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- PDB-2v1b: N- and C-terminal helices of oat LOV2 (404-546) are involved in l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v1b
タイトルN- and C-terminal helices of oat LOV2 (404-546) are involved in light-induced signal transduction (room temperature (293K) light structure of LOV2 (404-546))
要素NPH1-1
キーワードTRANSFERASE / LOV2 / KINASE / ATP-BINDING / AVENA SATIVA / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / LIGHT-INDUCED SIGNAL TRANSDUCTION / PHOTOTROPIN1 / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種AVENA SATIVA (エンバク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: N- and C-Terminal Flanking Regions Modulate Light-Induced Signal Transduction in the Lov2 Domain of the Blue Light Sensor Phototropin 1 from Avena Sativa.
著者: Halavaty, A.S. / Moffat, K.
履歴
登録2007年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / reflns ...pdbx_database_status / reflns / reflns_shell / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NPH1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2153
ポリマ－16,6671
非ポリマー5482
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.919, 57.169, 67.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NPH1-1 / LOV2


分子量: 16666.840 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AVENA SATIVA (エンバク) / プラスミド: PHIS-GB1-PARALLEL1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O49003
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PHE403 (VECTOR RESIDUE) DOES NOT BELONG TO LOV2 SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATED)
放射モノクロメーター: BENT GE(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 19930 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V0U

2v0u


解像度: 1.55→16.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.029 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1012 5.1 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 18897 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→16.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1173 0 37 140 1350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6342.0021774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96632186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.085164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.40524.70668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.25115237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1751511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.2946
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3310.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2860.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3411.51010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41521243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9273641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0644.5522
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 83
Rwork0.235 1332
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.88722.9965-2.34579.4171-4.257211.5952-0.05780.2652-0.0426-0.18280.38840.63920.3169-0.8178-0.3306-0.0381-0.0417-0.0325-0.19730.04660.01722.645-5.9510.109
21.9843-0.2326-0.93421.0582-0.20521.64470.022-0.1672-0.00690.0551-0.0354-0.0269-0.06920.1180.01340.0197-0.0126-0.0176-0.21070.0063-0.040116.5691.1337.044
31.1801-0.00360.43691.3956-0.65083.6250.03390.15810.033-0.02470.03460.0269-0.0969-0.226-0.06850.03290.0172-0.0364-0.2275-0.0211-0.0549.471-0.146-5.239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A403 - 414
2X-RAY DIFFRACTION2A415 - 516
3X-RAY DIFFRACTION3A517 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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