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万見
- PDB-2v36: Crystal structure of gamma-glutamyl transferase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v36
タイトルCrystal structure of gamma-glutamyl transferase from Bacillus subtilis
要素
  • GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE LARGE CHAIN
  • GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE SMALL CHAIN
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE BIOSYNTHESIS / GAMMA-GLUTAMYL TRANSFERASE / GAMMA-GLUTAMYL TRANSPEPTIDASE / ACYLTRANSFERASE / ZYMOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamyltransferase / glutathione gamma-glutamate hydrolase / glutathione hydrolase activity / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process / glutathione biosynthetic process / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Gamma-glutamyltranspeptidase, small (S) subunit / : / Gamma-glutamyltranspeptidase, large (L) subunit, C-terminal domain / : / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase signature. / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase, large subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 ...Gamma-glutamyltranspeptidase, small (S) subunit / : / Gamma-glutamyltranspeptidase, large (L) subunit, C-terminal domain / : / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase signature. / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase, large subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione hydrolase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sharath, B. / Prabhune, A.A. / Suresh, C.G. / Wilkinson, A.J. / Brannigan, J.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Gamma-Glutamyl Transferase
著者: Sharath, B. / Prabhune, A.A. / Suresh, C.G. / Wilkinson, A.J. / Brannigan, J.A.
履歴
登録2007年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE LARGE CHAIN
B: GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE SMALL CHAIN
C: GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE LARGE CHAIN
D: GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE SMALL CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,1074
ポリマ－125,1074
非ポリマー00
水6,287349
1
A: GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE LARGE CHAIN
B: GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE SMALL CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5542
ポリマ－62,5542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14740 Å2
ΔGint-120.5 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PQS
2
C: GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE LARGE CHAIN
D: GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE SMALL CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5542
ポリマ－62,5542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14910 Å2
ΔGint-124.2 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.256, 108.766, 161.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE LARGE CHAIN


分子量: 41452.953 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 29-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET26B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54422, gamma-glutamyltransferase
#2: タンパク質 GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE SMALL CHAIN


分子量: 21100.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET26B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54422, gamma-glutamyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M SODIUM HEPES PH 7.5, 25% PEG 2000K MME AND 0.2M KSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→29.6 Å / Num. obs: 1952022 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 4.5 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DBU

2dbu


解像度: 1.85→90.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 2.916 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS NOT MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 5358 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.221 101881 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→90.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8023 0 0 349 8372
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 288
Rwork0.307 6068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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