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- PDB-2v89: Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v89
タイトルCrystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution
要素
  • HISTONE H3
  • VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2
キーワードPROTEIN BINDING / V(D)J RECOMBINATION / COVALENT MODIFICATIONS / RAG / HISTONE / NUCLEUS / NUCLEASE / HYDROLASE / PHD FINGER / DNA-BINDING / RECOMBINASE / ENDONUCLEASE / TRIMETHYL LYSINE / DNA RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell differentiation involved in immune response / DNA recombinase complex / B cell homeostatic proliferation / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of organ growth / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding ...mature B cell differentiation involved in immune response / DNA recombinase complex / B cell homeostatic proliferation / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of organ growth / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / T cell lineage commitment / organ growth / B cell lineage commitment / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / T cell differentiation / Chromatin modifying enzymes / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / methylated histone binding / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / B cell differentiation / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / phosphatidylinositol binding / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ubiquitin protein ligase activity / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / T cell differentiation in thymus / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA recombination / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / defense response to bacterium / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / chromatin binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rag2 PHD finger / Recombination activating protein 2 / RAG2 PHD domain / V-D-J recombination activating protein 2 / Recombination activating protein 2, PHD domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Kelch-type beta propeller / Double Stranded RNA Binding Domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. ...Rag2 PHD finger / Recombination activating protein 2 / RAG2 PHD domain / V-D-J recombination activating protein 2 / Recombination activating protein 2, PHD domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Kelch-type beta propeller / Double Stranded RNA Binding Domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V(D)J recombination-activating protein 2 / Histone H3.1 / Histone H3-7
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Ramon-Maiques, S. / Yang, W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Rag2 Phd Finger Couples Histone H3 Lysine 4 Trimethylation with V(D)J Recombination.
著者: Matthews, A.G.W. / Kuo, A.J. / Ramon-Maiques, S. / Han, S. / Champagne, K.S. / Ivanov, D. / Gallardo, M. / Carney, D. / Cheung, P. / Ciccone, D.N. / Walter, K.L. / Utz, P.J. / Shi, Y. / ...著者: Matthews, A.G.W. / Kuo, A.J. / Ramon-Maiques, S. / Han, S. / Champagne, K.S. / Ivanov, D. / Gallardo, M. / Carney, D. / Cheung, P. / Ciccone, D.N. / Walter, K.L. / Utz, P.J. / Shi, Y. / Kutateladze, T.G. / Yang, W. / Gozani, O. / Oettinger, M.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: The Plant Homeodomain Finger of Rag2 Recognizes Histone H3 Methylated at Both Lysine-4 and Arginine-2.
著者: Ramon-Maiques, S. / Kuo, A.J. / Carney, D. / Matthews, A.G.W. / Oettinger, M.A. / Gozani, O. / Yang, W.
履歴
登録2007年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22016年12月28日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.02023年12月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2
B: VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2
D: HISTONE H3
E: HISTONE H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1638
ポリマ－20,9024
非ポリマー2624
水5,747319
1
A: VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2
E: HISTONE H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5824
ポリマ－10,4512
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-7.8 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
2
B: VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2
D: HISTONE H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5824
ポリマ－10,4512
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-8.2 kcal/mol
Surface area5630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.978, 46.807, 56.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2 / RAG2 / RAG2-PHD FINGER


分子量: 9360.498 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 414-487 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21784
#2: タンパク質・ペプチド HISTONE H3 / H3K4ME3 PEPTIDE


分子量: 1090.296 Da / 分子数: 2 / 断片: H3 (1-21), BIOTINYLATED AT C-TERMINUS / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRI-METHYLATED K4 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q5TEC6, UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL SEGMENT GPLGSPEFG IS CARRIED OVER FROM THE EXPRESSION VECTOR AFTER PROTEASE CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: ...詳細: CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 75608 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 67.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V83

2v83


解像度: 1.1→50 Å / Num. parameters: 15567 / Num. restraintsaints: 18875 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1551 3493 4.6 %RANDOM
obs0.1227 -93.8 %-
all-75608 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 1233.3 / Occupancy sum non hydrogen: 1651.2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1373 0 4 319 1696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0309
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.086
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.091
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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