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- PDB-2v5d: Structure of a Family 84 Glycoside Hydrolase and a Family 32 Carb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v5d
タイトルStructure of a Family 84 Glycoside Hydrolase and a Family 32 Carbohydrate-Binding Module in Tandem from Clostridium perfringens.
要素O-GLCNACASE NAGJ
キーワードHYDROLASE / FAMILY 32 CARBOHYDRATE BINDING MODULE / GLYCOSIDASE / CLOSTRIDIUM PERFRINGENS / GH84 / GH84C / CBM32 / COILED COIL / FAMILY 84 GLYCOSIDE HYDROLASE / CARBOHYDRATE BINDING MODULE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ficko-Blean, E. / Gregg, K.J. / Adams, J.J. / Hehemann, J.H. / Smith, S.J. / Czjzek, M. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
著者: Ficko-Blean, E. / Gregg, K.J. / Adams, J.J. / Hehemann, J.H. / Smith, S.J. / Czjzek, M. / Boraston, A.B.
履歴
登録2008年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-GLCNACASE NAGJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4464
ポリマ－82,3261
非ポリマー1203
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.851, 69.546, 136.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 O-GLCNACASE NAGJ / BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / GH84 / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BETA-N- ...BETA-HEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / GH84 / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / FAMILY 84 GLYCOSIDE HYDROLASE / FAMILY 32 CARBOHYDRATE BINDING MODULE


分子量: 82325.797 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 31-767 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0TR53, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 113.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→141.42 Å / Num. obs: 12400 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.54 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3.3→141.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.834 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.78 / SU B: 113.607 / SU ML: 0.845 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.884 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36981 594 4.8 %RANDOM
Rwork0.32249 ---
obs0.32479 11825 92.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.808 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å2-2.02 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→141.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5676 0 3 27 5706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0225792
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9041.9467863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92539320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5535720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2625.859297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.13615971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5661522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021111
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1590.21286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.23980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.22860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.23010
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0980.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1220.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0580.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1250.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1171.53753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0131.51460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.21225787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.12132397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.1684.52076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.201310784
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free0.562331
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.08539480
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 51 -
Rwork0.374 884 -
obs--95.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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