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- PDB-2tmp: N-TERMINAL DOMAIN OF TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASE-2 (N-T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tmp
タイトルN-TERMINAL DOMAIN OF TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASE-2 (N-TIMP-2), NMR, 49 STRUCTURES
要素TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASES-2
キーワードMETALLOPROTEASE INHIBITOR / TIMP / METALLOPROTEINASE INHIBITOR / OB PROTEIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of metallopeptidase activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / metalloendopeptidase inhibitor activity / TGFBR3 PTM regulation / peptidase inhibitor activity / molecular function inhibitor activity / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to hormone / response to cytokine / extracellular matrix ...negative regulation of metallopeptidase activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / metalloendopeptidase inhibitor activity / TGFBR3 PTM regulation / peptidase inhibitor activity / molecular function inhibitor activity / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to hormone / response to cytokine / extracellular matrix / specific granule lumen / tertiary granule lumen / : / protease binding / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold ...Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metalloproteinase inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING USING TORSION ANGLE DYNAMICS
データ登録者Muskett, F.W. / Frenkiel, T.A. / Feeney, J. / Freedman, R.B. / Carr, M.D. / Williamson, R.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: High resolution structure of the N-terminal domain of tissue inhibitor of metalloproteinases-2 and characterization of its interaction site with matrix metalloproteinase-3.
著者: Muskett, F.W. / Frenkiel, T.A. / Feeney, J. / Freedman, R.B. / Carr, M.D. / Williamson, R.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Mapping the Binding Site for Matrix Metalloproteinase on the N-Terminal Domain of the Tissue Inhibitor of Metalloproteinases-2 by NMR Chemical Shift Perturbation
著者: Williamson, R.A. / Carr, M.D. / Frenkiel, T.A. / Feeney, J. / Freedman, R.B.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Chemically and Conformationally Authentic Active Domain of Human Tissue Inhibitor of Metalloproteinases-2 Refolded from Bacterial Inclusion Bodies
著者: Williamson, R.A. / Natalia, D. / Gee, C.K. / Murphy, G. / Carr, M.D. / Freedman, R.B.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Solution Structure of the Active Domain of Tissue Inhibitor of Metalloproteinases-2. A New Member of the Ob Fold Protein Family
著者: Williamson, R.A. / Martorell, G. / Carr, M.D. / Murphy, G. / Docherty, A.J. / Freedman, R.B. / Feeney, J.
#4: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1990
タイトル: Disulphide Bond Assignment in Human Tissue Inhibitor of Metalloproteinases (Timp)
著者: Williamson, R.A. / Marston, F.A. / Angal, S. / Koklitis, P. / Panico, M. / Morris, H.R. / Carne, A.F. / Smith, B.J. / Harris, T.J. / Freedman, R.B.
履歴
登録1998年5月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASES-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1091
ポリマ－14,1091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)49 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #3

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要素

#1: タンパク質 TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASES-2 / METALLOPROTEINASE INHIBITOR / TIMP-2


分子量: 14109.167 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-127 / 変異: A21T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PROTEIN REFOLDED FROM INCLUSION BODIES / プラスミド: PET23D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
細胞内の位置 (発現宿主): INTRACELLULAR INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P16035
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-NOESY
1212D-TOCSY
1312D-COSY
1413D-NOESY-TOCSY
1512D-HSQC
1613D-15N-NOESY-HSQC
1713D-15N-HNHA
1813D-15N-HNHB
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D CBCA(CO)NH
11113D-CBCAHN
11213D-13C-HMQC-NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE CLOSEST TO THE MEAN OF THE 49 CONFORMERS

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試料調製

詳細内容: AQUEOUS
試料状態イオン強度: 125 mM / pH: 6.7 / 圧: 1 ATMOSPHERE / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS & INOVA / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS & INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
DYANA精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.4GUNTERT,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING USING TORSION ANGLE DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: SEE GUNTERT ET AL. (1997) J. MOL. BIOL. 273(1), 283-298
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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