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万見
- PDB-2tra: RESTRAINED REFINEMENT OF TWO CRYSTALLINE FORMS OF YEAST ASPARTIC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tra
タイトルRESTRAINED REFINEMENT OF TWO CRYSTALLINE FORMS OF YEAST ASPARTIC ACID AND PHENYLALANINE TRANSFER RNA CRYSTALS
要素TRNAASP
キーワードT-RNA / SINGLE STRAND / LOOPS
機能・相同性SPERMINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Westhof, E. / Dumas, P. / Moras, D.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988
タイトル: Restrained refinement of two crystalline forms of yeast aspartic acid and phenylalanine transfer RNA crystals.
著者: Westhof, E. / Dumas, P. / Moras, D.
#1: ジャーナル: Biochimie / 年: 1988
タイトル: Hydration of Transfer RNA Molecules. A Crystallographic Study
著者: Westhof, E. / Dumas, P. / Moras, D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: Thee-Dimensional Structure of Yeast T-RNA-ASP. I. Structure Determination
著者: Comarmond, M.B. / Giege, R. / Thierry, J.C. / Moras, D. / Fischer, J.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986
タイトル: Anticodon-Anticodon Interaction Induces Conformational Changes in T-RNA. Yeast T-RNA-ASP, a Model for T-RNA-M-RNA Recognition
著者: Moras, D. / Dock, A.-C. / Dumas, P. / Westhof, E. / Romby, P. / Ebel, J.-P. / Giege, R.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystallographic Refinement of Yeast Aspartic Acid Transfer RNA
著者: Westhof, E. / Dumas, P. / Moras, D.
#5: ジャーナル: Biochimie / 年: 1985
タイトル: Crystal Structure of Yeast T-RNA-ASP. Atomic Coordinates
著者: Dumas, P. / Ebel, J.P. / Giege, R. / Moras, D. / Thierry, J.C. / Westhof, E.
#6: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1983
タイトル: Loop Stereochemistry and Dynamics in Transfer RNA
著者: Westhof, E. / Dumas, P. / Moras, D.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Crystal Structure of Yeast T-RNA-ASP
著者: Moras, D. / Comarmond, M.B. / Fischer, J. / Weiss, R. / Thierry, J.C. / Ebel, J.P. / Giege, R.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Yeast Transfer RNA-ASP. A New High-Resolution X-Ray Diffracting Crystal Form of a Transfer RNA
著者: Giege, R. / Moras, D. / Thierry, J.C.
履歴
登録1987年11月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01987年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年6月22日Group: Derived calculations
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRNAASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4083
ポリマ－24,1811
非ポリマー2272
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.500, 67.500, 149.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-124-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 TRNAASP


分子量: 24181.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.193 4335
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1560 15 94 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONn_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_impr_tor
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_xhyhbond_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d0.022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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