99.0725	44.2374
6	3.9041	-1.2632	1.0956	1.5903	-1.0024	1.8574	0.0142	0.1556	-0.2498	-0.0087	-0.0045	0.0844	0.064	0.0185	-0.0097	-0.191	-0.0239	0.0443	-0.3012	-0.0406	-0.1679	12.558	73.2658	30.7087
7	4.485	2.3061	1.1894	1.8941	0.7727	1.3546	-0.1571	0.1985	0.1455	-0.2381	0.1504	0.0221	0.2114	0.1341	0.0067	-0.1697	0.0111	0.1094	-0.2121	0.0104	-0.1482	83.6651	64.0378	47.1363
8	2.4122	0.4572	-0.4904	2.4287	0.1131	2.109	-0.2633	-0.1314	-0.1349	0.3023	0.1437	-0.0203	0.7847	-0.168	0.1196	-0.1256	0.0102	0.0559	-0.198	0.0491	-0.2975	83.8256	66.099	74.5604
9	1.4916	0.0614	-0.7901	1.6712	-0.3602	2.0495	-0.17	-0.144	0.1313	0.4426	0.1006	-0.1756	0.1265	0.0138	0.0693	-0.3631	0.0881	-0.0839	-0.1011	-0.0192	-0.2905	81.9671	90.438	87.4469
10	2.7402	-0.669	-0.7604	2.0822	-0.0804	2.2189	-0.0748	-0.0237	0.3651	0.2236	0.159	-0.1759	-0.4806	-0.1338	-0.0842	-0.2657	0.0793	-0.0986	-0.185	-0.0327	-0.1763	79.1736	114.1187	72.7144
11	1.9411	-1.0776	-0.1119	2.5497	-0.1271	0.8705	0.142	0.0859	0.1047	-0.384	-0.0978	-0.0464	-0.1013	-0.0241	-0.0442	-0.0917	0.0585	-0.0433	-0.2213	0.0197	-0.1718	78.8727	113.7664	44.309
12	3.431	-0.9198	1.1335	1.8	-0.8967	1.6919	0.0795	0.1505	-0.2098	-0.5421	-0.064	0.2716	0.1386	-0.0706	-0.0155	0.2987	0.0565	-0.0769	-0.199	-0.0359	-0.1697	79.7179	87.8748	30.9285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 579
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301 - 578
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301 - 578
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301 - 579
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	301 - 578
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	301 - 579
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	301 - 578
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	301 - 578
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	301 - 579
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	301 - 577
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	301 - 579
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	301 - 578

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)