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万見
- PDB-2v8f: Mouse Profilin IIa in complex with a double repeat from the FH1 d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v8f
タイトルMouse Profilin IIa in complex with a double repeat from the FH1 domain of mDia1
要素
  • PROFILIN-2
  • PROTEIN DIAPHANOUS HOMOLOG 1
キーワードPROTEIN BINDING / ALTERNATIVE SPLICING / PROTEIN-BINDING / CYTOPLASM / ACETYLATION / CYTOSKELETON / ACTIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ROBO receptors / negative regulation of neuron projection regeneration / presynaptic actin cytoskeleton organization / negative regulation of ruffle assembly / multicellular organismal locomotion / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOF GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / actin nucleation ...Signaling by ROBO receptors / negative regulation of neuron projection regeneration / presynaptic actin cytoskeleton organization / negative regulation of ruffle assembly / multicellular organismal locomotion / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOF GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / RHOB GTPase cycle / negative regulation of epithelial cell migration / RHO GTPases Activate Formins / RHOA GTPase cycle / profilin binding / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of microtubule-based process / axon midline choice point recognition / positive regulation of actin filament polymerization / regulation of synaptic vesicle exocytosis / brush border / synaptic vesicle endocytosis / actin monomer binding / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of stress fiber assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / cytoskeleton organization / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Neutrophil degranulation / sensory perception of sound / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / small GTPase binding / spindle / ruffle membrane / neuron projection development / intracellular protein localization / regulation of cell shape / presynapse / actin binding / actin cytoskeleton organization / gene expression / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / postsynapse / neuron projection / protein stabilization / centrosome / glutamatergic synapse / ATP hydrolysis activity / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / : / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Profilin1/2/3, vertebrate / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain ...Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / : / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Profilin1/2/3, vertebrate / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Protein diaphanous homolog 1 / Profilin-2 / Profilin-2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Kursula, P. / Kursula, I. / Downer, J. / Witke, W. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: High-Resolution Structural Analysis of Mammalian Profilin 2A Complex Formation with Two Physiological Ligands: The Formin Homology 1 Domain of Mdia1 and the Proline-Rich Domain of Vasp.
著者: Kursula, P. / Kursula, I. / Massimi, M. / Song, Y.H. / Downer, J. / Stanley, W.A. / Witke, W. / Wilmanns, M.
履歴
登録2007年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN-2
B: PROFILIN-2
C: PROTEIN DIAPHANOUS HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,79111
ポリマ－32,1363
非ポリマー6558
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-91.3 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.380, 37.270, 88.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 PROFILIN-2 / PROFILIN IIA


分子量: 15064.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PMW172 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3V171, UniProt: Q9JJV2*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN DIAPHANOUS HOMOLOG 1 / DIAPHANOUS-RELATED FORMIN-1 / DRF1 / P140MDIA / MDIA1


分子量: 2007.414 Da / 分子数: 1 / Fragment: FH1 DOMAIN, RESIDUES 635-655 / 由来タイプ: 合成
詳細: TWO PROLINE-RICH REPEATS DERIVED FROM THE MOUSE HOMOLOGUE OF DIAPHANOUS 1 (MDIA1).
由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O08808

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非ポリマー , 5種, 365分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.01 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.0408
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 93713 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 75.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D1J

1d1j


解像度: 1.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: FINAL ROUND OF B FACTOR REFINEMENT DONE IN PHENIX.REFINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 -2 %RANDOM
obs0.146 -92.8 %-
all-93713 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2198 0 36 357 2591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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