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万見
- PDB-2v4j: THE CRYSTAL STRUCTURE OF Desulfovibrio vulgaris DISSIMILATORY SUL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v4j
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF Desulfovibrio vulgaris DISSIMILATORY SULFITE REDUCTASE BOUND TO DsrC PROVIDES NOVEL INSIGHTS INTO THE MECHANISM OF SULFATE RESPIRATION
要素(SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / DISSIMILATORY SULFITE REDUCTASE / SIROHEME / SIROHYDROCHLORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dissimilatory sulfite reductase / dissimilatory sulfite reductase activity / sulfur compound metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Sulphite reductase, dissimilatory-type beta subunit / Alpha-Beta Plaits - #2500 ...DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Sulphite reductase, dissimilatory-type beta subunit / Alpha-Beta Plaits - #2500 / Alpha-Beta Plaits - #3340 / Helix Hairpins - #1420 / Sulphite reductase, dissimilatory-type alpha subunit / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #20 / Helix Hairpins / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SH0 / SULFITE ION / SIROHEME / Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit gamma / Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit alpha / Sulfite reductase, dissimilatory-type subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Oliveira, T.F. / Vonrhein, C. / Matias, P.M. / Venceslau, S.S. / Pereira, I.A.C. / Archer, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of Desulfovibrio Vulgaris Dissimilatory Sulfite Reductase Bound to Dsrc Provides Novel Insights Into the Mechanism of Sulfate Respiration.
著者: Oliveira, T.F. / Vonrhein, C. / Matias, P.M. / Venceslau, S.S. / Pereira, I.A.C. / Archer, M.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of a Dissimilatory Dsrab Sulfite Reductase in Complex with Dsrc.
著者: Oliveira, T.F. / Vonrhein, C. / Matias, P.M. / Venceslau, S.S. / Pereira, I.A. / Archer, M.
履歴
登録2008年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02023年12月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_caveat / entity / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT ALPHA
B: SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT BETA
C: SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT GAMMA
D: SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT ALPHA
E: SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT BETA
F: SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,77720
ポリマ－207,2326
非ポリマー6,54414
水18,3031016
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55340 Å2
ΔGint-494.3 kcal/mol
Surface area55140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.410, 118.900, 132.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.74146, 0.42737, -0.51729), (0.42442, -0.29841, -0.85488), (-0.51972, -0.85341, 0.03987)29.89904, 51.59716, 57.15992
2given(-0.74232, 0.4279, -0.51562), (0.42428, -0.29542, -0.85599), (-0.5186, -0.85418, 0.03775)29.77774, 51.46428, 57.38292
3given(-0.73239, 0.44772, -0.51298), (0.42937, -0.28102, -0.85829), (-0.52843, -0.84887, 0.01358)28.39294, 50.88845, 57.95444

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要素

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SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT ALPHA / DISSIMILATORY SULFITE REDUCTASE / DESULFOVIRIDIN SUBUNIT ALPHA / HYDROGENSULFITE REDUCTASE ALPHA SUBUNIT


分子量: 49154.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P45574, EC: 1.8.99.3
#2: タンパク質 SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT BETA / DISSIMILATORY SULFITE REDUCTASE / DESULFOVIRIDIN SUBUNIT BETA / HYDROGENSULFITE REDUCTASE SUBUNIT BETA


分子量: 42574.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P45575, EC: 1.8.99.3
#3: タンパク質 SULFITE REDUCTASE, DISSIMILATORY-TYPE SUBUNIT GAMMA / DISSIMILATORY SULFITE REDUCTASE / DESULFOVIRIDIN SUBUNIT GAMMA / HYDROGENSULFITE REDUCTASE GAMMA SUBUNIT


分子量: 11887.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P45573, EC: 1.8.99.3

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非ポリマー , 5種, 1030分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-SH0 / 3,3',3'',3'''-[(1R,2S,3S,4S,7S,8S,11S,12S,13S,16S,19S)-3,8,13,17-tetrakis(carboxylatomethyl)-8,13-dimethyl-1,2,3,4,7,8,11,12,13,16,19,20,22,24-tetradecahydroporphyrin-2,7,12,18-tetrayl]tetrapropanoate / Sirohydrochlorin


分子量: 868.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H52N4O16
#6: 化合物 ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#7: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1016 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12.5% PEG 4000, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 0.2M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.033, 1.742
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月24日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0331
21.7421
反射解像度: 2.1→40.29 Å / Num. obs: 112244 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 36.887 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER-TNT精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→128.04 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 5616 5.01 %RANDOM
Rwork0.1901 ---
obs0.1916 112195 97.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.66209431 Å20 Å2-6.25363262 Å2
2--6.27152084 Å20 Å2
3---1.39057347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→128.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14478 0 322 1016 15816
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 800 4.89 %
Rwork0.2334 15558 -
all0.235 16358 -
obs--97.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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