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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v4h | ||||||
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タイトル | NEMO CC2-LZ domain - 1D5 DARPin complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / NEMO - IKK GAMMA - NFKB PATHWAY -DARPIN / TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / SUMOylation of immune response proteins / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Regulation of TNFR1 signaling ...SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / SUMOylation of immune response proteins / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Regulation of TNFR1 signaling / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / IkappaB kinase complex / TRAF6 mediated NF-kB activation / Ovarian tumor domain proteases / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / Activation of NF-kappaB in B cells / PKR-mediated signaling / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / transferrin receptor binding / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Ub-specific processing proteases / anoikis / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / B cell homeostasis / positive regulation of macroautophagy / canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin ligase complex / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / spindle pole / mitotic spindle / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grubisha, O. / Duquerroy, S. / Cordier, F. / Haouz, A. / Delepierre, M. / Veron, M. / Agou, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Darpin-Assisted Crystallography of the Cc2-Lz Domain of Nemo Reveals a Coupling between Dimerization and Ubiquitin-Binding. 著者: Grubisha, O. / Kaminska, M. / Duquerroy, S. / Fontan, E. / Cordier, F. / Haouz, A. / Raynal, B. / Chiaravalli, J. / Delepierre, M. / Israel, A. / Veron, M. / Agou, F. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007 タイトル: Inhibition of NF-kappaB Activation with Designed Ankyrin-Repeat Proteins Targeting the Ubiquitin-Binding/Oligomerization Domain of Nemo. 著者: Wyler, E. / Kaminska, M. / Coic, Y. / Baleux, F. / Veron, M. / Agou, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 257.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 329.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2jabS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 5
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12895.637 Da / 分子数: 2 / 断片: CC2-LZ DOMAIN, RESIDUES 251-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 14924.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEE SECONDARY REFERENCE / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | CHAINS C AND D CORRESPOND TO GENBANK REFERENCE AY326425 OR GENPEPT REFERENCE AAQ93812. THE ...CHAINS C AND D CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.58 % 解説: THEORETICAL MODEL OF NEMO CC2 AND LZ HELICES USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 5% MPD, 5% ETHANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月2日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1741 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 86037 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 42.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2JAB 解像度: 2.9→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 31.453 / SU ML: 0.283 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.7 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME RESIDUES COMING FROM THE TAG WERE VISIBLE IN THE DENSITY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.694 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.67 Å
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拘束条件 |
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