PDB-2v8h: Crystal structure of mutant E159A of beta-alanine synthase from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v8h

タイトル

Crystal structure of mutant E159A of beta-alanine synthase from Saccharomyces kluyveri in complex with its substrate N-carbamyl-beta- alanine

要素

BETA-ALANINE SYNTHASE

キーワード

HYDROLASE / AMIDOHYDROLASE / ALPHA AND BETA PROTEIN / DI-ZINC CENTER / COMPLEX WITH N-CARBAMYL-BETA-ALANINE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ureidopropionase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / beta-ureidopropionase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES KLUYVERI (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lundgren, S. / Andersen, B. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Yeast -Alanine Synthase Complexes Reveal the Mode of Substrate Binding and Large Scale Domain Closure Movements.
著者: Lundgren, S. / Andersen, B. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

履歴

登録	2007年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2v8h.ent.gz	291.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2v8h_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v8h_full_validation.pdf.gz	493.8 KB	表示
XML形式データ	2v8h_validation.xml.gz	68.5 KB	表示
CIF形式データ	2v8h_validation.cif.gz	98 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v8h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2v8dC 2v8gC 2v8vC 1r43S 1r3n C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2v8g-2 2v8g-1 2vl1-2 2vl1-1 1jmj-d 6zpg-d 6i1n-d 4f8y-d 3pfo-d 3lcm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: BETA-ALANINE SYNTHASE

B: BETA-ALANINE SYNTHASE

C: BETA-ALANINE SYNTHASE

D: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-ALANINE SYNTHASE

B: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: BETA-ALANINE SYNTHASE

D: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.780, 218.300, 81.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	TRP	TRP	3	A	A	28 - 52	27 - 51
2	1	LEU	LEU	TRP	TRP	3	B	B	28 - 52	27 - 51
3	1	LEU	LEU	TRP	TRP	3	C	C	28 - 52	27 - 51
4	1	LEU	LEU	TRP	TRP	3	D	D	28 - 52	27 - 51
1	2	HIS	HIS	VAL	VAL	3	A	A	57 - 189	56 - 188
2	2	HIS	HIS	VAL	VAL	3	B	B	57 - 189	56 - 188
3	2	HIS	HIS	VAL	VAL	3	C	C	57 - 189	56 - 188
4	2	HIS	HIS	VAL	VAL	3	D	D	57 - 189	56 - 188
1	3	SER	SER	HIS	HIS	3	A	A	196 - 455	195 - 454
2	3	SER	SER	HIS	HIS	3	B	B	196 - 455	195 - 454
3	3	SER	SER	HIS	HIS	3	C	C	196 - 455	195 - 454
4	3	SER	SER	HIS	HIS	3	D	D	196 - 455	195 - 454
1	4	ZN	ZN	ZN	ZN	4	A	E	500
2	4	ZN	ZN	ZN	ZN	4	B	I	500
3	4	ZN	ZN	ZN	ZN	4	C	M	500
4	4	ZN	ZN	ZN	ZN	4	D	Q	500
1	5	URP	URP	URP	URP	4	A	G	600
2	5	URP	URP	URP	URP	4	B	K	600
3	5	URP	URP	URP	URP	4	C	O	600
4	5	URP	URP	URP	URP	4	D	S	600

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.669, 0.015, 0.743), (-0.011, -1, 0.011), (0.743, -0.001, 0.669)	0.698, -0.43239, -0.36062
2	given	(-0.791, 0.002, -0.611), (0.006, -1, -0.011), (-0.611, -0.012, 0.791)	66.60809, 74.71856, 23.24108

#1: タンパク質	BETA-ALANINE SYNTHASE 分子量: 51948.773 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-455 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES KLUYVERI (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q96W94, beta-ureidopropionase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-URP / N-(AMINOCARBONYL)-BETA-ALANINE / N-CARBAMYL-BETA-ALANINE / BETA-UREIDOPROPIONATE / N-カルバモイル-β-アラニン分子量: 132.118 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃
#4: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 956 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 159 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 159 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 159 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 159 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 159 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 159 TO ALA
配列の詳細	THE N-TERMINAL METHIONINE IS ABSENT, MOST LIKELY DUE TO POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION THE LAST 20 ...THE N-TERMINAL METHIONINE IS ABSENT, MOST LIKELY DUE TO POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION THE LAST 20 AMINO ACIDS CORRESPOND TO THE C-TERMINAL HIS-TAG E159 OF THE DEPOSITED SEQUENCE IS REPLACED BY ALANINE IN THIS MUTANT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.75 / 詳細: PEG 6000, TRIS PH 8.5, BICINE PH 9.0, LICL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 116114 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 28.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.48
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.84 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R43

