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万見
- PDB-2uv5: Crystal Structure of a CBS domain pair from the regulatory gamma1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uv5
タイトルCrystal Structure of a CBS domain pair from the regulatory gamma1 subunit of human AMPK in complex with AMP
要素5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1
キーワードTRANSFERASE / CBS DOMAIN / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / AMPK GAMMA1 SUBUNIT CBS 3 PLUS 4 AMP REGULATORY SUBUNIT.A
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP-dependent protein kinase regulator activity / Lipophagy / regulation of carbon utilization / import into nucleus / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein kinase regulator activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity ...cAMP-dependent protein kinase regulator activity / Lipophagy / regulation of carbon utilization / import into nucleus / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein kinase regulator activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / Macroautophagy / AMP binding / positive regulation of protein kinase activity / cellular response to nutrient levels / Activation of AMPK downstream of NMDARs / cellular response to glucose starvation / positive regulation of gluconeogenesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / ADP binding / fatty acid biosynthetic process / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Day, P. / Sharff, A. / Parra, L. / Cleasby, A. / Williams, M. / Horer, S. / Nar, H. / Redemann, N. / Tickle, I. / Yon, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure of a Cbs-Domain Pair from the Regulatory Gamma1 Subunit of Human Ampk in Complex with AMP and Zmp.
著者: Day, P. / Sharff, A. / Parra, L. / Cleasby, A. / Williams, M. / Horer, S. / Nar, H. / Redemann, N. / Tickle, I. / Yon, J.
履歴
登録2007年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6172
ポリマ－17,2791
非ポリマー3381
水4,648258
1
A: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1
ヘテロ分子

A: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2344
ポリマ－34,5582
非ポリマー6762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.056, 43.885, 55.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2227-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 / AMPK GAMMA-1 CHAIN / AMPKG / AMPK GAMMA1 CHAIN CBS DOMAINS 3 AND 4


分子量: 17278.875 Da / 分子数: 1 / 断片: CBS 3 AND 4 FRAGMENT, RESIDUES 182-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54619
#2: 化合物 ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR


分子量: 338.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.91 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→25 Å / Num. obs: 15986 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019G精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.69→25.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.844 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 789 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.171 14868 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20.31 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→25.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1139 0 22 258 1419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221181
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.02753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.971608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96931851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4035141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52724.52853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63415.211213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.848156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.2843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1030.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1820.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0995713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.12761167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1166468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.1527.5441
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.371 59
Rwork0.287 955

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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