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- PDB-2uzj: Crystal structure of the mature streptococcal cysteine protease, mSpeB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uzj
タイトルCrystal structure of the mature streptococcal cysteine protease, mSpeB
要素STREPTOPAIN
キーワードHYDROLASE / PROTEINASE / PAPAIN FAMILY / CYSTEINE PROTEASE / DIMER / CLAN CA / EXOTOXIN / FAMILY 10 / PEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / streptopain / symbiont-induced defense-related programmed cell death / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated evasion of host immune response / host cell cytosol / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / host extracellular space / cysteine-type endopeptidase activity ...: / streptopain / symbiont-induced defense-related programmed cell death / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated evasion of host immune response / host cell cytosol / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / host extracellular space / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Spi protease inhibitor / Spi protease inhibitor / Peptidase C10, streptopain / Peptidase C10, streptopain superfmaily / Peptidase C10 family / Streptopain (SpeB) / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E64 / Streptopain / Streptopain
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Olsen, J.G. / Dagil, R. / Niclasen, L.M. / Soerensen, O.E. / Kragelund, B.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Mature Streptococcal Cysteine Protease Exotoxin Mspeb in its Active Dimeric Form.
著者: Olsen, J.G. / Dagil, R. / Niclasen, L.M. / Soerensen, O.E. / Kragelund, B.B.
履歴
登録2008年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTOPAIN
B: STREPTOPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9444
ポリマ－55,2232
非ポリマー7212
水5,999333
1
A: STREPTOPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9722
ポリマ－27,6121
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: STREPTOPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9722
ポリマ－27,6121
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.828, 60.888, 70.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 STREPTOPAIN / MATURE STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN B / STREPTOCOCCAL CYSTEINE PROTEINASE / STREPTOCOCCUS ...MATURE STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN B / STREPTOCOCCAL CYSTEINE PROTEINASE / STREPTOCOCCUS PEPTIDASE A / SPP / EXOTOXIN TYPE B / SPE B


分子量: 27611.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PROTEIN WAS PURIFIED FROM NATURAL SOURCE.
由来: (天然) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: ALAB49 / 参照: UniProt: Q5X9P3, UniProt: P0C0J0*PLUS, streptopain
#2: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT SEARCH MODEL WAS 1DKI WITHOUT THE PROPEPTIDE
結晶化詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M NA-ACETATE, PH 4.0, 20 % PEG4000. PROTEIN KONCENTRATION WAS 0.07 MM (IN 20 MM NA-ACETATE, PH 5.0).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月15日 / 詳細: MIRRORS. MSC-CONFOCAL MAXFLUX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→21.48 Å / Num. obs: 63795 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.32
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / % possible all: 55.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4I位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DKI

1dki


解像度: 1.55→21.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.602 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 234A-237A AND 234B-239B ARE ABSENT IN THE MODEL BECAUSE OF INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY IN THESE REGIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 3238 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 60554 90 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20.01 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→21.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 50 333 4238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.9375424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7775492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67624.949198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4815608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6331514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3251.52495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85523914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13431731
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4094.51510
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.444 122
Rwork0.367 2356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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