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万見
- PDB-2v4h: NEMO CC2-LZ domain - 1D5 DARPin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v4h
タイトルNEMO CC2-LZ domain - 1D5 DARPin complex
要素
  • 1D5 DARPIN
  • NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
キーワードTRANSCRIPTION / METAL-BINDING / NEMO - IKK GAMMA - NFKB PATHWAY -DARPIN / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / SUMOylation of immune response proteins / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation ...SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / SUMOylation of immune response proteins / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / IkappaB kinase complex / Regulation of TNFR1 signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / Ovarian tumor domain proteases / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / PKR-mediated signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / transferrin receptor binding / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Ub-specific processing proteases / anoikis / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / B cell homeostasis / positive regulation of macroautophagy / canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin ligase complex / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / signaling adaptor activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / spindle pole / mitotic spindle / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nemo cc2-lz domain - 1d5 darpin complex / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Ankyrin repeat-containing domain ...Nemo cc2-lz domain - 1d5 darpin complex / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Ankyrin repeat-containing domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Grubisha, O. / Duquerroy, S. / Cordier, F. / Haouz, A. / Delepierre, M. / Veron, M. / Agou, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Darpin-Assisted Crystallography of the Cc2-Lz Domain of Nemo Reveals a Coupling between Dimerization and Ubiquitin-Binding.
著者: Grubisha, O. / Kaminska, M. / Duquerroy, S. / Fontan, E. / Cordier, F. / Haouz, A. / Raynal, B. / Chiaravalli, J. / Delepierre, M. / Israel, A. / Veron, M. / Agou, F.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Inhibition of NF-kappaB Activation with Designed Ankyrin-Repeat Proteins Targeting the Ubiquitin-Binding/Oligomerization Domain of Nemo.
著者: Wyler, E. / Kaminska, M. / Coic, Y. / Baleux, F. / Veron, M. / Agou, F.
履歴
登録2008年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
B: NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
C: 1D5 DARPIN
D: 1D5 DARPIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6404
ポリマ－55,6404
非ポリマー00
水91951
1
A: NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
B: NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
C: 1D5 DARPIN
D: 1D5 DARPIN

A: NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
B: NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
C: 1D5 DARPIN
D: 1D5 DARPIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2818
ポリマ－111,2818
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area22000 Å2
ΔGint-173.5 kcal/mol
Surface area55160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.020, 63.020, 436.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTHRTHRAA251 - 29024 - 63
21METMETTHRTHRBB251 - 29024 - 63
12SERSERASNASNCC12 - 13612 - 136
22HISHISASNASNDD9 - 1369 - 136
13VALVALLYSLYSAA291 - 33764 - 110
23VALVALLYSLYSBB291 - 33764 - 110

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.71226, -0.40316, 0.57458), (-0.13283, -0.72638, -0.67433), (0.68923, -0.55662, 0.46382)-19.1292, 215.30067, 100.09966
2given(-0.61081, -0.09723, 0.78579), (-0.44656, -0.77722, -0.44329), (0.65383, -0.62167, 0.43132)-76.43774, 188.6777, 110.26794
3given(-0.62225, -0.3231, 0.71303), (-0.23136, -0.79425, -0.56181), (0.74785, -0.51456, 0.41947)-50.05271, 202.21927, 102.71049

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要素

#1: タンパク質 NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR / NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODIFIER / INHIBITOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA-B KINASE SUBUNIT GAMMA / IKB ...NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODIFIER / INHIBITOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA-B KINASE SUBUNIT GAMMA / IKB KINASE-ASSOCIATED PROTEIN 1 / NEMO


分子量: 12895.637 Da / 分子数: 2 / 断片: CC2-LZ DOMAIN, RESIDUES 251-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O88522
#2: タンパク質 1D5 DARPIN


分子量: 14924.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEE SECONDARY REFERENCE / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAINS C AND D CORRESPOND TO GENBANK REFERENCE AY326425 OR GENPEPT REFERENCE AAQ93812. THE ...CHAINS C AND D CORRESPOND TO GENBANK REFERENCE AY326425 OR GENPEPT REFERENCE AAQ93812. THE MUTATIONS INTRODUCED IN CHAINS C AND D ARE DESCRIBED BELOW: DESIGNED DARPIN TARGETING NEMO CC2-LZ DOMAIN MUTATIONS 43N- 45R-46K-48N-56D-57Y-58D-69H- 76H-78N-79D-81S-89L-90F-102H

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.58 %
解説: THEORETICAL MODEL OF NEMO CC2 AND LZ HELICES USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 5% MPD, 5% ETHANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.1741
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月2日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 86037 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 42.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0069精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JAB

2jab


解像度: 2.9→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 31.453 / SU ML: 0.283 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.7 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME RESIDUES COMING FROM THE TAG WERE VISIBLE IN THE DENSITY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26821 883 4.9 %RANDOM
Rwork0.20754 ---
obs0.21051 17155 86.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.66 Å20 Å20 Å2
2---1.66 Å20 Å2
3---3.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3491 0 0 51 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.9674752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1395438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.43126.44191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.56515677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7661515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5621.52194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11123485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74231338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0624.51267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A156medium positional0.410.5
21C500medium positional0.320.5
31A188medium positional0.520.5
12B165loose positional1.065
22D449loose positional0.745
32B215loose positional0.925
11A156medium thermal0.392
21C500medium thermal2.112
31A188medium thermal1.232
12B165loose thermal0.6310
22D449loose thermal2.5910
32B215loose thermal2.610
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.42 31
Rwork0.298 680
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.30510.46993.30573.15770.49587.9121-0.2021-0.30840.3086-0.13460.13120.2047-0.6922-1.36580.071-0.10930.24830.00450.21350.045-0.127714.18358.948172.355
22.48451.5493-0.77267.1782-2.28096.1966-0.04070.3828-0.1132-0.4670.0507-0.1598-0.0529-0.0027-0.0099-0.30020.07960.0129-0.2499-0.0303-0.099145.37655.578155.218
33.2862-2.62363.95635.6648-6.052516.4604-0.34310.03910.27520.17920.14250.0036-0.7008-0.47630.2005-0.10730.0552-0.06-0.245-0.0164-0.147532.95158.836167.609
46.9619-4.37648.48715.7053-7.046320.23110.09930.3587-0.3891-0.37130.19070.30270.1868-0.1409-0.2901-0.1798-0.0354-0.1115-0.1583-0.0876-0.136429.39653.93167.541
52.6765-2.68511.08712.9401-9.640454.83590.31550.0602-0.3083-0.70440.31350.24480.9186-0.3315-0.62890.38330.1618-0.04580.52780.1762-0.138252.45431.352223.39
66.0369-3.34576.77323.3287-5.878514.2959-0.05380.7380.3712-0.6973-0.8223-0.83680.50281.63240.87620.50160.2328-0.01810.61830.08080.058960.17833.285224.808
70.0131-0.14910.79481.7032-9.075548.3596-0.37610.5494-0.1931-0.76490.81620.5755-3.48322.3789-0.44010.51130.1037-0.0210.54490.2308-0.055258.78936.187245.338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C12 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2D9 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3A291 - 337
4X-RAY DIFFRACTION4B291 - 337
5X-RAY DIFFRACTION5A251 - 290
6X-RAY DIFFRACTION6B247 - 290
7X-RAY DIFFRACTION7A240 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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