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- PDB-2v6q: Crystal Structure of a BHRF-1 : Bim BH3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6q
タイトルCrystal Structure of a BHRF-1 : Bim BH3 complex
要素
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 11
  • BHRF1 PROTEIN
キーワードAPOPTOSIS / ALTERNATIVE SPLICING / BCL-2 / MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / ear development / symbiont-mediated suppression of host autophagy / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / meiosis I / mammary gland development / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / tube formation / cellular response to glucocorticoid stimulus / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / NRAGE signals death through JNK / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / thymocyte apoptotic process / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / T cell homeostasis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / odontogenesis of dentin-containing tooth / B cell homeostasis / host cell membrane / host cell mitochondrion / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / FLT3 Signaling / endomembrane system / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / microtubule binding / regulation of apoptotic process / spermatogenesis / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Bcl-2-like protein 11 / Apoptosis regulator BHRF1 / Apoptosis regulator BHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN HERPESVIRUS 4 (ヘルペスウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kvansakul, M. / Huang, D.C.S. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Apoptosis Inhibition by Epstein-Barr Virus Bhrf1.
著者: Kvansakul, M. / Wei, A.H. / Fletcher, J.I. / Willis, S.N. / Chen, L. / Roberts, A.W. / Huang, D.C. / Colman, P.M.
履歴
登録2007年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BHRF1 PROTEIN
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5237
ポリマ－23,1232
非ポリマー4005
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-16.3 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.736, 62.736, 92.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 BHRF1 PROTEIN / BHRF1 / EA-R / NUCLEAR ANTIGEN / BHRF-1 / EARLY ANTIGEN PROTEIN R


分子量: 19848.367 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-160 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN HERPESVIRUS 4 (ヘルペスウイルス)
株: GD1 / 参照: UniProt: P03182, UniProt: P0C736*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド BCL-2-LIKE PROTEIN 11 / BCL2-INTERACTING MEDIATOR OF CELL DEATH / BCL2-L-11 / BCL2-LIKE 11 TRANSCRIPT VARIANT 9 / BIM


分子量: 3274.691 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 141-166 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: 0.1 M MALIC ACID PH 4.0, 1.7 M NABR, 0.1 M GUANIDINE HCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.5479
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5479 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→35.22 Å / Num. obs: 6089 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→35.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 29.204 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 296 4.9 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 5792 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20.51 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→35.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1441 0 5 27 1473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6631.9332008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0645177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1222.83874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.36715238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5321514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.5889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58921432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7413587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8854.5576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 24 -
Rwork0.294 375 -
obs--92.58 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.044 Å / Origin y: 12.7015 Å / Origin z: 5.7113 Å
111213212223313233
T0.1007 Å2-0.0329 Å2-0.0058 Å2-0.0823 Å20.0055 Å2--0.0557 Å2
L0.8183 °20.0787 °2-0.28 °2-1.3949 °2-0.4793 °2--1.3121 °2
S-0.0281 Å °-0.0098 Å °0.012 Å °-0.0523 Å °0.0722 Å °0.0263 Å °-0.0929 Å °-0.0302 Å °-0.0441 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 156
2X-RAY DIFFRACTION1A1157 - 1160
3X-RAY DIFFRACTION1A2002 - 2026
4X-RAY DIFFRACTION1B2001
5X-RAY DIFFRACTION1B51 - 72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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