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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v9e | ||||||
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タイトル | L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE FROM ESCHERICHIA COLI (MUTANT E192A- K248W-A273S) | ||||||
![]() | RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
![]() | LYASE / ENTROPY INDEX / METAL-BINDING / OLIGOMERIZATION / ZINC / ALDOLASE / CLASS II / CYTOPLASM / CLEAVAGE OF L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE TO DIHYDROXYACETONE / BACTERIAL L-RHAMNOSE METABOLISM / INTERFACE DESIGN / SURFACE MUTATION / 2-KETOSE DEGRADATION / PROTEIN-PROTEIN INTERFACE / RARE SUGAR / AGGREGATION / ZINC ENZYME / FIBRILLATION / RHAMNOSE METABOLISM / PROTEIN ENGINEERING | ||||||
機能・相同性 | ![]() rhamnulose-1-phosphate aldolase / rhamnulose-1-phosphate aldolase activity / rhamnose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grueninger, D. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Designed Protein-Protein Association. 著者: Grueninger, D. / Treiber, N. / Ziegler, M.O.P. / Koetter, J.W.A. / Schulze, M.-S. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of L-Rhamnulose-1-Phosphate Aldolase 著者: Kroemer, M. / Merkel, I. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 256.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2uyuC ![]() 2uyvC ![]() 2v7gC ![]() 2v9fC ![]() 2v9gC ![]() 2v9iC ![]() 2v9lC ![]() 2v9mC ![]() 2v9nC ![]() 2v9oC ![]() 2v9uC ![]() 1ojrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 274 / Label seq-ID: 1 - 274
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.1251, 0.9921, 0.0036), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30189.400 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 192 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 248 TO TRP ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: 40% (V/V) PEG 400, 0.1M HEPES (PH 7.5), 0.2 M CALCIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.90504 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 91205 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 5.96 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.33 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.58 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.96 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OJR 解像度: 1.58→45.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.383 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→45.88 Å
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拘束条件 |
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