[日本語] English
万見
- PDB-2v6t: Crystal structure of a complex of pterin-4a-carbinolamine dehydra... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6t
タイトルCrystal structure of a complex of pterin-4a-carbinolamine dehydratase from Toxoplasma gondii with 7,8-dihydrobiopterin
要素PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / PTERIN / ENZYME / TAUTOMER / TOXOPLASMA / DEHYDRATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Transcriptional coactivator/pterin dehydratase / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase superfamily / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H2B / 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cameron, S. / Fyffe, S.A. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of Toxoplasma Gondii Pterin-4A-Carbinolamine Dehydratase and Comparisons with Mammalian and Parasite Orthologues.
著者: Cameron, S. / Fyffe, S.A. / Goldie, S. / Hunter, W.N.
履歴
登録2007年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE
B: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7764
ポリマ－24,2972
非ポリマー4782
水19811
1
A: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE
B: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE
ヘテロ分子

A: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE
B: PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5528
ポリマ－48,5954
非ポリマー9574
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-48.7 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.510, 119.510, 49.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLUGLU2BB5 - 1037 - 105
21ALAALAGLUGLU2AA5 - 1037 - 105
12H2BH2BH2BH2B1AC1104
22H2BH2BH2BH2B1BD1104

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.09057, -0.9245, 0.3704), (-0.9258, -0.05892, -0.3734), (0.3671, -0.3767, -0.8505)
ベクター: -67.18, 62.33, -23.38)

-
要素

#1: タンパク質 PTERIN-4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE


分子量: 12148.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
株: RH / プラスミド: MODIFIED PET15B (NOVAGEN) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2Q449, 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-H2B / 2-AMINO-6-(1,2-DIHYDROXY-PROPYL)-7,8-DIHYDRO-6H-PTERIDIN-4-ONE / QUINONOID 7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN


分子量: 239.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N5O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GH AT N-TERMINUS IS LEFT WHEN HEXAHIS TAG IS REMOVED

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.6 / 詳細: 0.4 M POTASSIUM-SODIUM TARTRATE, pH 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月7日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→43 Å / Num. obs: 6969 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V6S

2v6s


解像度: 3.1→42.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 18.034 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 341 4.9 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 6591 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1622 0 34 11 1667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211701
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2541.9262309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.4365197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.7724.11190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.20715267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2860.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8111.51004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59221578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2833803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6174.5731
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11B392tight positional0.10.05
21A17tight positional0.040.05
22B17tight positional0.040.05
11B404medium positional0.440.5
11B392tight thermal0.360.5
21A17tight thermal0.310.5
22B17tight thermal0.310.5
11B404medium thermal0.992
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.327 24
Rwork0.285 470

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る