PDB-2v6t: Crystal structure of a complex of pterin-4a-carbinolamine dehydra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v6t

タイトル

Crystal structure of a complex of pterin-4a-carbinolamine dehydratase from Toxoplasma gondii with 7,8-dihydrobiopterin

要素

PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE

キーワード

LYASE / PTERIN / ENZYME / TAUTOMER / TOXOPLASMA / DEHYDRATASE

機能・相同性

機能・相同性情報

4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Cameron, S. / Fyffe, S.A. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of Toxoplasma Gondii Pterin-4A-Carbinolamine Dehydratase and Comparisons with Mammalian and Parasite Orthologues.
著者: Cameron, S. / Fyffe, S.A. / Goldie, S. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2007年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v6t.cif.gz	54.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v6t.ent.gz	40 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v6t_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v6t_full_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示
XML形式データ	2v6t_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	2v6t_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/2v6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/2v6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v6sSC 2v6uC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1dch-1 1dcp-1 1dcp-2 1dch-2 3hxa-2 3hxa-1 1dco-2 1ru0-1 1dco-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE

B: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE

ヘテロ分子

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE

B: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE

ヘテロ分子

A: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE

B: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.510, 119.510, 49.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	GLU	GLU	2	B	B	5 - 103	7 - 105
2	1	ALA	ALA	GLU	GLU	2	A	A	5 - 103	7 - 105
1	2	H2B	H2B	H2B	H2B	1	A	C	1104
2	2	H2B	H2B	H2B	H2B	1	B	D	1104

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.09057, -0.9245, 0.3704), (-0.9258, -0.05892, -0.3734), (0.3671, -0.3767, -0.8505)
ベクター: -67.18, 62.33, -23.38)

#1: タンパク質	PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE 分子量: 12148.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ) 株: RH / プラスミド: MODIFIED PET15B (NOVAGEN) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q2Q449, 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-H2B / 2-AMINO-6-(1,2-DIHYDROXY-PROPYL)-7,8-DIHYDRO-6H-PTERIDIN-4-ONE / QUINONOID 7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN 分子量: 239.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₅O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GH AT N-TERMINUS IS LEFT WHEN HEXAHIS TAG IS REMOVED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.6 / 詳細: 0.4 M POTASSIUM-SODIUM TARTRATE, pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月7日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL OPTICS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→43 Å / Num. obs: 6969 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V6S

2v6s

解像度: 3.1→42.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 18.034 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	341	4.9 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.19	6591	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1622	0	34	11	1667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.254	1.926	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.436	5	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.77	24.111	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.207	15	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.6	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.286	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.326	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.237	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.259	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.811	1.5	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.592	2	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.283	3	803
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.617	4.5	731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	392	tight positional	0.1	0.05
2	1	A	17	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	17	tight positional	0.04	0.05
1	1	B	404	medium positional	0.44	0.5
1	1	B	392	tight thermal	0.36	0.5
2	1	A	17	tight thermal	0.31	0.5
2	2	B	17	tight thermal	0.31	0.5
1	1	B	404	medium thermal	0.99	2

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.327	24
R_work	0.285	470

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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