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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v6u | ||||||
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タイトル | High resolution crystal structure of pterin-4a-carbinolamine dehydratase from Toxoplasma gondii | ||||||
![]() | PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE | ||||||
![]() | LYASE / PTERIN / ENZYME / TOXOPLASMA / DEHYDRATASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / plastid 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cameron, S. / Goldie, S.P. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Toxoplasma Gondii Pterin-4A-Carbinolamine Dehydratase and Comparisons with Mammalian and Parasite Orthologues. 著者: Cameron, S. / Fyffe, S.A. / Goldie, S.P. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.013, 0.954, -0.3), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11953.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RH / プラスミド: MODIFIED PET15B (NOVAGEN) / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q2Q449, 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % 解説: PDB ENTRY 2V6S WAS USED AS A STARTING POINT FOR RIGID BODY REFINEMENT |
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結晶化 | pH: 7.6 詳細: 1.4 M AMMONIUM SULPHATE, 1 M LITHIUM SULPHATE, pH 7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月17日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0064 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→53.8 Å / Num. obs: 47707 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 27.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2V6S 解像度: 1.6→53.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.981 / SU ML: 0.036 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→53.76 Å
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拘束条件 |
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