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- PDB-6gbn: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Cyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gbn
タイトルCrystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Cytophaga hutchinsonii in complex with adenosine
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / CELLULAR METHYLATION / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain ...Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Czyrko, J. / Jaskolski, M. / Brzezinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science Centre (Poland)OPUS 2013/09/B/NZ1/01880 ポーランド
引用ジャーナル: Croatica Chemica Acta / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Cytophaga hutchinsonii, a case of combination of crystallographic and non-crystallographic symmetry.
著者: Czyrko, J. / Jaskolski, M. / Brzezinski, K.
履歴
登録2018年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,33418
ポリマ－192,2194
非ポリマー4,11514
水13,223734
1
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,63520
ポリマ－192,2194
非ポリマー4,41516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area29840 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area53220 Å2
手法PISA
2
C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,03416
ポリマ－192,2194
非ポリマー3,81512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area28520 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area53440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.275, 102.445, 188.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

21A-849-

HOH

31B-655-

HOH

41B-881-

HOH

51C-681-

HOH

61D-708-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase


分子量: 48054.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (strain ATCC 33406 / NCIMB 9469) (バクテリア)
株: ATCC 33406 / NCIMB 9469 / 遺伝子: sahH, ahcY, CHU_0610 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIPL / 参照: UniProt: Q11XG9, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 6種, 748分子

#2: 化合物
ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% (w/v) PEG8000, 0.5 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 110896 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.09→2.21 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LI4

1li4


解像度: 2.09→48.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 11.165 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.2362 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.177
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 2101 1.9 %RANDOM
Rwork0.2103 ---
obs0.2107 108795 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.24 Å2 / Biso mean: 42.602 Å2 / Biso min: 3.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.27 Å20 Å20 Å2
2--2.2 Å2-0 Å2
3----4.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13320 0 276 751 14347
Biso mean--39.77 32.05 -
残基数----1732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01913982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.98218955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.979330985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3151760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60324.786585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.765152470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4481577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023021
LS精密化 シェル解像度: 2.088→2.142 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 152 -
Rwork0.305 7841 -
all-7993 -
obs--98.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97270.0236-0.49831.2953-0.04161.68350.01390.4407-0.0344-0.03930.0411-0.3289-0.01220.6067-0.0550.263-0.04980.00770.4451-0.01180.37323.51237.6173-20.0857
21.4489-0.09470.93911.02540.1432.04540.07050.2304-0.1559-0.0286-0.0153-0.09140.21580.2061-0.05520.21360.02120.00330.0393-0.03120.319.5354-14.2402-7.8482
31.0580.3440.19560.80970.34961.44470.01520.07290.14610.06140.0665-0.2654-0.24020.5603-0.08160.2719-0.1358-0.00440.23030.01210.413622.924114.9243-1.0338
41.6223-0.23060.34631.44190.20731.77480.0925-0.10110.0725-0.0475-0.0455-0.2343-0.24170.3285-0.0470.3694-0.0702-0.04510.17490.00960.314425.5612-0.6136.3375
51.2215-0.0097-1.0681.1281-0.04162.09050.0621-0.08170.13290.1469-0.0304-0.1001-0.18310.1849-0.03170.2545-0.0406-0.01520.02-0.01390.3087.108812.800217.4741
60.48590.13430.08190.26530.16441.19460.0773-0.08430.01620.07170.0104-0.1991-0.07060.342-0.08780.287-0.0516-0.0260.1254-0.00170.361618.9851.037921.0754
72.07390.5112-1.20491.2728-0.22773.15220.05280.19420.0129-0.0043-0.0539-0.4543-0.26621.3810.00110.4828-0.1465-0.02330.94840.08450.398321.936359.038360.4072
81.2997-0.30480.5821.25590.54183.64430.04510.1011-0.20270.0575-0.0516-0.10390.72710.69510.00650.51630.1051-0.01860.29460.01720.311411.06137.513576.05
91.10920.33850.01171.20020.36683.26550.07740.15820.06740.12470.0165-0.353-0.30221.1998-0.09390.3947-0.1402-0.04510.59310.08020.359118.075457.911874.0751
101.4503-0.33821.16270.61330.70243.5699-0.04430.32980.1415-0.23450.0701-0.1799-0.40160.7091-0.02580.6069-0.0089-0.03270.5180.03580.31725.294250.5631115.839
111.51990.0103-0.73661.20320.32943.9492-0.0413-0.04390.22490.153-0.0294-0.0962-0.69850.42570.07070.5709-0.143-0.03920.19620.00950.30995.909265.125297.8984
120.9896-0.18160.05410.51560.13152.05820.1172-0.04120.0619-0.0118-0.0676-0.1706-0.14980.8196-0.04960.5681-0.0519-0.0490.4950.05730.32818.963952.2021101.0896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2A202 - 348
3X-RAY DIFFRACTION3A349 - 435
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5B187 - 307
6X-RAY DIFFRACTION6B308 - 435
7X-RAY DIFFRACTION7C6 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8C209 - 317
9X-RAY DIFFRACTION9C318 - 435
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11D194 - 310
12X-RAY DIFFRACTION12D311 - 435

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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