1r43

解像度: 2→19.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 8.095 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	5792	5 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.18	110321	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.07 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	-3.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13359	0	88	956	14403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	14010
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.096	1.943	19028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.472	5	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.352	24.406	665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.379	15	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.362	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	6140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	9474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.36	1.5	8979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.592	2	13948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.185	3	5823
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.827	4.5	5044
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1632	tight positional	0.04	0.05
2	B	1632	tight positional	0.03	0.05
3	C	1632	tight positional	0.03	0.05
4	D	1632	tight positional	0.04	0.05
1	A	10	medium positional	0.29	0.5
2	B	10	medium positional	0.26	0.5
3	C	10	medium positional	0.27	0.5
4	D	10	medium positional	0.74	0.5
1	A	1440	loose positional	0.19	5
2	B	1440	loose positional	0.19	5
3	C	1440	loose positional	0.2	5
4	D	1440	loose positional	0.22	5
1	A	1632	tight thermal	0.09	0.5
2	B	1632	tight thermal	0.06	0.5
3	C	1632	tight thermal	0.06	0.5
4	D	1632	tight thermal	0.07	0.5
1	A	10	medium thermal	0.56	2
2	B	10	medium thermal	0.98	2
3	C	10	medium thermal	0.55	2
4	D	10	medium thermal	0.89	2
1	A	1440	loose thermal	0.9	10
2	B	1440	loose thermal	0.73	10
3	C	1440	loose thermal	0.77	10
4	D	1440	loose thermal	0.82	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.233	450
R_work	0.204	7969

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8588	-0.1935	0.0267	1.2232	-0.1469	1.005	-0.0192	0.0471	0.0631	-0.0424	0.0069	-0.1172	-0.1187	0.073	0.0124	-0.1886	-0.0172	0.0195	-0.0633	-0.0034	-0.1322	7.7998	31.5079	4.6444
2	0.3035	-0.0662	0.1404	4.4691	-0.386	0.2936	0.013	0.0155	-0.065	-0.107	0.0062	0.2395	0.0545	-0.0622	-0.0192	-0.1813	-0.0117	0.0218	-0.0585	-0.0104	-0.1332	-10.3598	4.3815	-5.7268
3	0.7794	-0.0531	-0.0601	2.6758	0.2426	0.727	-0.0084	-0.0915	-0.031	0.3312	0.0419	-0.1254	0.0563	-0.0071	-0.0335	-0.0104	0.01	-0.0179	-0.0308	0.0095	-0.0273	-1.3636	-31.8453	8.9743
4	0.3379	0.6242	0.0064	6.0274	0.2328	0.0101	-0.0263	0.0916	-0.0754	-0.4554	-0.0062	-0.2322	0.126	0.0527	0.0325	-0.1106	0.0092	0.0612	-0.0487	-0.0294	-0.1181	3.322	-4.9622	-11.7583
5	0.8645	0.3438	0.042	3.4587	0.2271	0.9427	-0.0046	0.1487	0.0206	-0.2732	-0.0375	-0.0994	-0.0291	-0.0189	0.0421	-0.037	0.0091	-0.014	-0.0356	0.0052	-0.0528	20.0701	68.8847	31.7092
6	0.2276	-1.1318	0.0806	5.6655	-0.3385	0.1345	-0.1254	-0.06	0.0431	0.7377	0.0186	-0.3124	-0.1909	0.0343	0.1067	0.0242	-0.0131	-0.059	-0.0445	-0.0146	-0.0864	27.308	42.0529	51.8437
7	0.9755	0.1831	0.0842	1.7009	-0.1528	1.0278	0.0142	0.0047	-0.0481	0.0593	-0.0466	-0.0421	0.0992	0.0746	0.0324	-0.1764	0.0177	0.0187	-0.0721	0.0016	-0.1212	31.5624	5.6779	35.1952
8	0.231	-0.4009	0.1418	4.2638	-0.5126	0.5254	-0.0612	-0.0744	-0.0206	0.3534	0.0057	0.4231	-0.1004	-0.1107	0.0555	-0.1175	0.0058	0.0838	-0.0464	-0.0101	-0.06	13.4483	32.2626	47.0738

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	365 - 458
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500 - 601
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	247 - 364
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	28 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	365 - 458
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	500 - 601
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	247 - 364
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	27 - 246
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	365 - 458
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	500 - 601
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	247 - 364
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	28 - 246
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	365 - 458
15	X-RAY DIFFRACTION	7	D	500 - 601
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	247 - 364

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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